С большим трудом ему удалось получить от руководства Санкт- Петербурга прекрасный участок земли - бывший Биржевой сквер, с трех сторон окруженный водой и отделенный от рукавов Невы только научными учреждениями, а не жилыми домами. Чтобы избежать затопления, площадь, отведенная для Института, была приподнята почти на ¾ метра. Разработать проект постройки было поручено одному из лучших архитекторов того времени- Л. Н. Бенуа[23].
Проект и планы нового Института были опубликованы как в отечественной, так и в заграничной прессе с просьбой к читателям и учреждениям высказать свои соображения, замечания и поправки. Все указания были рассмотрены особой комиссией, и только после этого было начато строительство[24].
В 1904 г. на открытии и освящении института присутствовал Император Николай II, о чем сделал запись в своем дневнике: “24 февраля. Вторник. Принимал до 11.45. В полдень поехали на освещение великолепного нового здания акушерско-гинекологического института напротив Университета. После длинного молебна, отслуженного митрополитом Антонием, осмотрели главные части помещений и уехали около 2 часов”[25].
Новое здание Акушерско-гинекологического института представляло собой трехэтажное каменное сооружение, построенное по типу отдельных павильонов, соединенных с главным зданием коридорами. Всего таких павильонов было построено шесть. Кроме того, были еще два флигеля, не соединенных с главным зданием – это бактериологическая лаборатория и общежитие для врачей[26].
Общая площадь зданий института составляла 10 тыс. 656 кв. м, а объем—160 тыс. 845 куб. м. Стоимость всей постройки и оборудования вылилась в 3 млн. 500 тыс. руб.: а) строительные работы – 1 млн. 225 тыс. руб., б) общие механические установки—942 тыс. руб., в) электрическая станция— 200 тыс. руб., г) специальные механические и медицинские сооружения—363 тыс. руб.,) оборудование– 600 тыс. руб., е) технический надзор— 95 тыс. руб., ж) расходы комиссии—75 тыс. руб.[27]
Вся постройка в целом и все ее детали были тщательно продуманы. По выражению самого Д. О. Отта, “каждый гвоздь был вбит и каждый винт привинчен не случайно”[28]. Были предусмотрены широкие, светлые коридоры, полное отсутствие темных углов, перегородок, поверхностей, на которых могла бы оседать пыль. Коридоры и палаты освещались особо сконструированной осветительной арматурой, отбрасывающей свет к потолку. Повышенные требования предъявлялись к вентиляции: воздух всасывался через вентиляционные башни, расположенные в саду, в гуще зеленых кустов, и проходил через бумажные фильтры. Увлажняясь под бассейном с фонтанами, он согревался до необходимой температуры и поступал в каналы, которые освещались через специальные окошки, во избежание плесени[29]. Таким образом, даже в ненастные дни пациентки получали свежий, увлажненный и согретый до нужной температуры воздух.
Специальное оборудование по идее Д. О. Отта было усовершенствовано целым рядом приспособлений, не имевших аналогов в то время. К ним можно отности подачу стерилизованной воды от центральных аппаратов по всему зданию, аппараты для приготовления искусственного физиологического раствора, очистку и увлажнение воздуха в операционной водяной пылью, приготовление искусственного льда из стерилизованной воды, наличие телефонов и электронных часов у всех кроватей, орган, со специальным подбором регистров для изучения влияния различного характера музыки на больных, подвергавшихся общему наркозу[30].
На первом этаже главного здания Института было отведено помещение для поликлиники, где в педагогических целях происходил прием больных совместно с врачами-курсантами и молодыми сотрудниками института. Здесь же находилось отделение для гинекологического массажа, идею и методику которого Д. О. Отт привез из Швеции и культивировал в России[31].
Д. О. Отт уже в начале своей деятельности понимал значимость микробиологических методов исследования в акушерстве и гинекологии и при постройке нового здания выделил отдельный корпус для бактериологической лаборатории. В лаборатории, расположенной во втором этаже этого корпуса, находились две комнаты, оборудованные специальными столами и другими приспособлениями для бактериологических работ, препараторская для приготовления питательных растворов и стерилизации, большая комната со специальным термостатом для бактериологических исследований. На первом этаже находилась комната для подопытных животных. В целом, бактериологическое отделение было очень хорошо оснащено инвентарем и аппаратурой[32].
Во вновь построенном институте отдельного помещения для новорожденных не было предусмотрено. В то время как у нас, так и заграницей, дети помещались в кроватках в одной палате с матерями. Кроватки новорожденных помещались поперек у ножного конца кровати матери. Наблюдение за новорожденными велось дежурными ученицами повивальной школы под руководством акушерки. Д. О. Отт уделял серьезное внимание изучению физиологии и патологии новорожденных. Он командировал одного из своих сотрудников (А. Л. Владыкина) заграницу (в Париж) специально для изучения этого вопроса. Там этот врач-акушер получил солидную подготовку и стал впоследствии одним из первых специалистов по микропедиатрии в нашей стране[33].
Будучи в большей степени врачом- гинекологом, чем врачом- акушером, Д. О. Отт с особенной тщательностью, продуманно, с широким размахом оборудовал гинекологическое отделение. Оно было расположено на двух этажах правой половины здания и имело отдельное помещение для операционного блока. Последний состоял из двух “операционных”, “стерилизационной” и “материальной” комнат, специальной комнаты для наркоза, помещения для переодевания врачей и широкого светлого коридора с несколькими умывальниками, снабженными холодной и горячей водой[34].
Проект специального устройства операционного блока был разработан после всестороннего изучения Д. О. Оттом лучших операционных в России и в других странах. Вход в операционную для врачей- практикантов был устроен через боковую дверь по особой лестнице из нижнего этажа. Таким образом, они миновали те двери, через которые доставлялись больные и входили врачи, принимавшие участие в операциях[35].
Особенно продуманно была устроена большая операционная. В целях наилучшего освещения вся задняя стена, выходившая во внутренний двор, сплошь состояла из зеркальных стекол, а потолок наклонно опускался во внутрь комнаты. Стены были облицованы плитами из опалина (молочно-белого стекла), а пол устлан особыми ребристыми плитками из того же материала. Подача инструментов и материала в операционную производилась через особую стеклянную перегородку, открывавшуюся в соседнюю стерилизационную комнату. Утром в операционные дни операционная через особую трубу наполнялась текучим паром и таким образом из воздуха осаждались мельчайшие частицы пыли. Неоднократные бактериологические исследования показывали почти полную стерильность воздуха. Большая операционная предназначалась для “чистых” операций, малая — для “гнойных”[36]. Врачи- практиканты располагались на особых местах, устроенных амфитеатром, с отдельным входом, что создавало возможность полной изоляции персонала, участвующего в операциях. Громадная площадь большой операционной, размером 100 кв. м., позволяла производить одновременно две и более операций[37].
В том же здании (на первом этаже), было устроено изоляционное отделение, совершенно обособленное и имеющее отдельный вход со двора. Оно в миниатюре представляло маленькое клиническое отделение и было оборудовано подобно остальным. В нем помещались: родильная комната, комната для родильниц, перевязочная, комната для дежурной акушерки, ванная, буфетная, уборная. Это отделение предназначалось для рожениц и родильниц, больных рожей, тифами, скарлатиной, дифтерией и т. д.[38]
По описанию Д. О. Отта, “все помещения, предназначенные для научно-учебных занятий, сгруппированы в центре здания и, имея удобное сообщение между собой и со всеми клиническими отделениями, вместе с тем настолько изолированы, что покой больных не нарушается”[39].
Вначале Институт был запланирован на 175 коек с расчетом возможного увеличения их числа до 200, что почти сразу после постройки и было осуществлено[40].
Переход учреждения в это новое помещение и соответствующая реорганизация прежней работы на основе более широких возможностей явилась своеобразной гранью, отделяющей работу института от предыдущего периода. Научная, педагогическая и клиническая деятельность особенно широко развернулась именно в этот период.
Особенно велики заслуги Д. О. Отта в подготовке кадров, без которых не была бы возможна огромная научная и педагогическая работа института.
В дореволюционные годы врачи приезжали для усовершенствования и специализации на свои собственные сбережения и никаких командировочных не получали. Учитывая это, Д. О. Отт основал при институте общество взаимопомощи «врачей, приезжающих для усовершенствования»[41].
Довольно длительное время (с 1904 по 1915 г.), помимо врачей, в институте занимались также студенты Военно-медицинской академии и Женского медицинского института, в среднем ежегодно в институте было по 95 человек учащихся (всего 1 тыс. 149 чел.)[42].