Заботу о детях Войно-Ясенецкого взяла на себя его операционная сестра Софья Сергеевна Велецкая, тоже недавно овдовевшая, которую он поселил в отдельной комнате своего дома.
Выросший в религиозной семье киевского аптекаря, где основными нравственными критериями были человеколюбие, милосердие, подвижничество, постоянно ищущий свое место в жизни, Валентин Феликсович еще в молодости метался между юриспруденцией, живописью, а в зрелые годы — медициной и религией, нередко попадая из-за этого в сложные жизненные ситуации. Как образно и метко отметила писательница И.Грекова: “Линия религиозная у Войно-Ясенецкого тянулась всю жизнь, зародившись еще в юношестве, тянулась, не прерываясь, а лишь истончаясь и уходя на долгие годы в глубину души”.
В середине 1919 года банды атамана Дутова под Оренбургом были разгромлены, блокада Туркестанской республики разорвана, и сразу улучшилось продовольственное положение в Ташкенте. 15 августа 1919 года наконец открывается Высшая краевая медицинская школа, в которой начал преподавать анатомию доктор медицины Войно-Ясенецкий. Символично, что под школу было отведено помещение кафешантана “Буфф”.
В организованном по декрету В.И.Ленина в мае 1920 года Туркестанском Государственном университете открывается медицинский факультет на базе Высшей медицинской школы. Возглавила медицинский факультет большая группа профессоров и преподавателей из Москвы и Петрограда, направленная в Ташкент и прибывшая туда специальным поездом 19 февраля 1919 года. Сотрудниками факультета стали и преподаватели медицинской школы. Доктор медицины Войно-Ясенецкий был утвержден заведующим кафедрой топографической анатомии и оперативной хирургии. Нагрузка заметно прибавилась. Валентин Феликсович с увлечением читал лекции, вел практические занятия.
Все дни недели были загружены до предела, но в воскресенье он оставался один на один с самим собой, со своими невеселыми мыслями о рано потерянной любимой жене, и его тянуло в церковь, к которой он все больше и больше привязывался. Этому способствовало и другое... Он никак не мог понять, почему новая власть много делает для простых людей — развивает здравоохранение, заботится о просвещении, помогает бедным, и в то же время... выступает против религии, в основе которой заложена социальная деятельность: милосердие, помощь страждущим и неимущим.
Для него было непостижимо, почему бывшие верные прихожане грабят, а порой и рушат храмы. Об официальном отношении новой власти к религиозным культам красноречиво свидетельствовали и лозунги, вроде “Поп, помещик и белый генерал — злейшие враги Советской власти”, карикатура в печати, антирелигиозные митинги и манифестации.
А Войно-Ясенецкий все чаще посещает церковь, участвует в религиозных диспутах, сочетая это с интенсивной организационной, лечебной и преподавательской работой.
В январе 1920 года он присутствует на епархиальном съезде духовенства, куда его пригласили как деятельного прихожанина и уважаемого в городе человека. Валентин Феликсович произнес на этом съезде речь, после которой епископ Туркестанский и Ташкентский Иннокентий предложил ему стать священником. И... врач Войно-Ясенецкий согласился. В этом поступке он видел протест против преследования религии. В написанных на склоне лет мемуарах он отмечает: “Это необыкновенное событие посвящения в дьяконы произвело огромную сенсацию в Ташкенте, и ко мне пришли большой группой, во главе с одним профессором, студенты медицинского факультета. Конечно, они не могли понять и оценить моего поступка, ибо сами были далеки от религии. Что поняли бы они, если бы я сказал им, что при виде карнавалов, издевавшихся над Господом нашим Иисусом Христом, мое сердце громко кричало: “Не могу молчать”. Я чувствовал, что мой долг — защитить проповедью оскорбленного Спасителя нашего!”
В начале февраля 1920 года Валентин Феликсович появился в больнице в рясе с наперсным крестом на груди. Не обращая внимания на изумленные взгляды сотрудников, он спокойно прошествовал по коридору, вошел в кабинет, снял рясу, надел белый халат и приступил к обычной работе. Не реагируя на протесты и возмущение некоторых сотрудников и студентов, он продолжал свою лечебную и педагогическую деятельность и одновременно регулярно служил и выступал с проповедями в церкви.
Парадоксально, но именно теперь, после длительного перерыва он начинает снова заниматься научной деятельностью. Но, если раздвинуть исторические рамки, то легко увидеть, что Войно-Ясенецкий не одинок. Такие всемирно известные медики-ученые и общественные деятели, как лауреат Нобелевской премии академик И.П.Павлов, А.Швейцер, Дж.Экклс, лауреат Государственной премии СССР академик С.П.Филатов, были глубоко религиозными людьми, хотя официально никаких церковных должностей не занимали.
После шестилетнего перерыва, в 1921 году Валентин Феликсович делает сообщение на заседании Ташкентского медицинского общества о своем способе операции при абсцессах печени. Пытаясь изучить механизм возникновения нагноительных процессов в реберных хрящах после сыпного тифа, Войно-Ясенецкий совместно с врачом-бактериологом Гусельниковым проводит исследования, которые позволили ему с трибуны I съезда врачей Туркестанской республики в октябре 1922 года пророчески предсказать, что “в будущем бактериология сделает ненужными очень многие отделы оперативной хирургии”. На этом съезде Войно-Ясенецкий представляет четыре доклада, в которых обсуждаются собственные наблюдения и выводы о хирургическом лечении туберкулеза, гнойных воспалительных процессов коленного сустава, сухожилий рук, реберных хрящей. Нестандартные решения вызывали в прениях бурные споры.
Впервые в республике Войно-Ясенецкий сообщает о поразительных результатах лечения костного туберкулеза, достигнутых солнцелечением в высоких горах, и считает, “что в столь близких от Ташкента Чимганских горах условия для солнцелечения нисколько не хуже, чем в Швейцарии. Должны быть использованы и могучие по действию грязи в Молла-Кора и Яны-Кургане и купания на Аральском море”.
Блестящий мастер хирургических операций на органах зрения, предложивший свою оригинальную методику удаления слезного мешка, он обращается к делегатам съезда со страстным призывом, направленным на действенную борьбу с распространенной среди местного населения трахомой—основной причиной слепоты: “Было бы делом огромной важности организовать очень кратковременные курсы для врачей, на которых они познакомились бы с производством разреза роговицы... выпущенном слезного мешка и пересадкой слизистой на веко. Эти 3 операции вполне доступны каждому практическому врачу в самых глухих углах”.
Оба предложения профессора Войно-Ясенецкого нашли свое отражение в резолюции I научного съезда врачей Туркестана, профессорам Турбину и Войно-Ясенецкому было поручено составить краткое практическое руководство для врачей по глазным болезням.
Быстро пролетела неделя интересных встреч, обмена мнениями, горячих споров. И снова суровые будни 20-х годов, когда продолжал рушиться старый и в нелегкой борьбе создавался новый общественный строй. В это бурное и сложное время многие руководители наивно полагали, что атеистическая пропаганда, осмеивание церкви в сочетании с административными мерами принуждения быстро сделают большинство верующих атеистами. Оказалось наоборот. Закрытие церквей, сбрасывание колоколов, разрушение храмов только ожесточали сердца верующих, ибо карательные акции были чрезмерными, грубыми и нередко необоснованными. Эти ошибки и просчеты в отношении религии тотчас же использовались контрреволюционными элементами, в том числе и некоторыми служителями церкви, которые тайком и открыто выступали с антисоветскими проповедями, оказывали помощь врагам Советской власти. Конфликт между новым общественным строем и православной церковью разрастался. В 1923 году резко усилились гонения на церковь: арестован патриарх Тихон, провозгласивший с амвона анафему Советской власти, из-за разногласий в правящих церковных кругах покинул Ташкент епископ Иннокентий. Тогда сосланный в Среднюю Азию епископ Андрей (Князь Ухтомский) предложил В.Ф.Войно-Ясенецкому возглавить в Туркестанском крае русскую православную церковь.
Этот выбор был сделан не случайно. Валентин Феликсович был не только религиозный до фанатизма священнослужитель, прекрасно знающий священное писание и кристально честный человек, но и замечательный хирург-бессребреник, имеющий огромный авторитет не только у населения, но и у властей.
Войно-Ясенецкий был пострижен в монахи под именем Луки, так как, по преданию, евангелист и апостол Лука был иконописцем и врачом. Вскоре, 31 мая 1923 года, в г.Пенджикенте (Таджикистан) В.Ф.Войно-Ясенецкий после посвящения стал епископом Ташкентским и Туркестанским.
Но высокая церковная должность не оторвала Валентина Феликсовича от медицины. Он продолжал работать главным врачом больницы, много оперировал, руководил кафедрой в медицинском институте и еще выкраивал время для своих научных исследований. Для религиозных дел оставались вечера и воскресенье.
В одном из писем Войно-Ясенецкий писал: “Не пробуйте разделить хирурга и епископа. Образ, разделенный надвое, неизбежно окажется ложным”.
Но жизнь вносила свои коррективы. Вскоре это зыбкое равновесие между медициной и религией было нарушено. Посетивший хирургическое отделение городской больницы тогдашний комиссар здравоохранения Л.И.Гельфгот обратил внимание на висевшую в операционной небольшую икону-образок и приказал ее снять, что было немедленно сделано.
Об этом эпизоде рассказывает очевидец, 94-летний доцент М.В.Парадоксов — бывший заведующий кафедрой стоматологии ТашМИ: “В актовом зале вот-вот должно было начаться заседание научного общества врачей города. Зал был полон, были уже заняты места в президиуме, и в это время на свободную еще кафедру поднялся Войно-Ясенецкий. Огромного роста, подтянутый, роскошные борода и волосы, в шелковой рясе, на груди панагия (образок) — атрибут епископа, снял очки — глаза горят. Обращаясь к залу, он громким, несколько взволнованным голосом сказал: “В Гельфгота вселился бес. Он снял икону в операционной и этим лишил меня возможности работать”.