Остров Заячий находился у самого разветвления реки на два рукава, и крепость могла держать под обстрелом шведов, откуда бы они не появились. Остров с трех сторон был окружен широкими просторами Невы, с четвертой его отделял от соседнего Березового острова пролив, хотя и узкий, но могущий служить оборонительным рубежом. Стратегические выгоды острова были, по-видимому, оценены Петром сразу же, и он немедленно приказал начать работы по возведению на нем крепости.
Крепость была заложена 16 мая 1703 года, как свидетельствуют документы, относящиеся к этому событию. 16 мая 1703 года и является датой основания Петербурга. Крепость первоначальное свое название Санкт-Петербург получила 29 июня того же года в церковный праздник святых Петра и Павла. Позднее, когда в крепости был построен собор в честь Петра и Павла, она стала называться Петропавловской, название же Санкт-Петербург закрепилось за городом, возникшим вокруг крепости. В начавшей выходить при Петре первой русской печатной газете «Ведомости», в номере от 4 октября 1703 года, было напечатано: «Его царское величество по взятии Шлотбурга (Ниеншанца) в одной миле оттуды, ближе к восточному морю, на острове новую и зелоугодную крепость построить велел, в ней же есть 6 бастионов, где работали 20 тысяч человек подкопщиков, и тое крепость на свое государское именование, прозванием Питербурхом, обновите указал».
Работа по постройке крепости велась с быстротой, подсказывавшейся напряженной военной обстановкой на Неве. К работам были привлечены, прежде всего, солдаты, находившиеся в лагере под Шлот'бургом. Кроме того, в постройке крепости приняли участие работные люди, занятые укреплением Шлиссельбурга. Но этого было недостаточно. Были немедленно разосланы указы о посылке на Неву рабочих из разных мест России, и скоро около строящейся крепости раскинулся целый городок работных людей. Это было первое гражданское население будущей столицы империи.
Между тем к Неве приблизился, став у реки Сестры, шведский отряд, имея явное намерение начать активные действия против русских. Петр I не стал дожидаться этого и сам перешел в наступление. 7 июля он во главе восьмитысячного отряда пехоты и конницы разбил шведов и заставил их уйти к Выборгу.
Губернатором Петербурга в это время был назначен А.Д.Меншиков. Ему было поручено наблюдать за постройкой города и крепости. Он действовал быстро и энергично, понимая, какую важность имеет закрепление достигнутого успеха. К осени 1703 года постройка крепости была почти закончена
Параллельно со строительством города и крепости велось строительство 15 новых военных кораблей на Лодейнопольской верфи.
После ухода шведской эскадры от устья Невы, русские вышли на взморье, чтобы найти место для морской крепости, которая могла бы преградить неприятелю вход в Неву. Остров Котлин наилучшим образом отвечал этой цели. Но в короткий срок не представлялось возможным построить крепость на нем. Петр ограничился тем, что отдал распоряжение соорудить батарею на одной из мелей недалеко от южного берега Котлина. Эта батарея, имевшая вид трехъярусной деревянной башни, вместе с батареей, возведенной на острове, закрывала единственный фарватер, по которому шведы могли подойти к Неве со стороны Финского залива. Сооружение батарей продолжалось всю зиму. Весной 1704 г. произошло ее торжественное освящение. Она была названа Кроншлотом. Значение Кроншлота для защиты входа в Неву было очень велико. Недаром Петр в инструкции коменданту Кроншлота от 3 мая 1704 г. писал: «Содержать сию ситадель с божиею помощию, аще случится, хотя до последнего человека».
К маю 1704 г., т.е. через год после закладки крепости на Неве, самые срочные и важные мероприятия по защите Невы и очищению от неприятеля окрестностей были закончены. За этот год на берегах Невы успел вырасти город.
В 1706 г. началось сооружение каменных бастионов Петропавловской крепости (закончено оно было лишь в 1740 г.), а в следующем году приступили к постройке кронверка по другую сторону протока, отделяющего крепость от Березового острова. Одновременно шли работы по укреплению Котлина. На нем были возведены постоянные сооружения, заменившие собой существовавшие до того временные.
Знаменитый историограф Карамзин говорил, что Петр I сделал «бессмертную ошибку», основав Петербург именно на этом месте, а не на другом. Его взгляд разделили многие. Но здесь не было ошибки Петра: Россия шла естественным ходом исторической жизни к своему упрочению на Балтийском море. Петр I стал исполнителем этого исторического процесса, сознавая пользу, которую принесет Петербург, построенный в устье Невы. Карамзин полагал ошибкой не то, что Петр построил торговый город на море, но то, что он сделал его столицей. Казалось, что опасность превышает выгоды: «Утаим ли от себя ещё одну блестящую ошибку Петра Великого? Разумею основание новой столицы на северном крае государства, среди зыбей болотных, в местах, осуждённых природою на бесплодие и недостаток. Ещё не имея ни Риги, ни Ревеля, он мог заложить на берегах Невы купеческий город для ввоза и вывоза товаров; но мысль утвердить там пребывание государей была, есть и будет вредною. Сколько людей погибло, сколько миллионов и трудов употреблено для приведения в действо сего намерения? Можно сказать, что Петербург основан на слезах и трупах. Иноземный путешественник въезжает в пески, в болота, в песчаные леса сосновые, где царствует бедность, уныние, болезни. Там обитают государи российские. Но великий муж самыми ошибками доказывает своё величие: их трудно или невозможно изгладить - как хорошее, так и худое делает он навеки. Сильною рукою дано новое движение России; мы уже не возвратимся к старине!..». Однако Петр имел глубокий замысел перестройки всей России через новый город. А это можно было сделать только одним способом - сделать этот город главным. Он должен был быть столицей, ибо столица - образец, пример, который рано или поздно формирует нравы и понятия всей страны.
Для чего же был воздвигнут город на море? Море - это связь с миром, а потому и приучение к толерантности, море - это торговля. Петр говорил: «Если бог продлит жизнь и здравие, Петербург будет другой Амстердам».
Разветвленная дельта Невы давала возможности как для строительства портовых сооружений и корабельных верфей, так и для превращения Петербурга в сильную приморскую крепость. Вот почему выбор Петра I пал на невскую дельту, несмотря на трудный для освоения болотистый грунт и суровость природы.
Слабые уклоны приморской равнины и обилие вод сделали почву Петербурга болотистой. И нужно было затратить немало усилий на то, чтобы осушить почву и сделать ее пригодной для строительства города. Каналы, прорытые при Петре и в более позднее время, снизили уровень грунтовых вод и улучшили климат, но опасность морских наводнений все же не была изжита. Здесь мы видим черту новой эпохи. Человек предстает перед нами как творец. Несмотря на все препятствия, которые встают перед ним, он стремится к достижению поставленной цели, преодолевая все трудности.
Почти во всех специальных трудах, посвященных изучению старого Петербурга, первое десятилетие с момента основания города считалось временем строительного беспорядка. А между тем в истории строительства Петербурга эти годы сыграли весьма существенную, если не решающую роль.
Темпы строительства города - следующая его особенность. С первых же лет после основания Петропавловской крепости Петербург стал развиваться необыкновенными темпами. Уже в том же 1703 г. строительство перебросилось на Петербургскую сторону и на Васильевский остров. В 1704 г. на левом берегу возникает Главное Адмиралтейство. Вокруг него разбивается эспланада (Адмиралтейский луг), за которым вырастает Адмиралтейская слобода. На Березовом острове (Фомин остров), где еще вчера шумел дремучий лес, на прорубленных просеках возникли первые улицы. Их заселение шло по сословным и профессиональным признакам, что получило отражение в названиях многих улиц. Вблизи Троицкой площади появились Большая Дворянская и Малая Дворянская улицы, где поселились дворяне. По соседству образовались Посадские улицы. Далее, в глубь острова - Ружейная, Монетная, Пушкарская, Гребецкая и другие улицы.
Вдоль самого берега реки были возведены дома "именных людей". Кроме царской резиденции здесь стояли добротные дома виднейших сановников - А.Д.Меншикова, Г.И.Головкина, П.П.Шафирова, И.М.Зотова, М.П.Гагарина и других. От того далекого времени сохранился лишь Домик Петра I. Он был срублен из обтесанных сосновых бревен солдатами-плотниками за три дня - с 24 по 26 мая 1703 г. А 28 мая под пушечную пальбу основатель города поселился в своем новопостроенном дворце.
Наплыв населения в Петербург был настолько велик, что в течение десяти с небольшим лет была застроена территория между Адмиралтейством и Марсовым полем, а также и весьма протяженное побережье Невы от Финского залива и до Выборгской стороны. В 1710 г. напротив впадения в Неву р. Охты, т.е. на расстоянии 5 км от «исходного пункта» Петербурга-Петропавловской крепости, появились первые деревянные здания Александро-Невской Лавры, а через два года между Адмиралтейством и Лаврой началась прокладка главной магистрали столицы - Невского проспекта. Таким образом, несмотря на разбросанность застройки и наличие в черте города обширных «пустопорожних» мест, Петербург петровского времени охватил громадную территорию, не уступавшую в размерах крупнейшим европейским столицам. Это территориальное распространение города, вызвавшее строительство больших прямолинейных проспектов, завершенных громадными шпилеобразными башнями, навсегда определило тот широкий размах, который свойственен Петербургу и не свойственен другим российским городам, что также выделяет его.
В самом деле, представим себе обстановку, в какой происходило строительство Петербурга в первые годы после его основания. Десятки тысяч людей разной социальной принадлежности навсегда и весьма поспешно переселились в Петербург. Но в Петербурге они не имели готовых жилищ и даже самых необходимых строительных материалов. Указ Петра о запрещении каменного строительства во всей России, за исключением Петербурга, вышел только в 1714 году, поэтому в первые годы строительство велось из всяких материалов, находившихся под рукой. Дерево в бревнах и досках, глина для мазки деревянных стен и для изготовления сырцового кирпича, хворост и дерн для покрытия домов - все шло в дело. При отсутствии предварительно составленного генерального плана Петербурга такое строительство могло привести к непоправимому хаосу. Однако этого не произошло, и даже больше того - иностранцы, приезжавшие в Петербург в двадцатых годах 18 века, с восторгом отзывались о новой петровской столице.