При наличии тромбов в полости ушка или левого предсердия операция значительно затрудняется. Наиболее опасны свободно плавающие, так наз. шаровидные, тромбы, которые могут после расширения левого венозного отверстия попасть в большой круг кровообращения и вызвать эмболию. Однако и фиксированные к стенке ушка или предсердия тромбы могут при введении пальца оторваться и вызвать закупорку одного из сосудов. Особенно часто при этом происходит эмболия сосудов мозга, приводящая в большинстве случаев к смерти больного. Поэтому наличие в ушке или предсердии тромбов требует от хирурга проведения ряда мер по предупреждению эмболии. С этой целью предложены разнообразные приемы. Наиболее простым из них является пережатие сонных артерий на шее при прохождении пальца через ушко и предсердие и в момент собственно комиссуротомии.
Болтон, Дельмонико и Бейли предложили в момент комиссуротомии перетягивать предварительно наложенными тесемками общую сонную и безымянную артерии у места их отхождения от аорты. Этот метод, по данным вышеуказанных авторов, снизил число мозговых эмболии почти в три раза, однако он технически значительно затрудняет операцию.
Свободные тромбы, если они имеются, могут быть удалены из полости предсердия вместе с током крови при снятии на короткое время зажима с ушка. Некоторые авторы извлекают тромбы из полости предсердия с помощью соединенной с отсасывающим аппаратом трубки, вводимой в предсердие вместе с пальцем.
При наличии фиксированного тромба в ушке или предсердии хирург должен стремиться обойти его, не повреждая, проводя палец между тромбом и стенкой ушка. Иногда при наличии массивного фиксированного тромба удается пройти через его толщу, проделывая в нем канал осторожными буравящими движениями пальца. Несмотря на все эти предосторожности, эмболии периферических сосудов продолжают оставаться одним из наиболее частых (от 2 до 6%, по данным разных авторов) и тяжелых осложнений операции митральной комиссуротомии, занимающих значительное место в операционной летальности.
Перечисленные трудности митральной комиссуротомии, проводимой через ушко левого предсердия, особенно при грубой деформации и омозолелости клапана, а также опасности операции вызвали к жизни ряд новых оперативных доступов к митральному клапану и методов комиссуротомии.