После перехода больниц попечительного Совета в ведение города Дума избрала в 1886 г. Боткина почетным попечителем всех городских больниц и богаделен. Стараниями Боткина больницы стали перестраивать свою работу по примеру барачной больницы.
Боткин обращал внимание на постановку дела и в богадельнях. Он хотел их использовать для изучения болезней старческого возраста и в особенности преждевременной патологической старости. По инициативе Боткина и по его непосредственным указаниям летом 1889 г. было произведено подробное, насколько возможно, клиническое исследование почти 3000 призреваемых. Разработка полученного материала производилась уже после смерти Б. Петербургская городская дума увековечила память Боткина, наименовав барачную больницу на Александровском плацу «Боткинской городской барачной больницей» (1890).
За 29 лет своей профессорской деятельности Боткин подготовил 103 ординатора, из которых 85 защитили диссертации на степень доктора медицины. 37 из его учеников было присвоено звание профессора, из них 25 по терапии (А. А. Нечаев, М. В. Яновский, Н. Я. Чистович и др.), а 12 — по другим дисциплинам. Боткин придавал большое значение прохождению терапевтической школы для последующей специализации но различным дисциплинам. У него прошли подготовку по терапии А. Г. Полотебнов, Т. П. Павлов (дерматология и венерология), П. П. Симановский, А. Ф. Пруссак, Б. В. Верховский (оториноларингология), Т. И. Богомолов (медицинская химия), II. В. Забелин (фармакология), К. В. Ворошилов, И. П. Павлов (физиология), Д. А. Соколов, В. Н. Рейтц (педиатрия), С. П. Лукьянов (патология).