Тяжкі звинувачення вимагали відписок, довідок, апеляцій у вищі інстанції та слідчі органи. Все це разом зі зрадою деяких колег, багаторічною, без відпусток і вихідних працею, занепокоєність долею бібліотеки підірвало здоров'я Рубинського. Нам не відомо, на яку посаду його було переведено після страшного вердикту, але він продовжував працювати в бібліотеці до того рокового дня - 20 грудня 1930 р., коли туманним ранком по дорозі на приміську станцію "Зелений Гай" його було збито потягом. Через кілька годин він помер у 1-й міській лікарні.
Головною справою життя Костянтина Івановича Рубинського була бібліотека Харківського університету.
В 1893 р. він прийшов в бібліотеку імператорського Харківського університету і віддав їй 40 років свого життя.
Випускник університету, що вивчав досвід роботи багатьох наукових бібліотек Росії і за кордоном, Костянтин Рубинський став першим бібліотекарем-професіоналом, здатним, як вважала Рада університету, покращити становище. "Ні професори, ні поети не змогли, попри свою серйозну освіту, налагодити бібліотечну роботу, як це належить, оскільки в них не було професійних знань. Навіть бібліотечні комісії, визнавши свою некомпетентність у бібліотечній справі, у будь-який спосіб підтримували в Раді починання Рубинського, без чого його робота не могла бути досить продуктивною", - підкреслював відомий український історик, професор університету Д. Багалій (3, 4 ).
Комплектування бібліотеки книжками на штатні кошти університету було вкрай недостатнім. Значно більша кількість книжок надходила від різних осіб як пожертвування. Наприклад, в 1902 р. куплено книжок і журналів для фундаментальної бібліотеки 1978 томів, а пожертвувано того ж року різними особами в цю бібліотеку 3809 томів; в 1903 р. куплено 1483 томи, надійшло подарованих 3187, в 1904 р. куплено 1806 томів, подаровано 2893; в 1909 р. куплено 2814 томів, подаровано 4137 томів і т.д.
Але, навіть беручи до уваги поповнення бібліотеки шляхом філантропії, зростання книжкових фондів треба визнати невеликим. Якщо на початок 60-х років, за 55 років існування бібліотеки, книжковий фонд ледве досяг 60894 томів, то на І січня 1895 р., тобто ще за 40 років збільшився до 128065 томів. Отже, пересічна бібліотека поповнювалася щороку на 1680 томів (41).
На І січня 1905 р. книжковий фонд бібліотеки становив 177879 томів.
В останнє десятиріччя перед Жовтневою революцією університетська бібліотека поповнювалася інтенсивніше: зростання фонду становить майже 5000 томів щороку. Але це збільшення йшло переважно за рахунок пожертвувань. На І січня 1916 р. фонд фундаментальної бібліотеки становив уже 258256 томів (26, 29).
Книжковий фонд університетської бібліотеки в минулому столітті комплектували, тільки виходячи з інтересів професорів і викладачів. В основному купувалася фундаментальна література. Підручників було мало, та й ті, звичайно, надходили тільки в одному примірнику.
З 1862 p. спеціальна студентська бібліотека була закрита, що дуже погіршувало становище студентів.
Нарешті Рада університету звернула на це увагу і з 1879 р. організувала при бібліотеці студентських відділ. Цей відділ повинен був складатися з підручників і посібників. Коли ця бібліотека почала роботу, в ній було лише 2109 томів (5, 28, 30).
Керівництво цією бібліотекою було покладене на комітет із професорів. Завідувати нею було доручено спеціальній особі. Згодом такими завідувачами були помічники бібліотекаря фундаментальної бібліотеки. Містилась ця бібліотека в аудиторії, де відбувались лекції. Це обмежувало роботу студентського відділу - бібліотека могла функціонувати тільки в години, коли не було лекцій. З цієї причини при студентському відділі бібліотеки не було читальні.
Студентський відділ ріс теж дуже повільно. На 1895 р. у ньому налічувалось 7783 томи, в 1905 р. книжковий фонд зріс до 12904 томів, в 1916 р. він уже становив 20884 томи. На І січня 1917 р. книжковий фонд фундаментальної і студентської бібліотек становив 296370 томів (Додаток 1).
Великою заслугою бібліотеки є те, що вона нагромаджувала і зберігала величезну кількість найціннішої літератури, яку протягли крізь усякі рогатки, створювані для літератури царською цензурою.
Кошти на комплектування фундаментальної бібліотеки в цей період збільшилися порівняно з попереднім періодом, проте були ще недостатні для того, щоб задовольнити потреби університету.
Багато професорів у міру сил піклувалися про належне комплектування бібліотечного фонду. Виїздили в закордонні відрядження вони брали на себе труд особисто домовлятися з іноземними торговельними книжковими фірмами щодо придбання необхідної літератури, закуповували там цю літературу, і в результаті бібліотека одержувала цілі ящики книжок, що йшли слідом за вченими, які поверталися з-за кордону.
Але все це були недостатні способи, щоб поповнити незначні ресурси, асигновані на комплектування бібліотеки. Крім того, деяка частина асигнованих сум витрачалася на оправлення книг, канцелярські потреби, пересилку літератури.
В першу чергу передплачувалися бібліографічні видання, енциклопедії загального характеру, посібники у бібліотечній справі і книжки для кафедри богослов’я.
Під керівництвом Рубинського в 1902 р. було споруджено, за проектом відомого петербурзького архітектора Величка, першу в Харкові і на Україні спеціальну будівлю бібліотеки, вона складалася з двох книгосховищ: старого – дерев’яного, в три яруси, і нового - залізобетонного, в п’ять ярусів. Між цими двома книгосховищами знаходиться двоповерхова будівля; її верхній поверх складається з великого читального залу, що прилипають до нього, кімнат; через них зал для читачів з'єднується з новим і старим книгосховищами. Одна з цих кімнат була відведена під абонемент, друга - для каталожної. На нижньому поверсі знаходилася канцелярія та інші службові приміщення бібліотеки. До освоєння нового книгосховища університет підійшов досить вдумливо і обережно.
Студентський відділ бібліотеки, що з часу його заснування в 1879 р., протягом 25 років продовжував тулитися в аудиторії, також не міг розгорнути роботу через тісноту приміщення. Не зважаючи на те, що фонд студентського відділу зростав повільно, все ж таки зайнята ним аудиторія була вся заповнена шафами і книжками. Отже, для подальшого росту бібліотеки в цьому приміщенні абсолютно не було ніяких перспектив (5).
У новій будівлі фундаментальної бібліотеки університету виявилось вільне місце, і в 1904 р. студентський відділ був перенесений у книгосховище фундаментальної бібліотеки. Водночас студенти дістали змогу користуватись великим читальним залом фундаментальної бібліотеки.
У 1907 р. знову ставилося питання про розширення бібліотеки і перебудову старого книгосховища. У доповіді про будівельні потреби Харківського університету читаємо:
"Старое книгохранилище университета, неудобное и опасное в пожарном отношении, должно быть перестроено по образцу нового, т.е. с полным устранением всякого другого строительного материала,кроме камняі железа...(5).Нарасширениебиблиотекипроэктировалось 125000 крб. /БагалейД.Докладостроительных нуждах императорского Харьковского университета.//Записки императорскогоуниверситета X.,1907 .- кн. І /.
Але ні перебудови, ні розширення бібліотечної будівлі не сталося. Між тим, уже в 1913 р. знову гостро став відчуватись брак місця у книгосховищі. Як свідчать сучасники, "свободного места там остается лет на пять". /Шестриков П. Постановка библиотечного дела...: -Одесса, 1915. ––С.146/.
Студентський відділ тепер був перенесений до фундаментальної бібліотеки. Книжки цього відділу були підподілені на шість відділів.
До цього часу в бібліотеці зібралось чимало книг, на оброблених і не записаних у каталогах. Точну кількість їх на 1904 р. встановити не вдалося; в 1895 р. їх було 40000 томів (32).
Добре знаючи стан бібліотечної справи в Росії та Західній Європі, К.І. Рубинський вважав своїм громадянським обов'язком звернути увагу наукової громадськості на проблеми вітчизняного бібліотекознавства. 22 листопада 1909 він виступив в університеті з публічною лекцією "Культурна роль бібліотеки та завдання бібліотеки". Розглядаючи бібліотеку як "... фактор людської культури, як капітал, і при тому найцінніший капітал кожної країни, капітал, у який вкладено всі знання людства", К.І. Рубинський вважав, що необхідна наука, яка б займалася вивченням оборотів цього капіталу. "Така наука існує. Вона називається бібліотекознавство." (7, с. 5).
К.І. Рубинський переконаний, що бібліотекознавство потрібно включити до числа університетських наук; університет повинен прийти на допомогу цій науці, відвести належне місце вивченню минулого книги та бібліотеки, дослідженню значення бібліотеки як чинника культури, людського прогресу. Виступ, який позначено громадянською позицією вченого, високим професіоналізмом, мав широкий резонанс в Харкові і за його межами.
До кінця XIX ст. передові бібліотекарі Росії все більше відчували необхідність консолідації своїх зусиль. У 1908 р. у С.-Петербурзі створено самостійне Суспільство бібліотекознавства, організаторами якого стали переважно бібліотекарі наукових і спеціальних бібліотек. З самого початку його існування у списку керівного складу прізвище єдиного представника провінційного університету - К.І. Рубинського. Він один з найбільш активних членів Товариства.
22 листопада 1908 К.І. Рубинський виступив на засіданні Товариства бібліотекознавства з доповіддю "Положення питання про бібліотечну персонал за кордоном і у нас". У 1910 р. на запрошення Товариства він прочитав блискучу лекцію "Культурна роль бібліотеки і завдання бібліотекознавства". К.І. Рубинський підтримував створення першого в Росії спеціального журналу "Бібліотекар", помістивши його в перших номерах статтю "Причини безладу наших академічних бібліотек" (1910 р.).