После кончины Рамсеса XI, в 1085 г. до н. э., в стране разразилась гражданская война, которая в 1070 г. до н. э. положила конец династии Рамсесидов. Власть фактически перешла от фараонов к жрецам бога Амона, а царский титул перестал восприниматься как божественный. Время правления XXI—XXX династий называют Поздним периодом (иногда историки разделяют время правления XXI—XXV и XXVI— XXX династий на периоды Третьего междувластия и Поздний период). Уже при последних Рамсесидах Египет потерял свое прежнее влияние в Передней Азии. Жрец храма Амона в Карнаке Херихор стал фактическим правителем Верхнего Египта, а наследственный правитель одного из городов в Дельте (Таниса) Смендес властвовал на севере страны. Несубанебджед, могущественный правитель Таниса (Пер-Рамсеса), стал основателем новой, XXI династии, цари которой около ста лет правили Дельтой, поддерживая дружественные отношения с правителями и верховными жрецами Амона-Ра в Фивах. Через столетие на политическую арену выступили ливийцы, уже с давних пор проникавшие с запада и оседавшие в дельте. Еще со второй половины Нового царства пленные ливийцы использовались фараонами в качестве воинов-наемников. Впоследствии ливийцы селились в дельте целыми семьями. Шешонк, один из вождей-военачальников при последнем царе XXI династии, Псусеннесе II, в 950 г. до н. э. провозгласил себя царем и стал основателем новой, XXII ливийской династии.
Со времени переноса столицы из Таниса в Бубастис начинается новый период в истории страны. Шешонк I укрепил свою власть в дельте и объявил своего сына верховным жрецом Амона-Ра в Фивах. Казалось, страна вновь объединяется. Вскоре войска Шешонка вторглись в Палестину, в 945 г. до н. э. ими был взят и разграблен Иерусалим. Затем север Верхнего Египта контролировался могущественным номархом Гераклеополя, на юге власть находилась у жречества Амона-Ра. Страна переживала время тяжелого кризиса, упадка ирригационной системы. За новое объединение страны выступило фиванское жречество, которое смогло в этой борьбе опереться на военную мощь уже отделившейся от Египта Нильской Эфиопии (Куша). Консолидация местных эфиопских племен кушитов привела в VIII в. до н. э. к возникновению на южных границах Египта государства со столицей Напата у четвертого нильского порога. В середине VIII в. до н. э. эфиопский царь Пианхи вступил в Фивы и при поддержке жречества Амона, которому поклонялись и в Эфиопии, начал поход на север. Нижний Египет оказал упорное сопротивление. Возглавил борьбу против эфиопов правитель Саиса Тефнахт, которого поддерживали жрецы Мемфиса. Однако Мемфис был взят, и Пианхи вступил в дельту, пленив последнего царя XXIII ливийской династии — Осоркона. Тефнахт был вынужден признать власть Пианхи над Нижним Египтом.
Кушиты считали себя не завоевателями, а реставраторами древнеегипетской традиции, им частично удалось вернуть прежний блеск Египту. Например, в Судане, в некрополе Мероэ, они начали возводить остроконечные пирамиды, правда менее пропорциональные, чем египетские. XXIV династия правила уже не всем Египтом. Один из ее царей, Бокхорис, попытался положить конец ростовщичеству и долговому рабству в дельте. По преданию, он был взят в плен эфиопским царем Шабакой и сожжен.
В XXV династии (эфиопской) кроме Шабаки, окончательно объединившего страну, следует упомянуть имя Тахарки. Эти цари пытались играть политическую роль и в Передней Азии, но не могли даже контролировать Египет. Формально Египет в это время был единым государством с Нубией, которым управляла суданско-нубийская династия. Но уже царь Танумтамон жил практически не в Египте, а в Судане. Страна распалась на мелкие ливийские и египетские княжества, и в 647—665 гг. до н. э. Египет не смог противостоять ассирийскому завоеванию. В борьбе против захватчиков, правителям Саиса в дельте, Псамметиху I (663—610 гг. до н. э.) и его сыну Нехо II (609—594 гг. до н. э.), ливийцам по происхождению (XXVI династия), удалось объединить страну, откупившись золотом от ассирийцев. Нехо II принял участие в бурных событиях, сопровождавших гибель Ассирии в конце VII в. до н. э. Он на короткое время завоевал Палестину и Сирию, однако был наголову разбит вавилонскими войсками Навуходоносора II. Нехо пришлось отойти на собственную территорию. Однако честолюбивый правитель взялся еще за одно великое дело, он решил соединить Средиземное море с Красным. Это стоило жизни 120 тысячам рабов, но работы завершились лишь через 150 лет, при персидском царе Дарий. В 550 г. до н. э. греки основывают свою первую колонию на территории Египта — Навкратис, стремясь при помощи торгово-политического союза противостоять персам. В 527—525 гг. до н. э. Египет, после поражения Псамметиха III от Камбиса II, был завоеван персами и стал шестой сатрапией огромной империи. Персидские цари (Камбис II, Дарий I, Ксеркс I) провозглашали себя фараонами, но не переносили центр своей империи в Египет. Господство персов продолжалось почти два века. Восстания, зачастую инспирированные греками, однако, не приводили к независимости страны. Лишь Амиртею в 404 г. до н. э. (во время правления Ахеменидов в Персидской державе) удалось снова добиться независимости (XXVIII—XXX династии). Особенно прославился Нектанеб I (378—360 гг. до н. э.), который даже пытался завоевать некоторые области Передней Азии. В 343 г. до н. э. Артаксеркс III вновь сумел восстановить контроль над Египтом.
Вторжение войск Александра Македонского в 332 г. до н. э. было воспринято египтянами как избавление от персидского владычества. Он основал город Александрию. После смерти Александра Македонского в Вавилоне в 323 г. до н. э. его империя распадается. После правления в стране Филиппа Архидея и Александра IV (323— 304 гг. до н. э.), Египет попадает под власть одного из полководцев Александра Македонского Птолемея Лага (Сотера). Он основывает династию Птолемеев, начинается эллинистический период в жизни страны (IV—I вв. до н. э.). Первоначально преемники Птолемея I проводили мудрую и гибкую политику. Они восстанавливали разрушенные персами храмы, строили новые святилища, например Филе, Карнак, КомОмбо, Дендеру. К этому времени относится строительство Александрийского маяка, ставшего одним из чудес света. Однако Птолемеи начинают затяжные военные кампании против империи Селевкидов, запрещают использование папируса в качестве писчего материала (его сменяет пергамент). В это время Александрия становится признанной столицей Египта, центром не только торговли, но и культуры. Здесь жили многие знаменитые философы, писатели, художники. Здесь впервые на греческий язык переводится Библия. Здесь основывается знаменитая библиотека, делаются многие технические открытия. Кризис наступает с восшествием на престол Птолемея IV Филопатора (221—205 гг. до н. э.), который для нрихода к власти убивает свою мать, сестру и брата. Бесконечные дворцовые интриги, убийства, войны с государством Селевкидов становятся нормой египетской жизни. В середине I в. до н. э. власть перешла к 10-летнему Птолемею XIII, который был женат на своей 17-летней сестре Клеопатре VII. Интриги вышей знати вынудили ее искать покровительства римлян. Клеопатра обратилась за помощью к Помпею, который в это время начал войну с Юлием Цезарем. Однако в битве при Фарсале (48 г. до н. э.) Помпеи потерпел поражение и бежал в Александрию, где затем был убит. Именно в это время, в 47 г. до н. э., сгорела знаменитая Александрийская библиотека. Цезарь, покорив страну, не смог устоять перед чарами образованной и красивой царицы, которую он утвердил на египетском троне. Вместе с Цезарем Клеопатра торжественно въезжает в Рим, где, согласно египетским обрядам, совершается их бракосочетание. От их брака родился сын и наследник — Цезарион. После гибели Юлия Цезаря в 44 г. до н. э. Клеопатра возвратилась в Александрию, куда вскоре прибыл Марк Антоний, правитель восточной части римского государства, ставший новым возлюбленным Клеопатры. В 31 г. до н. э. Марк Антоний в битве при Акциуме потерпел поражение от своего соперника Октавиана Августа. В 30 г. до н. э. Антоний кончает жизнь самоубийством, а через несколько недель за ним последовала и Клеопатра, предпочтя смерть плену. Октавиан приказал умертвить Цезариона, последнего из Птолемеев, что положило конец XXXIII династии. Египет стал провинцией Римской империи и до 395 г. переживал с ней времена расцвета и упадка.
Бегство в Египет Святого Семейства знаменует начало новой истории этой древней страны. Согласно традиции, в 40 г. апостол Марк начал проповедь христианства в Египте, которое постепенно завоевало признание во всей стране. В условиях обеднения страны и жестоких преследований христианства со стороны римских императоров, в особенности Деция (249—251), в Египте появляются первые монахи-отшельники в глухих местах Синайского полуострова и в Фиванской пустыне. Под влиянием примера Святого Антония и его ученика Павла основываются и первые монастыри. В 272 г. Зенобий, правитель Пальмиры, совершает успешную военную экспедицию в Египет, но вскоре попадает в плен к римлянам у Евфрата. Египет вновь становится частью владений «императоров-солдат». В условиях жестоких преследований внутри христианской общины возникли яростные богословские споры. Одним из раскольников стал Арий Александрийский (280—336), который обосновал (318) собственное арианское учение, объявленное Никейским Вселенским собором 325 г. еретическим. Переломным в истории христианства было правление императора Константина (306— 337), поскольку Миланским эдиктом императора была провозглашена свобода вероисповедания. При Феодосии (379—395) христианство было объявлено государственной религией, а в 383 г. все языческие храмы были либо разрушены, либо переделаны в христианские церкви. После смерти Феодосия Римская империя была разделена между двумя его сыновьями. Египет стал основной частью владений Аркадия и провинцией могущественной Византии. Это произошло в 395 г. После Вселенского собора 451 г. в Халкедоне происходит окончательный раскол Египетской (коптской) Церкви и официального христианства. В 551 г. был закрыт последний «древнеегипетский» храм в Филе, а в 527 г. основан монастырь святой Екатерины — оплот православия в Египте. Это и в настоящее время действующий монастырь с самым богатым в мире собранием древнейших икон. В б 10 г. византийским императором стал Ираклий. Именно в его правление, в 619 г., в Египет вторглись персы, которым активно помогали евреи и христиане-монофизиты. Персы, копты и евреи разрушили большую часть Александрии и утвердились в Египте, но в 629 г. Ираклию все-таки удалось восстановить свою власть в Египте и даже занять Месопотамию. В 639 г. войска арабского халифа Омара под предводительством Амр ибн эль-Аса одержали победу над византийцами, оккупировали Дельту и основали город Фустат (часть современного Каира). К 642 г. арабам удалось овладеть всем Египтом. Упорное сопротивление новым захватчикам оказала лишь Александрия, которая пала в 641 г. после 14 месяцев осады. В 661 г. Муавия, губернатор Сирии, отказался повиноваться халифу Али, захватил власть и основал в Дамаске династию Омейядов. В 706 г. арабский язык стал официальным языком в Египте, а все ключевые посты оказались сосредоточенными в руках мусульман. Арабский военачальник Абу аль- Аббас ас-Саффах (потомок одного из родов семьи пророка Мухаммеда) возглавил коалицию противников Омейядов и уже в 750 г. стал первым халифом династии Аббасидов. Последний правитель предыдущей династии был обезглавлен. Аль-Мансур, сын Аббаса, основал Багдад и перенес туда столицу халифата. Губернатор Египта Ахмед ибн-Тулун восстал против халифа, разбил багдадские войска и даже захватил часть Сирии. В 868 г. он основал в Египте новую династию Тулунидов. Свою столицу Аль-Катайя Ахмед ибн- Тулун украсил многочисленными монументами, дворцами, мечетями, однако вскоре после его смерти, в 905 г., Аббасидам удалось временно восстановить свое господство над Египтом. После кратковременного правления в стране династии Ихшидидов (935—969), основанной тюрком Мухаммедом ибн-Тугджем, получившим от Аббасидов титул правителей Согдианы и Ферганы «ихшид», в Египте началось правление Фатимидов. Время правления мусульманских династий было разорительным для Египта. Фатимиды, выходцы из Северной Африки, считали себя потомками Фатимы, дочери пророка Мухаммеда, отсюда и название их династии. Они в 969 г. основали новую столицу Аль-Кахира («Победительница»), превратившуюся в современный Каир. При Фатимидах впервые за долгие годы Египет вновь становится независимым государством. В 1001 г. император Византии Василий II и правитель Египта Аль-Хаким заключили договор, по которому признавали новые границы между двумя государствами (на территории современной Сирии). Однако уже в 1009 г. Аль-Хаким разрушил храм Гроба Господня в Иерусалиме. Во второй половине XI в. Каир разрушают турки-сельджуки, а норманны Сицилии — Дамьетт, важный город в Дельте. В 1168 г. король-крестоносец Амальрик Иерусалимский вторгся в Египет и разбил армию Фатимидов около Каира. Столица державы Фатимидов Фустат полностью сгорел, и от города осталась лишь мечеть Амра. В 1171 г. полководец Салах-ад-дин ибн-Айюб (Саладин), курд по происхождению, окончательно уничтожил державу Фатимидов и объединил Сирию и Египет. Он стал основателем новой династии, правившей до 1250 г. и получившей название Айюбидов. Саладин вел успешные боевые действия против крестоносцев, у которых отобрал Палестину, Иерусалим, Антиохию. При Саладине был создан и корпус мамлюков, успешно противостоявший рыцарям-крестоносцам. В 1250 г. мамлюки захватили власть в стране и основали новую династию тюркских мамлюков — Бахаритов. Новые правители, утверждая свою власть, начали возведение в Каире великолепных зданий (мечетей, медресе, мавзолеев), которые считаются лучшими архитектурными памятниками исламского мира. В 1382 г. бывший раб-черкес Захир Сайф-ад-дин Баркук, руководитель одного из отрядов мамлюков, захватил власть в стране и основал новую династию Бурджитов («черкесских мамлюков»), за время правления которой Египет постепенно утрачивает остатки своего великолепия. Постоянная борьба за власть (большинство правителей умирало не своей смертью), военные неудачи, преследования коптов, торговое соперничество португальцев — все это подрывало силы страны. Османский султан Селим I, после двух побед над войсками Бурджитов, захватил Египет. В 1517 г. был казнен последний правитель из династии Бурджитов Ашраф Туман-бей, и Египет вошел в состав Османской империи. 1 июля 1798 г. 35-тысячная французская армия во главе с Наполеоном Бонапартом высадилась около Александрии и захватила весь Египет, нанеся ряд поражений мамлюкам. Французы хотели превратить Египет в «цивилизованную» колонию, а также разрушить систему влияния Англии на Востоке. В августе 1798 г. французский флот был разгромлен при Абукире, к востоку от Александрии, английским адмиралом Нельсоном. В 1799 г. Бонапарт предпринял неудавшийся до конца поход в Сирию, заняв Газу и Яффу и нанеся ряд поражений туркам. Высадившиеся в сентябре 1801 г. английские войска заставили капитулировать остатки французов, которыми руководил генерал Мену. Англичане, вынужденные также эвакуироваться из Египта, оставили страну в состоянии полной анархии. В 1805 г. молодой офицер из албанского отряда наемников — Мухаммед Али, используя недовольство египтян мамлюками и при поддержке Стамбула, провозгласил себя пашой и турецким наместником в Египте. Он добился вывода из страны остатков войск англичан. 1 марта 1811г. Мухаммед Али пригласил на пир в Каирскую цитадель 470 мамлюкских вождей. Когда пир подошел к концу, гости, собиравшиеся разойтись по домам, проходили через узкий проход между крепостными стенами, и солдаты Мухаммеда Али, перекрыв все выходы, устроили резню мамлюков. Обладая большим авторитетом в стране, Мухаммед Али совершает успешные походы в Саудовскую Аравию, Грецию, Сирию, Ливан, Судан. Западные государства, обеспокоенные появлением новой мощной восточной державы, заставляют, однако, Мухаммеда Али отказаться от всех завоеванных территорий (кроме Судана). Тем не менее в 1840 г. он признается наследственным правителем Египта (ранее сохранялась формальная зависимость Мухаммеда Али от Оттоманской империи). В 1882 г., используя различные предлоги, Великобритания оккупировала Египет, разгромив войска Араби-паши и вытеснив французов в контроле над финансами. В 1914г. Англия провозгласила Египет протекторатом. В 1922 г. был формально упразднен протекторат и Египет был провозглашен независимым королевством во главе с Фуадом I. Во время Второй мировой войны, в 1942 г., итало-немецкие войска под командованием Роммеля вели успешные наступательные операции в Египте.