На пермские земли Строгановых во время сибирского похода Ермака Тимофеевича действительно дважды нападал местный владетель Бехбелей во главе немалого отряда вогулов. В первый раз он ограбил и сжег несколько деревень, но Максим и его дядя Семен Строгановы со своим войском настигли и разбили его. На следующий год Бехбелей попытался захватить принадлежавший Строгановым Орел-городск, но не сумел сделать этого и стал разорять окрестные деревни. К Максиму и Семену присоединился со своим отрядом и Никита Строганов. В жестоком сражении войско Бехбелея было разбито, а сам он попал в плен и вскоре скончался от полученных в бою ран. Все эти события были преподнесены в доносе Чердынского воеводы в извращенном виде, а Строгановы обвинялись в том, что оставили свои земли без защиты, погнавшись за богатствами.
Царь Иван был рассержен и отправил Строгановым «гневную грамоту», обвинив их в «воровстве и измене». Чтобы не подвергаться опале, Строгановы должны были лично объясниться с царем и спешно выехали в Москву. Известия о походе Ермака были самыми благоприятными, он одержал несколько крупных военных побед, и к тому же в Москву вовремя подоспел посланный Ермаком Тимофеевичем Иван Кольцо, свидетель успешного похода. Максим Яковлевич и Никита Григорьевич Строгановы подробно описали государю всю историю и цели сибирского похода и просили завоеванные земли «взять под царскую руку». Строгановы были реабилитированы. Царь не только перестал гневаться на них, но и предоставил им право беспошлинной торговли на завоеванных их радением территориях.
Вступив на престол в 1584 году, Федор Иванович подтвердил право Строгановых на все дарованные им его предшественниками владения и льготы, а 7 апреля 1597 года пожаловал Никиту Григорьевича обширными землями «ниже Великия Перми (т. е. Чердыни)... По Каме-реке (правой стороне) полтретьяста верст, и от казаки полосмаста верст», с притоками, островами, лесами и пр., площадью всего в 586 380 десятин, разрешив ему строить там острожки, варить соль и дав 15-летнюю льготу от платежа всяких повинностей. На реке Очере Никита Григорьевич построил Очерский острожек, основал селение Охань (ныне город Оханск) и монастырь под именем «Оханской Богородской пустыни», а в 10 верстах от Орла, найдя богатые соляные залежи, поставил соляные варницы и положил основание городку Новое Усолье. 12 марта 1599 года все пожалованные Строгановым грамоты были подтверждены царем Борисом. Еще во время царствования Федора Ивановича братья Максим и Никита Строгановы оказывали необходимую Москве военную помощь. А в смутное время они предоставляли своих ратников для борьбы с поляками и пожертвовали в опустевшую государственную казну значительные денежные суммы. Вычислено, что Строгановы во время междуцарствия и при Михаиле Федоровиче пожертвовали деньгами 841 762 рубля, что на современный счет составит около 4 миллионов рублей. В отличие от многих других богатых людей, получавших из казны заклады под свои денежные ссуды, братья Строгановы отказались от закладов и не приняли назад своих денег. Они «прибыли себе не искали, а служили и работали великому государю и всему Московскому государству верою и правдою во всем». В 1610 году благодарный Строгановым царь Василий Шуйский, никогда не встречавший от них отказа на свои просьбы, повелел им, их потомкам и потомкам Се мена Иоанникиевича писаться с «-вичем» и даровал им особое звание «именитых людей», которое носили только Строгановы.
Избранный в 1613 году на царство Михаил Федорович грамотой от 30 июля 1614 года подтвердил в полной силе все прежде дарованные Строгановым земли и льготы, а 15 сентября следующего года пожаловал братьям «пустые места» вверх по Каме, от реки Ошана до реки Тулвы, протяжением на 35 верст и площадью в 163 280 десятин, в вечное владение, с правом ставить остроги и варить соль и с десятилетней льготой от платежа всяких повинностей. За год до этого Андрей и Петр Семеновичи, с одной стороны, и их двоюродный брат Максим Яковлевич, с другой, поделили на равные части оставшийся после раздела 1584 года в общем владении небольшой участок с железной рудой. В 1616 году они вместе с тем Максимом Яковлевичем и Никитой Григорьевичем Строгановыми, во главе значительного отряда из своих и наемных людей, разбили возмутившихся татар, которые, соединившись с черемисами, вотяками, башкирами и другими инородцами, напали на Казань, Оссу и Сарапул и грозили опустошить и разграбить строгановские вотчины.
В 1624 году братья вновь получили от царя Михаила Федоровича подтвердительную грамоту на все прежние владения и льготы, в числе последних особенно существенны: право не быть судимыми на местах, а лишь в Москве, в день Благовещенья, затем право «не быть у веры», т. е. при присяге взамен себя ставить своих людей, наконец, свобода от всяких местных налогов и государственных платежей не местным сборщикам, а непосредственно в московские Казанский и Мещерский дворцы или приказы.
Денежную помощь братья оказывали и Михаилу Федоровичу, который на них за их заслуги и богатство смотрел даже как на особое исключение среди подданных государства.
В звании особого почетного сословия, именитых людей, Строгановы пользовались многими преимуществами — неподсудностью обыкновенным властям (подлежали только личному царскому суду), правом строить города и крепости, содержать ратных людей, лить пушки, воевать с владетелями Сибири, вести беспошлинную торговлю с азиатскими и иными инородцами, самим судить своих людей, льготой от всяких постоев, многих податей и денег, свободой от личной присяги и пр. В административном и судебном отношениях вотчины Строгановых, занимавшие добрую половину Перми Великой, представляли нечто самостоятельное, неподвластное государевым наместникам и воеводам. Это было как бы вассальное государство со своими законами, установлениями, распорядками и управлением. Именитые владетели имели исключительное право чуть ли не по всем делам сноситься непосредственно с центральными государственными учреждениями в Москве, минуя местную администрацию. Строгановы пользовались большим почетом при дворе. В «Соборном Уложении» 1649 года Алексея Михайловича права Строгановых фиксированы были даже в особой статье (ст. 94, глава X).
Григорий Дмитриевич был последним «именитым человеком». Его трое сыновей Александр, Николай и Сергей Петром Великим за заслуги предков в 1722 году были возведены в баронское достоинство. Они первые в роде поступают на государственную службу и начинают вести придворный образ жизни.
Из трех семейных ветвей, пошедших от сыновей Иоанникия Федоровича Строганова, жизнеспособной оказалась лишь одна, остальные две пресеклись через несколько поколений. Никита Григорьевич Строганов умер бездетным в 1620 году, на нем оборвалась линия Григория Иоанникиевича. О нем следует еще упомянуть, что, будучи очень набожным человеком, он построил много церквей и несколько монастырей, которым дал земли и часто дарил богатую утварь. Его часть имущества была разделена на две равные части, одна из которых поступила в общее владение детей Семена (Андрея и Петра), а другая досталась сыновьям Максима Яковлевича (также Максиму и Ивану). Сам Максим Яковлевич ко времени смерти Никиты Григорьевича или вскоре после этого за старостью почти совершенно устранился от ведения хозяйства. Впрочем, будучи уже не у дел, он высмотрел на реке Чусовой очень богатое солью место и велел поставить там варницы. Когда он умер, в точности неизвестно, вернее всего — между 1621 —1623 годами. Ему наследовали сыновья Иван и Максим; третий сын, Владимир, умер еще при его жизни. А спустя некоторое время наследовали также и отцу.
Из произведенной в 1623—1624 годах посланным из Москвы чиновником Кайсаровым переписи видно, что во владении братьев в это время была ровно половина всех родовых вотчин и имуществ (другой половиной владело потомство Семена Аникиевича), в которой состояло 2 городка, 45 деревень, 32 починка, 3 церкви, 14 соляных варниц, 14 лавок, 84 мельницы, 525 дворов и около 800 взрослых душ мужского пола, не считая инородцев. Неизвестно по каким причинам, но управление своими вотчинами братья повели совершенно неудовлетворительно и уже вскоре по смерти отца настолько запустили хозяйство, что около 1626 года принуждены были заложить часть своих земель за 4 600 рублей купцам Василью Шорнику, Якиму Патокину и Никитникову. Так как после они не оказались в состоянии внести залоговой суммы, то за них в 1639 году земли были выкуплены детьми Семена Аникиевича, Андреем и Петром, которые часть, доставшуюся Ивану Максимовичу и Максиму от Никиты Григорьевича Строганова, присоединили к своим владениям, им же оставили лишь вотчины, унаследованные от отца. С этих пор главное место по управлению имениями занимает сын Ивана Максимовича, Даниил, своей энергичной деятельностью вскоре вполне восстановивший пошатнувшиеся дела, братья же отступают на задний план.
Максим Максимович умер около 1650 года, не оставив потомства. Вся его имущественная часть перешла к племяннику, Даниилу Ивановичу, который вскоре наследовал и Ивану Максимовичу, скончавшемуся в 1654 году.
Даниил Иванович Строганов был в большом почете при дворе царя Алексея Михайловича, делавший большие денежные взносы в государственную казну. На парадных обедах у государя и у патриарха он сидел за одним столом с родовитыми боярами. С двумя знатными боярскими семьями он и породнился, выдав замуж своих дочерей. Стефанида Даниловна Строганова стала женой князя Петра Урусова, Анна Даниловна Строганова вышла за боярина Сергея Милославского. Мужского же потомства у Даниила Ивановича не было.
После отца и дяди оставшись полным владетелем вотчин, всего в общей сложности одной трети всех состоявших во владении рода земель, Строганов своим энергичным управлением не только привел это достояние в цветущий вид, но и расширил его путем покупки разных населенных мест, в том числе села Воскресенского, что на Кишарти, приобретенного у Андрея и Бориса Елисеевых. По переписи Чемезова (1641 год) он владел 3 городками, 50 деревнями, 8 починками, 420 дворами и 1500 душами мужского пола; в 1647 году (перепись Елизарова) городков было 5, деревень 60, починков 19, дворов 535 и мужских взрослых душ около 2 тысяч; наконец, в 1678 году, несколько лет спустя после его смерти, в оставленных им вотчинах состояло уже 6 городков, 73 деревни, 83 починка, свыше тысячи дворов и свыше 5 тысяч мужских душ (не считая инородцев); кроме того, много дворов и лавок в Москве, Устюге и Сольвычегодске.