1-ша частина. Чотири початкові сцени першої частини розкривають трагедію Фауста — вченого, який присвятив служінню науці все своє життя, наполегливо і невтомно шукав істину, але зрештою дійшов висновку про обмеженість людського розуму і у відчаї готовий навіть був вдатися до самогубства, від якого в останню мить його врятував пасхальний спів і звуки дзвонів. Він знову прагне дії, і в цей момент перед ним з'являється Мефістофель, який пропонує йому задоволення будь-яких його бажань доти, аж поки Фауст не попросить зупинити мить, яка видасться вченому настільки прекрасною, що він волітиме, аби вона тривала вічно. Тоді душа Фауста стане власністю диявола. Переконаний, що процес пізнання безкінечний і що мить, яка могла б припинити його розвиток, ніколи не настане, Фауст пристає на умову Мефістофеля. Наступна сцена — «Авербахів склеп у Лейпцигу» — стає першим випробовуванням Фауста, якого Мефістофель намагається звабити пиятикою та розвагами у веселому товаристві. Але Фаустові це нецікаво; тоді Мефістофель переходить до другого випробовування, яке полягає в тому, щоб спокусити вченого принадами жіночих чар, захопившись якими він відмовиться від подальшого пошуку істини. Наступні двадцять сцен присвячено історії кохання Фауста і Маргарита, що має трагічні наслідки. Гине матір Маргарита, скуштувавши замість снодійного отрути, домішаної Мефістофелем, гине і її брат (його під час сварки убив Фауст), божеволіє Маргарита, яка позбавила життя власну дитину і потрапила до в'язниці. В ніч перед її стратою Фауст, скориставшись послугами Мефістофеля, пропонує їй втечу, але вона відмовляється. Свідомо обираючи кару за скоєні злочини, Маргарита рятує свою душу і водночас позбавляє Фауста необхідності робити нелегкий вибір: зупинити мить, зв'язавши свою долю з коханою, чи бути й надалі вільним у своїх пошуках істини. Таким чином, знехтувавши часткою свого морального єства, Фауст усе ж перемагає Мефістофеля і в цьому випробовуванні.
2-га частина. Усі п'ять дій цієї частини твору представляють собою низку нових випробовувань Мефістофелем Фауста на його шляху пошуку істини. Спочатку Фауст потрапляє до імператорського двору, де його випробовують владою, почестями, високим становищем у суспільстві. З диявольською підступністю Мефістофель випробовує далі Фауста ілюзією можливості досягнення бажаного ним ідеалу і кінцевої істини пізнання. Мефістофель переносить Фауста в античність, де він бере шлюб з Геленою Прекрасною, яка уособлює не лише ідеал недосяжної краси, а й взірець справедливого суспільного устрою, заснованого на поєднанні античних ідеалів свободи та духовності і християнської моралі. Але можливість такого синтезу виявляється ілюзорною, що символізують смерть Евфоріона, сина Фауста й Гелени, і розрив їхніх шлюбних стосунків.
Ілюзорність сподівань на те, що істину можна знайти в минулому, приводить Фауста до думки про утвердження своїх ідеалів практичною працею, спрямованою на активну перебудову реальної дійсності. На відвойованих у моря землях, які Фауст отримав у дарунок від імператора, він хоче створити суспільство вільних і щасливих людей. Фаусту сповнилося сто років, він втратив зір, але сповнений гордості, що зрештою досягнув бажаного, зрозумівши кінцеву істину буття: служити людству, не в теорії, а на практиці втілювати в життя вищі моральні та духовні запити людини. Під стукіт лопат, що, як він уявляє, символізує побудову нового суспільства, старий Фауст промовляє:
Постій, хвилино, гарна ти! (Тут і далі переклад М. Лукаша)
Зупинивши мить, Фауст падає замертво, не встигши зрозуміти, що його утопічні мрії про нове суспільство виявились черговою оманою диявола. Гірка іронія сцени в тому, що він приймає за будівельників підручних Мефістофеля, які копають Фаусту могилу, а всі його відвойовані в моря землі знищила повінь. І все ж душа Фауста Мефістофелеві не дісталася. За нього перед Богоматір'ю вступилася душа Маргарити, і Фауст уникнув пекельних мук.