Велике значення у справі консолідації мала боротьба запорожців проти турецько–татарської агресії. Січ стала своєрідною військовою базою, звідки розпочиналися морські та сухопутні походи, а козацтво – могутньою організацією з власним флотом, піхотою і артилерією. Вже протягом другої половини XVI століття козаки здійснили десятки експедицій до Очакова, Кілії, Ізмаїлу, Акермана, Гезлева та інших турецьких твердинь на Північному Причорномор’ї. Згодом козацькі чайки досягли навіть берегів Анатолійського півострова, зокрема, фортець Сінопа і Трапезунда. Актові матеріали зберігають багато листів турецьких султанів, кримських ханів та інших високопоставлених осіб, в яких вони скаржилися польському урядові на запорожців, намагалися використати походи останніх як привід для втручання у внутрішні справи Речі Посполитої. У відповідь власті заявляли, що вони не можуть покарати козаків, оскільки запорожці їм не підпорядковувалися. Лише перед реальною загрозою турецької агресії в 1590 році сейм ухвалив постанову «Порядок щодо низовців і України». Вона передбачала, зокрема, виведення із Січі «людей свавільних» і зміцнення там реєстрової залоги представниками шляхти.[31] Однак, аналогічні постанови викликали зворотну реакцію. Вибухнув ряд козацьких повстань, що перекреслило плани уряду Речі Посполитої. Зростаюча козацька енергія змусила його відмовитися від тиску на запорожців і перейти до пошуків компромісів.
Одним із найважливіших факторів консолідації козацтва на Січі стало перетворення її у своєрідний осередок визвольного руху українського народу. Саме на Запорожжі здобув авторитет і визнання Криштофор Косинський, який очолив виступ козацтва проти панського свавілля. Останній похід на волості (1593) гетьман Косинський здійснив з Січі. Цей шлях став у майбутньому основним для руху повстанських сил аж до часів Богдана Хмельницького. З 1625 року Запорозька Січ стала центром організації повстанських загонів для боротьби проти коронного війська. Саме там з’являються письмові звернення до українського народу, зміст яких відбивав прагнення широких соціальних верств. На Січі конкретизувалися методи і завдання визвольного руху.
Отже, виникнення осередку лицарської вольниці – Запорозької Січі в другій половині XVI століття було зумовлене поряд із внутрішніми потребами козаків, які знаходилися на південному порубіжжі, необхідністю захисту від зовнішньої загрози. Ці обставини мали безпосередній вплив на зростання чисельності, формування демократичних засад військово-політичного устрою січовиків коша. Важливим фактором українського козацтва стало утвердження Січі як форпосту боротьби проти турецько–татарської агресії і центру національно–визвольного руху в Україні.
Хаджибей від початку був серед головних цілей захисників українських земель від «бусурман». Скарги кримського хана в листах до польського короля про напади козаків на татар біля соляних промислів у Качібеї 1548 року та взяття там в полон татарина, напевно вельможі, Саричори свідчать про дошкульність таких ударів для ханства. Недарма, у зв’язку з цим хан у 1552 році навіть вніс в односторонньому порядку зміни до вищезазначеної угоди від 1540 року. Через козацькі напади Хаджибей почав занепадати. Це «небезпечні місця» для татар та турків «землі козаків» де влада їх ватаг є практично безроздільною, – писав російський посланець В.Айтемирів. На жаль, практично невідомі імена отаманів тих невеликих козацьких загонів, які протягом двох століть фактично контролювали ситуацію навколо Хаджибея. Існують лише деякі непрямі згадки, наприклад, про «доброго випробуваного польових ватаг Осипа Кулика у всій обстановці від Дніпра до Богу, а від Богу до Дністра і до самого Чорного моря дуже обізнаного», який 1688 року брався таємно провести війська І.Мазепи та російської армії під Очаковим.[32] Є відомості, хоча їх не можна вважати достовірними, про похід на Акерман, Хаджибей і в Крим славного кошового отамана Запорожської Січі Івана Сірка в «Історії Русів». У кінці XVII століття козаки на чолі з хоробрим фастівським полковником Семеном Палієм провели бій з татарами на Пересипу біля «небезпечного місця Кочубея», який можна віднести до числа найбільш блискучих перемог козаків над турками та татарами. Неабиякий інтерес має розповідь про подорож через околиці Хаджибея гетьмана Івана Мазепи та короля Карла XII, яких супроводжували шведські військові та численні запорозькі загони.
В кінці ХVІ століття козацтво зміцнюється і виділяється в окремий суспільний стан зі своєю особливою організацією з специфічними порядками й характером життя, з своїм центром. Тому коли польські й українські магнати почали захоплювати землі південно-східної України та закріпачувати населення, для селянства, щоб не потрапити в панське ярмо, залишався один вихід: покозачитися, визнати владу козацьких старшин і разом з усім козацтвом, яке на той час уже створило свій центр – Запорізьку Січ, - вступити в боротьбу з панами за свої землі і право бути вільним хліборобом. Оскільки козацтво створило свою військову організацію і свій центр, набуло великого досвіду боротьби проти ординців, мало своїх досвідчених ватажків, то, зрозуміло, воно й очолило селянську боротьбу проти польсько-шляхетського гноблення. Можна вважати, що у тодішніх умовах Запорізька Січ була козацькою республікою, своєрідним прообразом Української козацької держави, яка створилася в ході визвольної війни в середині ХУІІ століття під керівництвом Богдана Хмельницького. Після ліквідації польсько-шляхецького режиму протягом 1648 р., встановлюється новий державний апарат, в Україні складалася нова військово-адміністративна і політична система, яка формувалась на земельних просторах, зокрема й по півдню України, зробивши чималий внесок у освоєння і заселення цього регіону.
Знищення основної організації українського козацтва, Наддніпрянської Січі, не завадило виникненню нових формувань такого типу. Одразу ж після зайняття Січі царськими військами пішла половина перебуваючого в Січі війська і забрала з собою ті вільні думки, проти яких було влаштовано погром. Отже, замість повного знищення запорозького козацтва і перетворення його на регулярне військо сталося зовсім інше: значна частина козацтва опинилась на боці Туреччини, з якою Росії ще треба було вести боротьбу на південних кордонах. Козаки розселилися в перші роки після виходу з Запоріжжя в
Очаківській окрузі, на Березані, по Тилігулу, біля Хаджибею і Балти, у пониззі Дністра від Акермана до Бендер, в Буджаку, в дунайських гирлах – у Вилковому, Кілії, біля Тулчи й Галаца. Приймаючи до себе козаків, Туреччина послаблювала позиції Росії на півдні. Козакам надавалася земля для заснування Січі в пониззі Дністра – в Кучурганах. Козацтво виявилося об’єктом політичної гри між Росією і Туреччиною (царський уряд Росії вимагав повернення козаків). Російський уряд знову і знову вимагав від Туреччини переселення запорожців з прикордоння. Тому було вирішено переселяти козаків за Дунай.
За час війни 1787-1791 рр. Задунайські запорожці створили свою військову організацію і закріпилися на певний час в гирлі Дунаю та розмістили свій Кіш в Дунавцях – в Катирлезі (Очаківська округа відійшла до Росії), а також в місцях нижче Старої Кілії на острові.[33]
Протяжність південних кордонів Російської імперії була відома не тільки козацтву на Україні. Запорозькі козаки, що розходилися по великих південних просторах, зустрічались тут з представниками некрасівських і донських козаків. Поступове переселення їх почалося в 1778 р. і тривало, вірогідно, біля 8 років. Воно мало два потоки: один йшов в Анатолію, другий – в Дунайську дельту. З’явились некрасівці і в пониззі Дністра. Тікали за Дунай і донські козаки. Частина їх лишилася в Буджаку ще після російсько-турецької війни 1768-1774 рр. Поселення некрасівців: Вилкове, Приморське( Кілійського району Одеської області); Кислиця, Муравльовка ,Стара Некрасівка , Нова або Мала Некрасівка ( Ізмаїльський район Одеської області);Тучков – район міста Ізмаїла. У ХІХ ст. Тучков (Ізмаїл) – один з головних центрів старообрядництва в Європі. В середині серпня 1787 року розпочалася друга за царювання Катерини ІІ війна з Туреччиною. З початком війни російське командування відчуло гостру потребу у збільшенні свого військового контингенту, особливо за рахунок бійців, що добре знали театр воєнних дій і противника та бойові якості яких були загальновідомі. Тому уряд змушений був звернутися до колишніх запорожців, які лишилися в Україні. У 1788 р. почалося формування козацького війська, яке одержало назву Чорноморське козацьке військо. Кошовим було призначено Сидора Білого, суддею Антона Головатого, кіннотою командував Захар Чепіга. Кіш Чорноморського козацького війська розділив територію між Бугом і Дністром, яку заселяли козаки, на три полкових паланки (окружні управління) – Подністрянську, Березанську, Кінбургську (тепер Одеська, Миколаївська та Херсонська області). Вони очолювалися призначеними Кошем старшинами і паланковими полковниками. Кожна паланка включала в себе декілька козацьких поселень. Так, на території, яку займала Подністрянська паланка, виникли поселення чорноморців по Дністру: Біляєвка, Калаглія, Кучургани, Глинна, Чобручи, Незавертай, Головківка, Аджидер, Яська та багато інших. За далеко не повними даними, на 1792 р. у Подністрянській паланці існувало 30 селищ, в яких проживало близько 1500 козацьких родин. Крім того, виникло багато хуторів і поселень при риболовецьких заводах, по річках та лиманах.
На початку ХІХ ст. відносини між Росією та Туреччиною настільки загострились, що привели до війни 1806-1812 рр. В листопаді-грудні 1806 р. російські війська оволоділи Бессарабію, за виключенням Ізмаїла. Вихід в цей район поставив перед російським командуванням питання про взаємовідносини з біглим сюди українським і російським населенням і задунайськими запорожцями. Зокрема, у фортеці Браїлів, що була оточена російськими військами, знаходилося до трьох тисяч дунайців. Російське командування вжило низку заходів, щоб залучити задунайських запорожців на свій бік, обіцяючи їм всі пільги, якими користуються чорноморці на Кубані. Все це мало певний ефект. Збігле населення було зацікавлене в легалізації свого положення, а задунайські запорожці опинилися в районі дій російської армії.