Существенным фактором музейного дела в России на этом этапе стало частное коллекционирование. Частные коллекции сохраняли культурные ценности от расхищения, служили важным источником пополнения музейных собраний. Характерным явлением стала безвозмездная передача владельцами своих собраний в общественное пользование. На основе крупнейших коллекций возникли Музей русской старины П.И. Щукина в составе Исторического музея, Третьяковская галерея и Цветковская галерея, Театральный музей им. А.А. Бахрушина, Музей прикладного искусства М.К. Тенишевой в Смоленске и др. Особенностью развития музейного дела в России во второй половине XIX века стало создание местным музеев, игравших заметную роль в культурной роли провинции. Во многих городах Европейской России, Урала, Сибири, Дальнего Востока по инициативе местной общественности возникали комплексные (в дальнейшем краеведческие) музеи, объектом показа в которых стала окружающая жизнь – история, природа, экономика края, а также естественно-исторические, исторические, художественные и другие музеи.
Одновременно с ростом количества музеев формировались их профильные группы. Успехи славянской археологии, русской исторической науки, отмеченной именами С.М. Соловьева, В.О. Ключевского, И.Е. Забелина, осознание общественностью необходимости сохранения историко-культурного наследия и пропаганды исторических знаний способствовали развитию исторических музеев. Наряду с созданием общенационального исторического музея в Москве были преобразованы старейшие военно-исторические музеи в Петербурге – Морской музей, Артиллерийский музей. Обновленные музеи, а также вновь созданные полковые музеи (около 300) использовались для пропаганды военно-исторических знаний. Продолжала развиваться группа историко-археологических музеев.
На национальных окраинах России окрылись Кавказский музей в Тифлисе (1864), Туркестанский музей древностей в Самарканде (1874), Городской музей древностей и искусства в Киеве (1899), Музей украинских древностей В.В. Тарновского в Чернигове (1902) и др. на положение музеев национальных регионов оказывала влияние русификаторская политика правительства: не поощрялось развитие национальных культур, допускался вывоз в центр национальных реликвий, исторических и художественных ценностей.
Сложилась группа церковно-археологических музеев (около 40), возникавших при духовных академиях, церковно-археологических комитетах и православных братствах с просветительскими и миссионерскими целями и экспонировавших предметы церковного обихода. Возникновение Музея антропологии и этнографии имени Петра Великого (1879) на базе Анатомического и Этнографического музеев связано с интенсивным развитием этнографической науки. Уникальные коллекции сделали его одним из популярнейших музеев страны.
С целью пропаганды новейших технических и сельскохозяйственных знаний, рациональных способов ведения хозяйства в пореформенной России при поощрении и финансировании правительства наряду с Политехническим музеем в Москве и Музеем прикладных знаний в Петербурге возникли естественно-исторические, в том числе почвенные, музеи в провинции; сельскохозяйственные музеи, специализированные промышленные технические музеи, в том числе Почтово-телеграфный (1913), Железнодорожный (1910), Музей изобретений и усовершенствований (1910) в Петербурге; художественно-промышленные и кустарные музеи в Петербурге, Москве, Харькове, провинциальных городах, создававшиеся для поощрения развития художественных промыслов и профессионального обучения мастеров. Многие музеи возникали на базе всероссийских и местных выставок, а также русских отделов международных выставок, широко распространенных в середине XIX века.
Организация педагогических музеев, начало которым в 1860-е гг. положил К.Д. Ушинский и Н.Ф. Бунаков, получила особое распространение на рубеже XIX – XX веков в связи с интенсивным ростом сети начальных и специальных учебных заведений. Педагогические музеи (стационарные и подвижные) были созданы в большинстве учебных округов. Их цель – ознакомление с передовым опытом учебно-воспитательного дела в семье и школе, как в России, так и за границей.
Причина создания детских музеев, разумеется, была образовательно-воспитательная. Они возникают и получают развитие главным образом в период кризиса традиционной системы образования как альтернативные центры, пропагандирующие идеи визуализации образования, средового воспитания и активных форм обучения. Родиной детских музеев являются США, где в конце XIX – начале XX века развернулось движение за реформы образования на основе психолого-педагогических идей (Д. Дьюи, И.Г. Песталоцци, М. Монтессори и др.). Первым в мире музеем для детей считается Бруклинский детский музей, возникший в 1899 году на основе коллекции, пожертвованной ему Бруклинским музеем искусства и естествознания. Вслед за ним в США был открыт целый ряд музеев, взявших на себя функцию образования детей. Их деятельность стимулировала распространение детских музеев по всему миру.
В России создание детских музеев в основном совпадает с периодами обновления традиционной системы образования в русле концепции развивающего обучения. 1-й этап (1890-1910-е гг.) относится ко времени, когда получила распространение идея о необходимости преодоления традиций догматичной, книжной педагогики путем использования принципа наглядности. К.Д. Ушинский, его коллеги и последователи считали, что развитие личности должно осуществляться через знакомство с окружающим миром, через собственную практическую деятельность. Такой подход стимулировал появление музеев, созданных преимущественно руками самих детей (музей-мастерская). Актуальной формой подобных детских музеев стали школьные музеи наглядных пособий, организованные по принципу кунсткамеры. Даже если музей-мастерская возникал вне стен школы, он всё равно был ориентирован на изготовление учебных пособий (Музей детского труда, учрежденный при Семёновской публичной библиотеке в Курске). Прикладной характер подобных музеев не заслонял высокую цель, ради которой они создавались, - труд и творчество детей.
Также под влиянием взглядов К.Д. Ушинского и его последователей, сторонников активных методов обучения с 1880-90-х гг. начинается развитие экскурсионного дела. В программу отделений школ, гимназий, коммерческих училищ стали включаться сначала естественно-научные, а затем культурно-исторические, литературные и другие экскурсии. Появились и первые внеучебные экскурсии и путешествия, организуемые гимназиями и училищами на Волгу, Кавказ, в Крым, за границу. Постепенно осуществляется переход к системе использования экскурсий как метода образования. По мере развития культурно-просветительской деятельности музеев частью экскурсионного дела становятся музейные экскурсии, хотя их организация ещё носит стихийный характер.
В 1900-10-е годы появились первые организационные структуры, стимулирующие развитие экскурсионного дела. В 1907 году при Российском обществе туристов (РОТ) была создана комиссия "Образовательные экскурсии по России", занимающаяся организациями экскурсий для различных групп населения. Создаются экскурсионные комиссии в ряде учебных округов – Московском, Петербургском, Казанском, Одесском, Киевском и др. большую роль в организации экскурсионного дела сыграли общества любителей естествознания, "Русское горное общество" (1900), "Кавказское горное общество" (Пятигорск, 1902-1905). Стимулировало развитие экскурсионного дела открытие новых музеев, художественных выставок и промышленных выставок. В 1910-е гг. экскурсионное дело приобретает всё большие масштабы.
С 1914 года в Москве при участии членов Центральной экскурсионной комиссии при Московском учебном округе, специалистов, профессоров и преподавателей издавался иллюстрированный культурно-исторический журнал для семьи и школы. Редактировали журнал С.И. Гинтовт и И.Н. Бороздин. выходил книжками 4 раза в год, объем номера 120-140 страниц, с картами на вкладных листах. Издание предпринятое с целью удовлетворения запросов экскурсантов, просвещения учащихся средней школы, разработки теории и практики экскурсионного дела, являлось составной частью экскурсионного движения. В журнале публиковались статьи по методике и теории научно-образовательных экскурсий, описания и планы путешествий, отчеты об экскурсиях и их маршруты. Экскурсии рассматривались как необходимый элемент преподавания, как способ углубления и повторения учебного курса, эстетического воспитания учащихся; подчеркивалось, что их тематика должна быть согласована с учебной программой. Особое место в журнале отводилось описанию культурных центров: музеев (Оружейная палата, Исторический музей, Музей изящных искусств им. Императора Александра III и др.), городов (Прага, Константинополь, Белград, Любляна, Загреб, Москва, Ростов Великий и др.), монастырей, усадеб. Имелись рубрики: "Хождение по Руси и за рубеж", "Культурные ценности", "Хроника", "Теория и практика экскурсий", "Библиография". Редакция выпускала дешевые иллюстрированные путеводители. Издание прекращено в 1916 году в связи с обстоятельствами военного времени.
Во второй половине XIX - начале XX века получает развитие тенденция увековечения с помощью музеев памяти выдающихся деятелей России. Первые мемориальные музеи, библиотека-музей А.С. Пушкина в Александровском лицее (1879) и музей М.Ю. Лермонтова в Николаевском кавалерийском училище (1884), были организованы силами преподавателей учебных заведений, где воспитывались будущие поэты. К числу первых мемориальных музеев относятся также Дом-музей Петра I в Вологде (1885), музеи Л.Н. Толстого в Петербурге и Москве (1911).
Основным направлением музейного дела в России во второй половине XIX - начале XX века по-прежнему оставалась работа с собраниями – определение, систематизация, описание коллекций. Специфическим для музеев итогом изучения собраний стали каталоги конкретных коллекций. Благодаря особому вниманию к научной обработке собраний деятельность столичных и ряда местных музеев, как правило, находилась на уровне развития науки и культуры своего времени. Экспозиционная работа, как музейная специальность только начала формироваться. Музеи не имели запасников, собрания экспонировались в научной системе, которая была принята в той или иной области знания. Только в конце XIX - начале XX века в связи с популярностью музеев и ростом их посещаемости возникла потребность в поисках средств экспонирования, доступных широкому посетителю. Систематические коллекции стали дополнять так называемыми "образовательными", "выставочными", "показательными" и т.д. Музеи второй половины XIX - начала XX века, как правило, не имели программы распространения конкретных знаний, поэтому одним из новых направлений музейного дела в России стала организация при музеях специальных лекториев, чтение общедоступных, "народных" лекций. Таким образом, в начале XX века наметились основные направления музейного дела в России, получившие дальнейшее развитие в послереволюционный период.