Найбольш значны твор М. Сматрыцкага «Трэнас» («Плач») выйшаў у 1610 г. на польскай мове пад псеўданімам Тэафіл Арталог (Багалюб Праўдаслоў), бо ўсякаму, хто падпісаў бы сваё сапраўднае імя пад такім творам, пагражала небяспека апынуцца ў турме, што, напрыклад, і здарылася з Лявонціем Карповічам, рэдактарам і карэктарам гэтага выдання, які па загадзе караля быў абвінавачаны ў дзяржаўнай здрадзе. На дзевяць гадоў была закрыта брацкая друкарня ў Вільні, дзе друкаваўся «Трэнас», адабрана і спалена вялікая колькасць экземпляраў, а таму, хто асмеліўся б купляць ці распаўсюджваць твор, пагражаў штраф у 5000 «червоных злотых». Кніга з'явілася ў даволі нязручны для караля Сігізмунда III момант. Менавіта вясной і летам 1610 г. ён дамагаўся абрання на маскоўскі трон каралевіча Уладзіслава. «Трэнас» жа красамоўна сведчыў аб перспектывах ваенна-палітычнай інтэрвенцыі польскай магнатэрыі. Пачынаецца «Трэнас» паводле тагачаснай традыцыі, эпікграмай на герб дому Вішнявецкіх, у якой, як і ў папярэднім прысвячэнні да «Антыграфі», таксама выкарыстоўваецца барочная метафарычная сімволіка. Твор складаюць дзве прадмовы і дзесяць раздзелаў, якія ўмоўна можна падзяліць на тры ідэйна-тэматычныя групы: два пачатковыя раздзелы найбольш ярка раскрываюць талент палеміста-мастака; трэці і чацвёрты раздзелы ўяўляюць сабою своеасаблівую энцыклапедыю выказванняў старажытных багасловаў і філосафаў пра кіруючую ролю рымскага папы. Шэсць апошніх вырашаюць у большасці сваёй праблемы рэлігійна-дагматычнага характару. Менавіта першыя два раздзелы сведчаць аб пісьменніцкай сталасці Сматрыцкага, які дасканала авалодаў паэтыкай стылю барока. Апісваючы сучасны яму стан праваслаўнай царквы, Мялецій выкарыстоўваў народна-паэтычную, міфалагічную і біблейскую сімволіку: «Рукі мае ў аковах, ярмо на шыі, путы на нагах, ланцугі на клубах, меч з двух бакоў востры над галавою, вада пад нагамі глыбокая, няўгасны агонь па баках, адусюль стогны і енкі, адусюль страх і праследаванні».
«Трэнас» – твор высокага грамадзянскага гучання. Многімі сваімі зваротамі, асабліва, калі ідзе гаворка пра былую магутнасць праваслаўнай царквы (вобраз лямантуючай царквы – высокамастацкае ўвасабленне вобраза радзімы-маці), ён нагадвае бессмяротныя радкі «Слова пра паход Ігаравы», дзе ўпершыню ў літаратуры ўсходніх славян з такім пафасам прагучала ідэя аб неабходнасці яднання рускіх князёў. Паэтыка стылю барока вымагала стракатага спалучэння нябеснага і зямнога, высокага і нізкага, дзівоснага і звычайнага. Нярэдка мінорнае гучанне рэзка пераходзіла ў мажорнае, адсюль суседства, суіснаванне элегічных пачаткаў з сатырай, іроніяй, гратэскам. Сматрыцкі дае знішчальную характарыстыку пастырам, якія сваімі ўчынкамі не апраўдвалі прызванне настаўніка. Ён паказвае сапраўдны твар невукаў-святароў: «У жыцці вы карчмары і купцы, у звычаях лежабокі, у размове невукі, а ў абыходжанні лісы крывадушныя, а ў адзенні драпежныя ваўкі… Мудрасць ваша, уменне, размова бязглуздыя, марныя і распусныя і вяселле непрыстойнае, у якім і вы самі, і тыя, хто вас пераймае і ідзе за вамі, загінуць». Пісьменнік-палеміст паказаў сябе добрым знаўцам гуманістычнай літаратуры Заходняй Еўропы. У «Трэнасе» шырока цытуюцца творы Пятраркі, Мантуана, Гараізы, Бярнарда і многіх іншых. Усяго ў «Трэнасе» аўтар спасылаецца на сачыненні 143 аўтараў. М. Сматрыцкі паказваў, што «царкоўныя пасады ператвораны ў ганебную куплю і продаж, у іх шукаюць не выратавання душы, але раскошы і багацця, для гэтага яны (духоўныя асобы) часта наведваюць касцёлы, адпраўляюць месы, спяваюць псалмы. Цяпер за біскупствы, архідыяканствы, абацтвы вядзецца барацьба, і царкоўныя прыбыткі абарочваюцца на раскошу і марнасць».
Напалоханыя езуіты і уніяты адразу ж выступілі ў друку супраць «Трэнаса». Першым, хто напісаў адказ М. Сматрыцкаму, быў Пётр Скарга. У кнізе «На Трэны і Лямант Тэафіла Арталога… перасцярога» (1610) ён налічваў 12 аблуд Арталога, называў яго «крывалогам», які «лепш, чым чорт вывучаны». «Пачакай, – пісаў Скарга, – ты ўтойваеш сваё імя, будучы ваўком, прыкрываешся авечаю скураю, але мы скора даведаемся, хто ты і як тваё імя». Праз два гады выходзіць яшчэ адна кніга – «Парэгорыя» Іллі Марахоўскага. Але ні з'едлівыя творы супраць «Трэнаса», ні полымя інквізіцыі, ні штрафы, ні турмы не змаглі вырваць з рук народа яго ідэйную зброю. Кніга хадзіла па руках, перапісвалася, перадавалася з пакалення ў пакаленне як самы дарагі дар, як духоўны запавет нашчадкам.
Пасля арышту і зняволення Л. Карповіча Сматрыцкі не выдаваў палемічных твораў амаль адзінаццаць гадоў. Праўда, каля 1615 г. ён напісаў з каталіцкіх пазіцый трактат «Аб зыходжанні Святога Духа» сілагізмамі на польскай мове. Аднак гэты твор выклікаў абурэнне з боку архімандрыта Карповіча, таму, як успамінаў Сматрыцкі ў «Апалогіі», ён вымушаны быў забыць гэты твор. У гэты ж час Сматрыцкі займаўся педагагічнай дзейнасцю ў мястэчку Вевіс недалёка ад Вільні, дзе выкладаў «свабодныя» навукі. У 1617 г. ён быў пастрыжаны Лявонціем Карповічам у манахі. Вынікам педагагічнай дзейнасці Сматрыцкага была надрукаваная ў 1618 (19) г. у Вевісе «Граматіки славенския правилное синтагма», якая абяссмерціла яго імя як выдатнага вучонага не толькі ў славянскіх краінах, але і ва ўсёй Заходняй Еўропе. Трэба сказаць, што ў канцы XVI – першай палове XVII ст. на тэрыторыі Беларусі і Украіны былі шырока вядомы граматыкі, выдадзеныя львоўскімі братчыкамі ў 1591 г. «Адельфотес» і «Граматіка словенска» (1596) Л. Зізанія, на якія ў пэўнай ступені апіраўся Сматрыцкі пры стварэнні сваёй фундаментальнай працы. Аднак як вучоны еўрапейскага ўзроўню ён змог не толькі ўдасканаліць дасягнутае, але і значна развіць многія палажэнні, сістэматызаваць і больш дакладна акрэсліць граматычную тэрміналогію. Сматрыцкі ўпершыню ў гісторыі славянскай мовазнаўчай навукі даў поўны курс граматыкі, што «есть известное художество благо глаголати и писати сучаіцее» ў яе тагачасных асноўных частках – арфаграфіі, этымалогіі, сінтаксісе і прасодыі. Больш за два стагоддзі «Граматыка» Сматрыцкага была самым аўтарытэтным падручнікам па славянскім мовазнаўстве: яна двойчы (у 1648 і 1721 гг.) з некаторымі зменамі выходзіла ў Маскве. Менавіта гэтую працу Сматрыцкага разам з «Арыфметыкай» Магніцкага рускі вучоны М.В. Ламаносаў назваў «вратамі» сваёй вучонасці. Высока ацаніў «Граматыку» сучаснік М. Сматрыцкага харвацкі вучоны Юрый Крыжаніч (1617–1683), які пэўны час знаходзіўся ў Рускай дзяржаве. У Галандыі Капіевіч выдаў вытрымкі з «Граматыкі» Сматрыцкага пад назвай «Руковеденіе в граматику во Славяно-Россійскую» (1706). Значны ўплыў «Граматыкі» Сматрыцкага можна адзначыць у граматыках Г.Ф. Лудольфа (1696), Ф. Максімовіча (1723), В. Ададурава (1731). У XVIII – першай палове XIX ст. «Граматыка» Сматрыцкага была ўзорам для стварэння сербскай, харвацкай, румынскай і балгарскай граматык.
У 1620 г. Іерусалімскі патрыярх Феафан, праязджаючы праз Рэч Паспалітую, аднавіў вышэйшую праваслаўную іерархію. Праваслаўным мітрапалітам быў абраны Іоў Барэцкі, а ў знак павагі да таленту і грамадскай дзейнасці Сматрыцкага яму быў нададзены тытул архіепіскапа Полацкага, епіскапа Віцебскага і Мсціслаўскага. У гэтым жа годзе Мялецій сказаў памінальнае слова пры пахаванні заўчасна памёршага архімандрыта, таленавітага пісьменніка і вядомага грамадскага дзеяча Лявонція Карповіча, якое неўзабаве выйшла з друку пад тытулам «Казанье на честный погреб… господина отца Леонтия Карповича». Неўзабаве Сматрыцкі становіцца архімандрытам віленскага Святадухаўскага праваслаўнага манастыра.
Аднак правячыя колы Рэчы Паспалітай не маглі змірыцца ні з фактамі існавання праваслаўных брацтваў, ні тым больш з аднаўленнем патрыярхам Феафанам вышэйшай праваслаўнай іерархіі. У даносах каралю з боку уніятаў і езуітаў Феафана называлі турэцкім шпіёнам, а пасвечаных ім архіепіскапаў, епіскапаў і самога праваслаўнага мітрапаліта Іова Барэцкага – здраднікамі радзімы. У лютым 1621 г. уніяцкі мітрапаліт Іосіф Руцкі выпрасіў у караля універсал, у якім патрабавалася схапіць праваслаўных уладык як самазванцаў і бунтаўшчыкоў; больш таго, 12 сакавіка 1621 г. Руцкі выклікаў на свой суд Сматрыцкага. У такіх умовах неабходна было даць публічны адказ каралю і езуіцка-уніяцкаму лагеру. I такім адказам з'явіўся надрукаваны двойчы (у красавіку і чэрвені 1621 г.) у віленскім Святадухаўскім манастыры твор Сматрыцкага «Апраўданне невіноўнасці». На першае выданне Руцкі адказаў «Двайною віною», але пакуль друкаваўся уніяцкі адказ, з'явілася другое выданне «Апраўдання», таму Руцкі дапісаў «Прыдатак», а уніяты Скумін-Тышкевіч, Храптовіч, Трызна, Мялешка 7 верасня гэтага ж года надрукавалі «Ліст да манахаў віленскага Святадухаўскага манастыра». У канцы 1621 г. Сматрыцкі стварае «Абарону невіноўнасці», на якую уніяты адразу ж адказалі «Экзаменам абароны». М. Сматрыцкі 4 студзеня 1622 г. выдае «Збор з'едлівых лістоў» з «Дадаткам». Анастасій Сялява сваім «Антыэленхусам» завяршыў літаратурную палеміку паміж двума апазіцыйнымі лагерамі.
У гэты ж час Сматрыцкі прымаў, актыўны ўдзел у грамадска-палітычным жыцці краіны. Яго лісты з заклікамі абараняць народнасць, веру разыходзіліся па ўсёй тэрыторыі былога Вялікага княства Літоўскага. Так, напрыклад, яго пасланні 1621–1622 гг. адыгралі немалаважную ролю ў народных хваляваннях Віцебска, Магілёва, Полацка. Ён неаднаразова пасылаў Сільвестра Косава «ў адзенні чарнецкім» у Віцебск з лістамі, дзе называў уніятаў адступнікамі, а самога полацкага ўладыку Іясафата Кунцэвіча – «апастатам». Выступаючы за права свабоды веравызнання, Сматрыцкі тым самым садзейнічаў кансалідацыі праваслаўнага насельніцтва Беларусі і Украіны ддя барацьбы з каталіцкай экспансіяй. Яго друкаваныя творы, пропаведзі, казанні, прыватныя лісты адыгралі станоўчую ролю ў фарміраванні самасвядомасці беларусаў і ўкраінцаў.
Мялецій Сматрыцкі з'яўляецца таксама аўтарам «Юстыфікацыі» і «Суплікацыі» (1623) на імя сената і караля, якія былі своеасаблівым працягам славутай прамовы ў абарону праваслаўя Лаўрэнція Дравінскага на Варшаўскім сейме 1620 г.