Сценарій він пише з гіркотою та нашвидкоруч — за 11 днів, але сам майже не знімає його, доручаючи робити це асистентці та дружині Юлії Солнцевій. Зацькований, зарахований до націоналістів-реакціонерів, без підтримки колишніх однодумців, усунутий з посади на кафедрі Державного кінематографічного інституту у Києві, Довженко повинен був закінчити свою працю до жовтневих свят 1932 року. Але фільм був приречений на провал. Перебільшене захоплення працею, піднесення машин, на фоні яких люди виглядали лише статистами, перетворюють цей фільм на суцільний блеф. Насправді Дніпрогес будували кустарними способами 10 тисяч робітників, які, уникаючи голоду в селі, влаштувалися землекопами. Перший звуковий фільм Довженка, знятий не дуже якісною технікою, загалом лишився недосконалим.
Довженко завжди жалкуватиме з приводу цього свого твору, розуміючи, що знімав його у часи агітпропівської плутанини. Та попри все, документальні кадри цього будівництва залишаються свідками епохи. Після цієї жертви на "вівтар індустріалізації", колесо знищення "українського буржуазного націоналізму" тільки набирає обертів. Після фільму "Іван" батьків Довженка виганяють з колгоспу (за доносами його батька характеризують як активного церковника, націоналіста, "хлібороба-власника" — хіба таким місце в колгоспі?), а стеження за сином посилюється.
Відчуваючи подих у спину ідеологів майбутніх репресій, Довженко шукає порятунку. У 1934 році він опиняється у Москві. За його власними словами, він пише листа Сталіну з проханням "захистити його і допомогти творчо розвиватися". Але й відомо також, що існувала цидулка одного з впливових шефів агітпропу у ЦК, яка, за наказом Сталіна, викликала Довженка до Москви навесні 1933 року, бо генсек не міг дозволити Довженку працювати в Україні під час Голодомору. Історія спілкування Довженка з "вождем народів" — особлива сторінка в житті митця. Сталін зробив Довженка своєрідним "сповідником" і часто викликав посеред ночі, щоби прогулятися по Москві й "поговорити по душах".
На замовлення Сталіна Довженко знімає у 1935 році стрічку "Аероград" про нове місто, яке виростає серед тундри, про прекрасне та світле майбутнє чукчів. Для визначення місць натурних зйомок Довженко вирушає у експедицію на Далекий Схід, у сибірську тайгу. Із серпня по жовтень 1934 року у регіоні від Владивостока до Хабаровська тривали зйомки. Вперше зустрівшись з неукраїнським краєвидом, Довженко знаходить тут простір безмежної поетики і накреслює сценарій фільму, що ніколи не побачить світу: "Загублений і віднайдений рай". "Аероград" же стане синтезом уяви та мрії про нові міста Сибіру, які мали стати форпостами оброни Східного Сибіру від шпигунів та іноземного вторгнення на територію СРСР. З виходом фільму на екрани Довженко визнав себе співцем сучасності.
За "Аероградом" йде "Щорс", що був знятий на вимогу Сталіна (під час вручення ордена Леніна за "Аероград" тиран дає зрозуміти Довженку, що той "заборгував" "українського Чапаєва"). У цей час Довженко мріяв попрацювати над "Тарасом Бульбою", але зрозуміло, що наказ генсека він не міг зігнорувати. Сценарій, побудований за маршрутами боїв Миколи Щорса, Олександр Довженко пише 11 місяців, має багато листів від учасників боїв та соратників Щорса, відвідує архіви та історичні музеї.
Сценарій весь час перероблявся, Довженко жертвував історичною правдою раз по разу, розуміючи, що її у цьому фільмі бути не може. Велика данина більшовицькій революції — замовчування смерті Щорса. І хоча зйомки Довженко почав у 1937 році (до отримання офіційного визнання сценарію), закінчив його лише у 1939 тому, що саме у ті часи тривали винищення "троцькістів", які раніше вважалися героями громадянської війни (зокрема, Якір, Тухачевський). Проби фільму систематично направляли Сталіну у Москву, і у залежності від волі вождя деякі епізоди Довженко змушений був переробляти по 5–6 разів.
При зйомках "Щорса" Довженко-режисер вдається до цікавого ходу — ставить більшовицький фільм на суто українському тлі (зйомки проходили у Чернігові та навколишніх селах). Фільм, сповнений народними піснями та танцями, місцевими звичаями, думами, набуває національного забарвлення. Російська та українська мови там органічно поєднані. Водночас це був гімн більшовицькій міфології та героїзму, заключний акт більшовицької саги, розпочатої Довженком у "Арсеналі". Фільм виходить на екрани 1 травня 1939 року одночасно у Москві та Києві і за перший тиждень його дивиться близько 31-го мільйона глядачів.
Після приєднання Галичини внаслідок пакту Молотова-Ріббентропа у 1939 році Олександра Довженка викликають до Києва, щоб організувати експедицію кінематографістів до Західної України та Західної Білорусі. Впродовж двох місяців Довженко мандрує західними землями. В результаті з’являється історична хроніка "Визволення", що супроводжується різким політичним коментарем. У хроніці Олександр Довженко показує щойно визволений від польського ярма народ, але народ багатий та цивілізований, в якому живе дух свободи, що його важко приховати від камери. "Визволення" демонструють 11 вересня 1940 року, після чого фільм швидко зникає з екранів.
У роки війни
Успіхи "Щорса" давали Олександру Довженку підстави вважати себе реабілітованим: він став депутатом, керівником Київської кіностудії та членом президії комісії з присудження Сталінської премії.
У цей час майстер продовжує працювати над своєю давньою мрією, що була відкладена майже на 10 років - сценарієм "Тараса Бульби". Наприкінці травня 1940 року, після довгих консультацій з видатним фахівцем з історії козаччини Дмитром Яворницьким, Довженко закінчує його. Але якраз у той час, коли Олександр Довженко готувався до від’їзду до Інкерманської фортеці на натурні зйомки, почалася війна, яка остаточно поклала край заповітному бажанню (у повоєнні роки він також не зможе здійснити цей проект: цього разу на заваді стане жданівська культурна політика та слабке здоров’я майстра).
З початком війни Довженко був евакуйований до Ашгабаду. Призначений полковником інтендантської служби, він не витримує бездіяльності і просить, щоб його відправили на фронт, де він стає кореспондентом газети "Красная звезда" і свідком звільнення від окупації, після чого друкує в "Известиях" 31 березня 1942 року статтю "Україна в огні". Однойменна назва належить і сценарію фільму, що його пише Довженко у 1941—1943 роках. Деякі уривки цього сценарію з’явилися у пресі у вересні 1943 року, викликавши обурення агітпропівського керівництва. Як наслідок, Довженка звинувачують у відкрито проголошених сумнівах щодо колективної вини за покинуте ворогу безпорадне населення та боєздатність Червоної армії. Довженку пропонують переписати сценарій, зрусифікувавши героя-українця Кравчину. 30 січня 1944 року його викликають до Сталіна, від якого він дізнається про заборону свого фільму під приводом антиленінізму, пораженства, ревізіонування національної політики й заохочення українського замість радянського патріотизму. Сталін, ображений на критику саме у той час, коли радянська армія виганяє ворога, не зміг простити Довженку завданої образи. У той же день Довженко знищує три "найкрамольніші" зошити свого щоденника, який він вів з 1939 року.
Усім органам цензури було надіслано директиву "не публікувати в цивільній і військовій пресі твори О.Довженка без особливого на те дозволу в кожному окремому випадку". Осмислюючи цю ситуацію, Олександр Довженко записав у своєму щоденнику: "…невже любов до свого народу є націоналізм? Чи націоналізм… в невмінні художника стримати сльози, коли народу боляче…?"
Режисера звільняють із посади художнього керівника Київської кіностудії, викреслюють зі складу всеслов’янського комітету й комітету присудження Сталінської премії, а також зі списків майбутньої Художньої ради. Натомість Довженка переводять до Центральної студії кінохроніки, де він використвує свій талант монтажера та коментатора, бравши участь у створенні документальних стрічок "Битва за нашу Радянську Україну" та "Перемога на Правобережжі" (1945).
Повоєнний період
Повоєнні роки характеризувались особливим занепадом кінематографії, особливо української. 14 квітня 1945 року Довженко заявляє: "В нашій культурі засуджені до смертної кари". У 1946 році знімає документальний фільм про Вірменію "Рідна країна".
Останні роки життя Довженко буде перебувати ніби у "вавилонському полоні" — він зняв лише один повнометражний художній фільм "Мічурін" за власною п’єсою "Життя в цвіту", та й той на замовлення Сталіна. Поновлений на посаді на кіностудії "Мосфільм" із серпня 1945-го, Довженко відтворює біографію вченого, до якої включає зашифровані моменти власної біографії. "Мічурін", знятий у 1949-му, звучить як відновлений гімн природі, як спільне бачення вченого і режисера на перетворення землі на величезний сад. Це останній твір, закінчений за життя автора. Проекти "Золоті ворота" та "Тарас Бульба" так і не будуть втілені.
Багаторічна туга за рідною землею позначилась на моральному стані Довженка, він рветься до України, але марно, туди він має право їздити у відрядження, а ось жити має у Москві.
У 1954-му на II з’їзді радянських письменників Довженко скаржиться на знецінення фаху сценариста, у 1955 під час робочої зустрічи говорить про наслідки малокартиння останніх десяти років, від яких потерпає кінопромисловість. У цей час Довженко перший намагається в законний спосіб протистояти свавіллю в царині культури. Він відкрито висловлює стривоженість тиском, який чиниться на інтелектуальну та художню творчість, на молодих початківців у кіно, жалкує, що соцреалізм став усеохопним. Ця стривоженість почута та підхоплена молодими режисерами, внаслідок чого починається нова хвиля молодого кіно, що прагне порвати з традиційним кіно та штампами соцреалізму ("Тривожна молодість" О.Алова і В.Наумова, "Над Черемошем" Г.Крикуна, "Андрієш" Я.Базеляна та С.Параджанова).