Дифференцировать нужно от ротавирусной инфекции (сходны морфологические изменения), дизентерии и балантидиоза поросят (поражается, в основном толстый кишечник, в нём отмечается геморрагическое воспаление и некроз слизистой оболочки), колибактериоза (сопровождается сепсисом), чумы (сепсис, геморрагический лимфаденит, инфаркты селезёнки), незаразных гастроэнтеритов (катаральное воспаление слизистой оболочки желудка и тонкого кишечника).