Начало 3-го этапа положило принятие Гражданского кодекса Республики Беларусь 1998 г., в котором был установлен исчерпывающий перечень организационно-правовых форм коммерческих организаций. В связи с этим возникла необходимость приведения учредительных документов субъектов хозяйствования в соответствие с требованиями нового законодательства. Таким образом, встал вопрос о реформировании сельскохозяйственных предприятий, так как в Гражданском кодексе не предусматривались такие организационно-правовые формы, как колхоз, совхоз, межхозяйственное предприятие, агропромышленное объединение. Кроме этого, требовала разрешения проблема неплатежеспособных сельскохозяйственных предприятий. Поэтому процесс реформирования аграрных отношений существенно активизировался. С 1 января 1999 г. также вступил в силу новый Кодекс Республики Беларусь о земле, и, несмотря на то, что его принятие не повлекло принципиальных изменений в правах на землю для сельскохозяйственных организаций (для них предусмотрено лишь право постоянного пользования и аренды), существенно расширились права граждан в области земельных правоотношений, более детально регламентированы вопросы права частной собственности на землю.
С 2000 г. в целях упрощения системы налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей введен единый сельскохозяйственный налог, а в 2001 г. утвержден Примерный устав колхоза (сельскохозяйственного производственного кооператива), который определил правовой статус колхозов с учетом нового гражданского законодательства. В этот же период были приняты две новые Программы: Республиканская программа повышения эффективности агропромышленного комплекса на 2000–2005 годы и Программа совершенствования агропромышленного комплекса Республики Беларусь на 2001–2005 годы.
В отличие от предшествующих программ Программа совершенствования агропромышленного комплекса Республики Беларусь на 2001–2005 годы, одобренная Указом Президента Республики Беларусь, оказалась более востребованной. В целях ее исполнения было принято Постановление Совета Министров Республики Беларусь, определившее дополнительные меры по реализации ее основных положений. В соответствии с данным Постановлением предусмотрено:
• разработать соответствующие областные и районные программы совершенствования агропромышленного комплекса;
• определить и утвердить перечень сельскохозяйственных организаций для их реформирования с учетом моделей, указанных в Программе;
• создать республиканскую и областные комиссии по аттестации юридических и физических лиц, претендующих на получение в собственность либо аренду сельскохозяйственных и перерабатывающих сельскохозяйственную продукцию организаций, подлежащих реструктуризации;
• разработать проекты законов Республики Беларусь «О сельскохозяйственной кооперации», «О государственном регулировании агропромышленного производства», «О личных подсобных хозяйствах граждан», а также осуществить целый ряд других мероприятий.
Необходимость продолжения преобразований в АПК была подтверждена и в рекомендациях Палаты представителей Национального собрания Республики Беларусь, принятых по итогам парламентских слушаний на тему «Состояние агропромышленного комплекса республики, проблемы и пути их решения» 20 декабря 2001 г
В соответствии с "Концепцией управления государственным имуществом в Республике Беларусь на 2001-2005 годы" было проведено разгосударствление и приватизация не менее 75% унитарных государственных предприятий с численностью работающих до 200 человек, завершив в основном приватизацию предприятий торговли и общественного питания.
В 2005 году реформирование государственной собственности проводилось с целью повышения экономической эффективности работы предприятий, рационализации структуры государственной собственности, пополнения республиканского бюджета и бюджетов административно-территориальных единиц. При этом изменение организационно-правовой формы объектов государственной собственности осуществлялось на основе принципа «точечного» подхода к приватизации, предполагающего учет финансового состояния реформируемого предприятия, перспектив его развития, развития отраслей и регионов. В течение года реформировано 27 организаций республиканской собственности с общей численностью работающих более 5300 человек, в результате чего создано 24 открытых акционерных общества.
Некоторое снижение темпов приватизации в 2005 году по сравнению с предыдущими годами связано с повышением требований к целесообразности реформирования объектов государственной собственности, определению планируемого экономического эффекта от изменения организационно-правовой формы предприятий, выбору инвестора, готового взять на себя обязательства по модернизации производства, созданию новых рабочих мест, улучшению социальных условий работающих.
В 2005 году продолжалась работа по финансовому оздоровлению убыточных сельскохозяйственных организаций, проводимая в соответствии с Указами Президента Республики Беларусь от 19 марта 2004 г. № 138 и 14 июня 2004 г. № 280. В течение года реорганизованы путем присоединения, продажи юридическим лицам 223 убыточные сельскохозяйственные организации (всего реорганизовано 506 сельхозорганизаций), в том числе в Брестской области - 30, Витебской - 83, Гомельской - 31, Гродненской - 9, Минской - 16, Могилевской - 54. Из 233 реорганизованных сельскохозяйственных организаций 36 приобретены инвесторами в собственность как имущественные комплексы. От реализации данных объектов средства в сумме 192,35 млн. рублей поступили в республиканский бюджет.
На протяжении многих лет приватизация в Республике постепенно продвигается и развивается, в соответствии с планом приватизации объектов, находящихся в республиканской собственности, на 2008 - 2010 годы, утвержденным постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 14 июля 2008 г. № 1021 (с изменениями постановления СМ РБ №№ 1709, 1939), в 2008 году подлежало приватизации 169 предприятий, в том числе: 50 — Минпрома, 45 — Минтранса, 20 — Минсельхозпрода, 14 — Минторга, 6 — Минстройархитектуры, 11 — Минэнерго, 8 — Минжилкомхоза, 6 — концерна «Беллегпром», 3 — Минкультуры, 2 — Госкомвоенпрома, 2 — концерна «Белгоспищепром», 1 — Минсвязи, 1 — концерна «Белбиофарм».
По состоянию на 1 января 2009 года реформировано 156 предприятий (табл. 1). Создание открытых акционерных обществ осуществлялось как на базе одного унитарного предприятия, так и на основе имущественных комплексов нескольких предприятий исходя из целесообразности развития отраслей, необходимости создания оптимальной и эффективной структуры управления.
С учетом этого, было создано 107 открытых акционерных обществ, в том числе: крупные предприятия промышленного комплекса, хорошо известные за пределами нашей страны, такие как Минский автомобильный завод, Минский механический завод имени С. И. Вавилова, Минский моторный завод; автотранспортные организации, осуществляющие внутренние и междугородние автоперевозки — на базе республиканского унитарного предприятия Могилевское автотранспортное предприятие «Облавтотранс» и его 20 дочерних предприятий создано одно открытое акционерное общество. Аналогичные подходы были применены при преобразовании в ОАО республиканского унитарного транспортного предприятия «Брестгрузавтосервис» совместно с 11-ю дочерними предприятиями;
предприятия агропромышленного комплекса, осуществляющие разведение птицы на мясо и производство яиц — Оранчицкая и Жлобинская птицефабрики.
Таблица 1.
Динамика реформирования государственной собственности за период с 1991 по 2008 годы
| Годы | Количество реформированных объектов | ||
| Республиканской собственности | Коммунальной собственности | Всего | |
| 1991 | 19 | 42 | 61 |
| 1992 | 32 | 158 | 190 |
| 1993 | 140 | 104 | 244 |
| 1994 | 184 | 457 | 641 |
| 1995 | 53 | 412 | 465 |
| 1996 | 98 | 390 | 488 |
| 1997 | 97 | 380 | 477 |
| 1998 | 51 | 278 | 329 |
| 1999 | 106 | 201 | 307 |
| 2000 | 52 | 125 | 177 |
| 2001 | 24 | 70 | 94 |
| 2002 | 89 | 105 | 194 |
| 2003 | 65 | 177 | 242 |
| 2004 | 51 | 94 | 145 |
| 2005 | 27 | 19 | 46 |
| 2006 | 4 | 12 | 16 |
| 2007 | 5 | 8 | 13 |
| 2008 | 156 | 37 | 193 |
| Всего | 1253 | 3069 | 4322 |
В течение 2009 года были рассмотрены: