Вскоре икона была водворена на прежнее место. Говорили, что этому способствовала необходимость прооперировать жену какого-то начальника, когда срочно понадобился Войно-Ясенецкий. Но работать ему пришлось недолго. Одновременно быть активным хирургом и активным церковным деятелем становилось все более и более трудно. Начались гонения. Газета “Туркестанская Правда” от 3 августа 1923 года в статье “Завещание лжеепископа Луки” подвергает Войно-Ясенецкого настоящей травле. Вскоре он был арестован по незаслуженному обвинению в антисоветской деятельности и сослан в Сибирь.
Свое отношение к Советской власти Валентин Феликсович выразил в одном из писем: “На допросе чекист спрашивал меня о моих политических взглядах и о моем отношении к Советской власти. Услышав, что я всегда был демократом, он поставил вопрос ребром: “Так кто Вы — друг или враг наш?” Я ответил: “И друг и враг. Если бы я не был христианином, то, вероятно, стал бы коммунистом. Но Вы возглавили гонение на христианство, и поэтому, конечно, я не друг Ваш”.
Сосланный в Енисейск, Войно-Ясенецкий продолжает заниматься церковной деятельностью и много оперирует, упорно продолжает собирать материал для давно задуманных “Очерков гнойной хирургии”. Ему была предоставлена возможность выписывать и получать медицинские газеты и журналы.
Требовали обобщения и многочисленные интересные наблюдения, собранные в земских больницах и Ташкенте, которые он привез с собой. Работал над книгой Валентин Феликсович обычно ночью, когда ему никто не мешал, — другого времени не было. Привезенный материал был собран с большой тщательностью и скрупулезностью. Казалось бы незначительные, но важные детали не ускользали от внимания кропотливого ученого.
Узнав о 75-летнем юбилее великого физиолога, академика И.П.Павлова, ссыльный профессор посылает ему поздравительную телеграмму. Сохранился полный текст ответной телеграммы И.П.Павлова В.Ф.Войно-Ясенецкому:
“Ваше преосвященство и дорогой товарищ! Глубоко тронут Вашим теплым приветствием и приношу за него сердечную благодарность. В тяжелое время, полное неотступной скорби для думающих и чувствующих по-человечески, остается одна опора — исполнение по мере сил принятого на себя долга. Всей душой сочувствую Вам в Вашем мученичестве. Искренне преданный Вам Иван Павлов”.
Да — сложилась необычная и до горечи обидная ситуация: архиепископ Лука находится в ссылке в Красноярском крае, а идеи профессора-хирурга В.Ф.Войно-Ясенецкого распространяются не только в Советском Союзе, но и за рубежом. В 1923 году в немецком медицинском журнале “Deutsch Zeitschrift” опубликовывается его статья о новом методе перевязки артерии при удалении селезенки, а в 1924-м в “Вестнике хирургии” — сообщение о хороших результатах раннего хирургического лечения гнойных процессов крупных суставов.
Три года по необоснованному обвинению в антисоветской деятельности В.Ф.Войно-Ясенецкий находился в ссылке. Наконец он был реабилитирован и возвратился в Ташкент. Детей застал здоровыми, все учились. От многих невзгод, связанных со ссылкой отца, их постоянно выручали доктор Слоним и доктор Рогоза. Но не от всех: после ареста Войно-Ясенецкого квартиру забрали, и дети вместе с Софьей Велецкой поселились в крохотной комнатушке, где пришлось соорудить двухэтажные нары.
Кажется парадоксальным, но религиозный до фанатизма отец не делал никаких попыток приобщить к церкви детей, считая, что отношение к религии — сугубо личное дело каждого человека. Интересно, что все дети пошли по его стопам и стали медиками: Михаил и Валентин стали докторами медицинских, а Алексей — биологических наук; единственная дочь Елена — врачом-эпидемиологом. Внуки и правнуки знаменитого хирурга пошли по тому же пути.
В.Ф.Войно-Ясенецкому было запрещено выполнять обязанности епископа, а также преподавать в медицинском институте.
Кафедральный собор был разрушен. Валентин Феликсович стал служить простым священником в церкви преподобного Сергия Радонежского, расположенной недалеко от дома по Учительской улице, в котором он жил и вел прием многочисленных больных. Верный своим принципам, за лечение по-прежнему денег не брал и жил очень скромно, даже бедно. Позднее он стал снова работать в городской больнице.
В любых жизненных ситуациях Войно-Ясенецкий всегда оставался врачом, готовым оказать максимально возможную медицинскую помощь, проявляя при этом завидную смелость и незаурядную изобретательность. Однажды в поселке Романово он на дому вскрыл у тяжело больной женщины забрюшинный гнойник, а на пересыльном пункте в одной из деревень по дороге в Енисейск слесарными щипцами у молодого крестьянина извлекает из гноящейся раны кусок плечевой кости, пораженной остеомиелитом. Таких необычных случаев в его богатой врачебной практике было много. Всех не перечесть, но хочется рассказать еще об одном — с остроумным и оригинальным решением.
Во время летнего отдыха в одном из предгорных селений Валентин Феликсович был срочно приглашен к молодой женщине, внезапно потерявшей сознание. Пульс не прощупывался — резко упало кровяное давление —коллапс. Что делать? Профессор полотенцами быстро и туго бинтует руки и ноги и придает им вертикальное положение, что резко уменьшает в них циркуляцию крови и быстро повышает ее объем в сосудах головного мозга и внутренних органов. Через некоторое время появился пульс. Больная пришла в сознание и благополучно транспортирована в Ташкент.
Митрополит Сергий предлагал епископу Луке высокие церковные должности во многих городах страны, от которых он категорически отказался и подал прощение об увольнении на покой. Отставка была принята, и профессор Войно-Ясенецкий посвятил себя целиком медицинской деятельности. Она была прервана выстрелом, которым был убит в собственном доме профессор Михайловский...
Заведующий кафедрой физиологии Ташкентского медицинского института профессор Михайловский многие годы занимался проблемой оживления организма. Около двух лет он держал у себя на кафедре в ванне в специальном растворе труп сына, надеясь его оживить. Естественно, многие считали ученого-материалиста психически неполноценным. Вместе с тем им был опубликован ряд интересных работ по вопросам физиологии.
Следственные органы долго разбирались в этом запутанном деле. Первоначальная версия — самоубийство. В дальнейшем по подозрению в убийстве была арестована жена покойного Гайдабурова, у которой при обыске обнаружена записка, подписанная доктором медицины, епископом Лукой и скрепленная личной его печатью: “Удостоверяю, что лично мне известный профессор Михайловский в течение двух последних лет психически ненормален”.
На допросе Валентин Феликсович объяснил этот документ; “По многим жизненным поступкам я считал и считаю, что проф. Михайловский был психически ненормальным человеком, хотя как к врачу он ко мне никогда не обращался. Справку я выдал из милосердия, чтобы помочь вдове упростить процедуру церковных похорон, которые без установления нарушения психики у самоубийцы были невозможны”.
Эта записка связала Войно-Ясенецкого с судебным делом, которому в дальнейшем была предана политическая окраска — об участии церковников в убийстве профессора-материалиста.
Этот уголовный процесс совпал с новой волной гонений на церковь. Отношение к религиозным деятелям определялось тем же сталинским тезисом об обострении классовой борьбы по мере успехов социалистического строительства. И церковь как институт, который нельзя отделить от общества, вместе со всем обществом пережила страшные последствия применения сталинской теории на практике.
6 мая 1930 года В.Ф.Войно-Ясенецкого арестовали, и только через год — 15 мая 1931 года — решением чрезвычайной тройки ОГПУ он был приговорен к ссылке на три года с исчислением срока со дня ареста. Войно-Ясенецкому вменялось в вину подстрекательство к самоубийству профессора Михайловского. В Архангельске ему была разрешена медицинская практика без хирургии, отчего он очень страдал. “Хирургия — это та песнь, которую я не могу не петь”, — писал Валентин Феликсович домой. В ноябре 1933 года архангельская ссылка кончилась. Короткий период он жил и работал в Москве, Феодосии, снова в Архангельске, затем в Андижане. И, наконец, вернулся в Ташкент, где вместе с семьей поселился в небольшом домике на берегу Салара, недалеко от польского костела. Валентин Феликсович — одновременно епископ Сергиевской церкви, расположенной на углу Асакинской и Пушкинской улиц, и заведующий недавно открытым отделением гнойной хирургии в Институте неотложной помощи. В отделении под его руководством работали хирурги М.А.Ротенберг, Г.Ильин, С.А.Масумов, Р.К.Федермессер, А.И.Беньяминович и др. — будущие профессора и доценты хирургических клиник. В 1935 году профессор В.Ф.Войно-Ясенецкий приглашается на руководство кафедрой хирургии Института усовершенствования врачей, а в декабре этого же года Наркомздрав УзССР присуждает ему ученую степень доктора наук без защиты диссертации. Как будто все примирились с “двойной” деятельностью Валентина Феликсовича. В его рабочем кабинете целый угол занимали иконы, среди которых было много ценных, а в доме — никакой роскоши, только все самое необходимое.
Продолжалась дружба с профессором М.И.Слонимом. Дети профессора Юдифь Моисеевна и Евсей Моисеевич Слонимы хорошо помнят тот период: “Профессор Войно-Ясенецкий часто бывал у нас в доме и подолгу беседовал в кабинете с отцом. Приходил всегда один, был немногословен. Когда в доме (а это было довольно часто) собирались гости, чаще всего врачи, Валентина Феликсовича не было.