В 1832 году Николай Иванович защитил докторскую диссертацию. Для последней он избрал редкую по тогдашнему времени тему — о перевязке брюшной аорты при паховых аневризмах.
Продолжатель дела Пирогова, советский ученый, академик Н. Н. Бурденко, во время своего пребывания в Юрьеве исследовал клинические журналы клиники профессора Мойераза 1828—1832 годы. Это дало возможность установить, что Николай Иванович во время своей подготовки к профессуре произвёл десять операций на живых людях, из них три или четыре — операции по поводу аневризмы.
Диссертация Пирогова привлекла внимание всех тогдашних Юрьевских профессоров-естественников и студентов, серьёзно интересовавшихся наукой. Рисунки с препаратов Пирогова, в красках, в натуральную величину, хранились вплоть до наших дней в анатомическом институте Юрьевского университета. Их изучал проходивший там в начале XXстолетия курс медицинских наук один из лучших и достойнейших продолжателей дела Пирогова по организации военно-полевой медицины, знаменитый советский хирург Николай Нилович Бурденко. * Новизной методов исследования первая научная работа Николая: Ивановича привлекла внимание не только Юрьевских, но всех русских и западноевропейских медицинских кругов. Её перевели с латинского языка, на котором она была опубликована в 1832 году, на русский и немецкий и напечатали в русском и самом распространённом западноевропейском медицинском журнале.
Согласно позднейшему заявлению московского профессора хирургии Л. Л. Левшина, эта работа Пирогова может «служить прекрасным примером того, как следует приступать к решению вопросов практической медицины» (1897 год).
Вторая научная работа Пирогова содержит «Анатомо-патологическое описание бедреннопаховой части относительно грыж, появляющихся в сем месте». Подписана статья инициалами А. Иовского, редактора журнала, где она напечатана. Но текст её, как видно из содержания, точно воспроизводит сообщение Николая Ивановича. В этой, по существу первой самостоятельной работе Пирогова виден уже будущий основатель научной хирургии. В ней изложены взгляды Николая Ивановича на значение анатомии для хирургии, проявлена широта его научного кругозора, видна основательность его собственных научных знаний и его строгая требовательность к практическому хирургу.
Широкое поле деятельности для научной и практической работы представилось Пирогову осенью 1830 года. В Юрьеве в это время около шести недель свирепствовала холера, и Николай Иванович почти ежедневно вскрывал трупы умерших от холеры, углубляя свои анатомические знания. При этом он, как заключает современный исследователь, конечно, обращал внимание на патологоанатомические изменения в различных органах, которые обнаруживаются при холере.
Пирогову нечего было больше делать в Юрьеве, но за границу его не отпускали. Наконец, в 1833 году правительство Николая Iрешило отпустить будущих российских профессоров за границу. В мае Николай Иванович и другие профессорские кандидаты выехали из Юрьева.
Группу Пирогова послали в Германию, Согласно его позднейшему» весьма авторитетному, отзыву, медицина в Германии стояла тогда на распутье. Хирургия как наука стала развиваться в некоторых западноевропейскихстранах только в середине XVIIIстолетия. Основной причиной её отставания было ошибочное представление о том, что для занятия хирургией совершенно не нужно знание анатомии. Такие воззрения привели к полнейшему отрыву практической медицины от естественных наук.
Германия позднее всех западноевропейских стран освободилась от вредного наследия средних веков, когда медициной занималось духовенство, ограничившее свою деятельность лекарствами и заклинаниями и предоставившее хирургию цирюльникам. Научно образованные медики-немцы дольше всех уклонялись от занятия хирургией.
Пирогов застал германскую практическую медицину «почти совершенно изолированной от главных реальных её основ: анатомии и физиологии; о профессорах терапии, о клиницистах по внутренним болезням — и говорить нечего».
Даже лучший тогдашний германский клиницист Руст, считавшийся передовым, и тот не знал, ещё хуже — не хотел знать, анатомии. Однажды он сказал на лекции об одной операции:
— Я забыл, как там называются эти две кости стопы: одна выпуклая, как кулак, а другая вогнутая в суставе; так вот от этих двух костей и отнимается передняя часть стопы.
В годы пребывания Пирогова в Германии медицина не знала еще обезболивающих средств, и поэтому особенно высоко ценилась тогда быстрота операций. Медленность операций при воплях и криках мучеников науки, или, как говорил Николай Иванович, мучеников, безмозглого доктринёрства, была ему противна.
Пирогов вдумывался в коренную причину этого варварства, но безуспешно искал способов, уменьшить страдания оперируемых, точно так же, как безуспешны были тогда поиски средств борьбы со смертельным исходом огромного большинства даже удачных в техническом отношении операций.
За два года почти самостоятельной работы в заграничных клиниках и лабораториях Пирогов углубил свои знания в анатомии, усовершенствовал свою хирургическую технику и расширил объём своих научных исследований в области применения анатомии к хирургии. Но всего этого он достиг почти исключительно собственными усилиями, благодаря своим личным способностям и огромному трудолюбию.
В начале 1835 года русские стипендиаты в Берлине получили из Петербурга, от министерства просвещения, запрос о том, в каком университете каждый из них хотел бы занять профессорскую кафедру. Запрос, собственно, был лишний, так как при отправлении кандидатов в Юрьев каждый из них предназначался в профессора того университета, воспитанником и избранником которого он был.
Пирогов заявил о желании занять свободную тогда кафедру хирургии в Москве. Уверенный в успехе своего дела, Николай Иванович сообщил матери, что, наконец-то, он сумеет отплатить ей и сестрам за их заботы о нём;
Но Пирогова ждало на родине жестокое разочарование. Стремясь лишить русские университеты даже той ничтожной самостоятельности, которой они пользовались при его предшественнике, министр Уваров просил царя дать ему право назначить молодых профессоров на свободные кафедры по своему усмотрению. Хотя министр признавал, что «университеты имеют право сами избирать на вакантные кафедры учёных», но он считал, что «в настоящем случае допустить их воспользоваться сим правом было бы чрезвычайно неудобно».
Николая Iне надо было долго уговаривать нарушить чьи-либо права. Царь одобрил проект Уварова, и министр назначил на московскую кафедру харьковского кандидата Ф. И. Иноземцева, который одновременно с Пироговым готовился к профессуре. За него просил министра один знатный придворный.
Николай Иванович, не зная об этом, в мае 1835 года радостно сел в почтовую карету, чтобы направиться — через Прибалтийский край — в родную Москву. В дороге Пирогов почувствовал себя плохо. Оказалось, что он заразился на грязных германских постоялых дворах сыпным тифом. Кое-как добрался он со своим товарищем до Риги, где его поместили в военный госпиталь. Там Пирогов пролежал два месяца и благодаря хорошему уходу выздоровел.
По выходе из госпиталя Николай Иванович был еще, однако, так слаб, что не мог поехать дальше. Ом остался в Риге до полного выздоровления и развил обширную практическую и научную деятельность. Первой операцией, сделанной им в этом городе, было восстановление носа. У пациента был гладкий лоб, из которого Пирогов выкроил прекрасный нос по своей системе ринопластики. Случай этот сделался известным в городе, и вскоре к Николаю Ивановичу стали приходить больные десятками. За операцией носа последовала литотомия (извлечение камня из мочевого пузыря), затем вырезывание опухолей и» т. п.
В военном госпитале, где лечился Николай Иванович, не было своего оператора. Среди больных имелось два интересных случая: один больной был с камнем в мочевом пузыре, другому требовалось отнять бедро в верхней трети. Никто в госпитале не решался произвести эти операции. Пирогов успешно оперировал больных.
По просьбе ординаторов госпиталя Николай Иванович доказал им некоторые операции на трупах, прочитал несколько лекций из хирургической анатомии и оперативной хирургии. Всё это имело большой успех и явилось началом славы Пирогова как ученого и практического врача.
Наконец, в сентябре Пирогов мог выехать в Петербург, чтобы представиться министру и получить ожидаемое назначение в Москву. Заехав в Юрьев — повидаться со своим бывшим учителем, Николай Иванович узнал, что московская кафедра уже занята. Известие это глубоко опечалило его: мечты о счастье работать в родной Москве, помогать матери и сестрам были разрушены.
Спешить в Москву было незачем. Николай Иванович остался в Юрьеве. Бывший учитель Пирогова, профессор Мойер предоставил ему возможность свободно распоряжаться в университетской хирургической клинике, так как сам был чрезвычайно занят хлопотливыми обязанностями ректора.
К атому времени в клинике Мойера оказалось четыре интересных хирургических случая. Профессор поручил этих больных Пирогову. Первой операцией Николая Ивановича в Юрьеве была литотомия. Эта операция проходила с осложнениями даже у старых, опытных хирургов. Один из берлинских товарищей Пирогова, приехавший в Юрьев, рассказал о необыкновенной скорости, с которой Николай Иванович делал литотомию на трупах. В операционную собралось много зрителей. Некоторые вынули часы. Не прошло двух минут — камень был извлечён. Все, не исключая Мойера, были изумлены. Так же блестяще прошли другие операции, порученные Пирогову.