При малярії спостерігаються дуже різноманітні зміни з боку печінки: вже в податкових періодах малярії констатується збільшена болюча печінка, що викликається посиленим кровонаповненням і гіперплазією мезенхімалічних елементів. Відносно рідше спостерігають паренхіматозні гепатити з жовтяницею, що супроводжуються нерідко виявленими транзиторними функціональними порушеннями; значно рідше при злоякісних формах малярії можуть бути тяжкі гепатити, які проходять під виглядом гострої жовтої атрофії печінки (Теппер). На ґрунті малярії можуть розвинутись підгострі і хронічні гепатити, що характеризуються дифузними ураженнями паренхіми і мезенхіми. В дуже рідких випадках вони закінчуються цирозами печінки, хоча є вказівки, що на тропіках у тяжких ендемічних вогнищах відносно часто зустрічаються атрофічні цироїн печінки у молодих людей, які хворіли на малярію з дитинства. Ці захворювання супроводжуються профузними проносами, асцитом, загальним виснаженням та набряками (Fast).
За даними італійських авторів, у маляриків, що довго хворіли на малярію, створюються умови, які сприяють розвиткові холециститів; Джіноці (Gignozzi) у 90% хворих на холецистит констатував в анамнезі затяжну малярію.
Нирки відносно часто уражаються при малярії (Ніколаев, М'ясником), частіше при тропічній малярії і квартані, переважно к холодну, осінню пору (Шахматов); виявляються вони у виглядігострих нефритів, що нерідко повторно рецидивують при поверненнях малярії. Прогноз при гострих малярійних нефритах, сприятливий; звичайно вони дають швидке поліпшення при специфічному лікуванні малярії.
Значно важче в усіх випадках довести малярійну етіологію хронічних нефрозонефритів і нефрозів, описаних у хворих, що раніше хворіли на малярію, і повністю виключити можливість інших етіологічних моментів, які могли існувати у малярика (наприклад, гнійний тонзиліт та ін.); в цих випадках потрібно старанне вивчення та індивідуальний підхід, тому що немає певних ознак, які дали б підставу точно визначити малярійну природу хронічно уражених нирок.
В ендемічних вогнищах у погано лікованих хворих, з частими, повторними рецидивами, восени часто спостерігаються великі набряки при відсутності уражень нирок (Гелядов). Для пояснення причини цих набряків допускали токсичне ураження капілярів і збільшення їх порозності, що, однак, не доведено; найбільш можливою причиною цих набряків є гіпопротеінемія, що розвинулася завдяки посиленню білкового обміну при малярії при одночасному неповноцінному і недостатньому живленні (Тарєев).
Значні коливання температури під час приступів зміни в тонусі вегетативної нервової системи, можливі анатомічні зміни з боку судин, не можуть не відбитися на стані серцевосудинної системи у малярика: у них звичайно констатується розширення серця, глухі тони, систолічний шум на верхівці, різке зниження-артеріального і венозного тиску, значне зменшення кількості циркулюючої крові. Н затяжних випадках малярії з повторними рецидивами спостерігаються явища міокардіодистрофії, що можуть досягати більш виявлених ступенів і супроводжуватись досить значними змінами електрокзрдіоірами; проте, ці зміни в серці не бувають стійкими і звичайно не залишаються після припинення малярійних приступів.
Відносно часто при малярії спостерігаються різні порушення з боку шлунково-кишкового тракту. Вже звичайні приступи малярії середньої тяжкості нерідко супроводжуються сильними болями в підложечковій ділянці, повною відсутністю апетиту, нудотами, блюванням і проносами. При тяжкій тропічній малярії, особливо у дітей, бувають ентероколіти із значними упертими проносами і геморагічні коліти, дуже схожі на дизентерію.
Патогенез цих тяжких колітів при малярії ще повністю не з'ясований: можливо, що вони обумовлені тільки малярійною інфекцією, порушенням кровообігу в судинах товстих кишок, утворенням тромбів з еритроцитів, які містять плазмодії у судинах стінки кишки, що може навіть призвести до виникнення виразкових процесів на слизовій оболонці; не виключена можливість, що ці коліти обумовлені супровідною дизентерійною інфекцією, яка загострюється в періоди погіршання малярії.
Відносно рідше зустрічаються при малярії супровідні зміни в легенях. Приступи малярії можуть супроводжуватись судорожним кашлем, припадками, близькими щодо своєї клінічної симптоматології до бронхіальної астми; ці припадки іноді припиняються разом з припиненням виявів малярії під впливом специфічного лікування (Тонард — Thonhard, Neumann). Часто малярія супроводжується вогнищевими пневмоніями, які звичайно викликаються супровідною бактеріальною інфекцією, хоча в літературі є вказівки на можливість вогнищевих уражень, обумовлених порушеннями судин в легенях внаслідок малярії (Аббасов).
Ураження нервової системи при гострій і хронічній малярії дуже різноманітні, і цьому питанню за останні десятиріччя присвячена велика кількість досліджень, але й зараз ще багато спостережень потребують додаткового вивчення. Вже гострі малярійні приступи супроводжуються різними явищами з боку нервової системи—головним болем, втратою свідомості, судорогами, явищами подразнення мозкових оболонок, особливо у дітей. Відносно часто малярійні приступи супроводжуються впертими невралгіями, що повертаються з кожним рецидивом; значно рідше бувають неврити, плексити і в деяких випадках описуються поліневрити. Всі ці явища майже зникають при застосуванні протималярійної терапії, хоча при нових рецидивах малярії можуть давати загострення.
При малярії іноді спостерігаються тяжкі ураження центральної нервової системи — малярійні енцефаліти з характерними патологоанатомічними змінами у вигляді коматозної малярії, описаної нижче. При затяжних формах малярії спостерігались явища розсіяного або поперечного мієліту, дисемійованого склерозу, мозочкової атаксії бульбарних уражень, а також менінгітів із змінами в лікворі. У тих випадках, коли всі ці зміни почались після тривалого періоду, що минув після початку малярії, не завжди можна довести їх малярійну природу тому, що, по суті, всі ці синдроми не є суворо специфічними для малярії.
Останнім часом приділяється багато уваги вивченню уражень вегетативної нервової системи при малярії, які дуже часто зустрічаються у вигляді вегетативних невралгій, невритів, плекситів, гангліонітів, особливо часто соляритів (Маркелов).
Всі ці вегетативні ураження розвиваються повільно, дають погіршання з повторними рецидивами і можуть залишатися протягом довгого часу, у вигляді так званих парамалярійних уражень, навіть тоді, коли малярійна інфекція закінчилась. Частоту і різноманітність ускладнень з боку вегетативної нервової системи підкреслюють не тільки клініцисти, а й патологоанатоми. Могильницький в гострих випадках малярії часто констатував зміни судин у сплетеннях і гангліях — крововиливи, набрякання і злущування ендотелію; в затяжних формах малярії — виявлений фіброз у гангліях. Ці вегетативні ураження супроводжуються тяжкими судиноруховими і трофічними розладами; відзначаються навіть такі тяжкі ураження при малярії, яксиметрична гангрена кінцівок(Широкогоров).
На ґрунті інтоксикаційних процесів, зв'язаних з розмноженням та розвитком паразитів і судинними розладами в мозку, при малярії можливі психози; вони частіше зустрічаються в субтропічних місцевостях, здебільшого при тропічній малярії, хоча можуть бути і при терці-ані і квартані. Важливу роль відіграють конституціональні особливості організму, а також загальний стан, перевтома та виснаження захворілого; Малярійні психози можуть давати найрізноманітніші клінічні симптомокомплекси: галюцинаторно-маячні і маніакальні стани, параноідне маячення, синдром гострої аменції, амнестичний корсаківський синдром, епілещиформні стани збудження (Перельман).
Вже давно було відомо, що на ґрунті малярії можуть розвинутися різні захворювання очей: найчастіше зустрічаються, нерідко при первинних малярійних атаках, поверхневі кератити, рідше—глибокі кератити, кон'юнктивіти, ураження судинної оболонки з крововиливами, а також невроретиніти і паралічі очних м'язів.
Коматозні форми малярії зустрічаються звичайно в південних ендемічних вогнищах, на Нижньому Поволжі, в Закавказзі, в Середній Азії, хоча треба пам'ятати, що в роки епідемічних спалахів спорадичні випадки малярійної коми зустрічаються також і в більш північних областях, зокрема у південній і середній Україні. Коматозні форми малярії бувають звичайно не у місцевих жителів малярійних вогнищ, які мають певний імунітет, а у приїжджих, особливо у перевтомлених, та виснажених перенесеними захворюваннями, крім того у вагітних, що хворіють на малярію (Китаєв і Тонтаева).
Починається коматозна малярія раптово, іноді з першими приступами свіжої малярії, в інших випадках— після серії погано лікованих приступів, що проходили з головними болями і блюванням. Уже з самого початку виявляється тяжка загальна інтоксикація і ураження центральної нервової системи: лице хворого бліде, із землистим відтінком, очі запалі, байдужий, блукаючий погляд; психіка пригнічена, хворі перебувають у сопорозному стані; іноді рано з'являються менінгеальні симптоми (ригідність потилиці, симптом Кернінга); мускулатура напружена, щелепи судорожно зціплені, можуть бути виявлені судороги; язик густо обкладений, дихання часте 1 переривчасте, пульс частий і малий, температура частіше буває підвищена до 40° і більше, але може бути і незначно підвищеною; селезінка при коматозних формах здебільшого буває не дуже збільшеною. Потім настає коматозний стан: рефлекси, які були підвищені на початку захворювання, зникають, втрачається чутливість шкіри, хворі не реагують на оточення, мочаться під себе, іноді з разючою швидкістю розвиваються великі пролежні; настає повне розслаблення мускулатури, розладжується дихання, яке набуває сейнстоківського типу, пульс порожній і м'який і при явищах серцево-судинної слабості хворий гине. При дослідженні крові констатується великий лейкоцитоз з лейкоцитарним зрушенням; виявлений моноцитоз, пігментофаги, звичайно дуже велика кількість паразитів, нерідко форми ділення Pl. falciparum; взагалі коматозна малярія, як правило, викликається Pl. falciparum і тільки в поодиноких випадках Pl. vivax або Pl. malariae.