Войно-Ясенецкому не удалось уговорить Моисея Ильича принять христианскую веру, а неверующему отцу — сделать Валентина Феликсовича приверженцем иудаизма, что они часто шутя предлагали друг другу. Отец высоко ценил хирургическое мастерство и диагностические способности Войно-Ясенецкого. Он часто в разговоре подчеркивал и его душевные качества — любовь к людям, человечность, бескорыстие. Когда наша мать заболела острым аппендицитом, ее оперировал Валентин Феликсович. Отец предпочел его, хотя имел возможность пригласить любого хирурга в Ташкенте.
В рождественские праздники в его доме всегда была большая елка, на которую приглашалось много детей разных национальностей, их щедро одаривали подарками”.
После долгих хлопот и трудностей, наконец, в 1934 году осуществилась многолетняя мечта профессора — были изданы “Очерки гнойной хирургии”, в которых обобщен богатейший опыт автора. Во введении он пишет: “Чрезвычайно тяжелый путь сельского хирурга-самоучки, который мне пришлось пройти, научил меня весьма многому, чем хотелось бы теперь, на склоне моей хирургической деятельности поделиться с молодыми врачами”.
Подобных публикаций раньше не было. В предисловии к книге профессор В.С.Левит подчеркнул, что, “обладая хорошим языком и легким слогом, автор в такой форме излагает истории болезни, что создается впечатление, будто больной тут же присутствует, тут же обследуется и демонстрируется перед слушателями”.
Неудивительно, что книга, охватывающая основные разделы гнойной хирургии, несмотря на большой по тому времени тираж (10200 экземпляров), быстро превратилась в библиографическую редкость. Горячо принятая практическими врачами и научным миром, она стала настольной книгой врачей многих специальностей. Восторженный отзыв о книге дал выдающийся хирург И.И.Греков.
Окрыленный Валентин Феликсович, считая, что сделано еще очень мало, упорно продолжает собирать материал для следующего — второго издания. Гнойное хирургическое отделение предоставляло для этой цели неограниченные возможности. Войно-Ясенецкий работал с колоссальной нагрузкой. Ранним утром — богослужение в церкви, днем — лекции, операции, обходы больных, вечером — вновь церковь. Ей целиком посвящалось и воскресенье, но, если его вызывали в клинику, дальнейшее ведение богослужения передавалось другому священнику. Епископ Лука мгновенно “перевоплощался” в профессора Войно-Ясенецкого...
Спокойная жизнь длилась всего три года. Наступил страшный для страны 1937 год... Он не обошел и духовенство. 13 декабря, на следующий день после первых выборов в Верховный Совет СССР по новой Конституции, Войно-Ясенецкий был снова арестован, по стандартному тогда обвинению в шпионаже... в пользу Ватикана!
В неимоверно тяжелых условиях тюрьмы, подвергаясь непрерывным допросам днем и ночью, лишенный сна, с распухшими от долгого стояния ногами, Валентин Феликсович объявил голодовку. Но допросы продолжались, и он падал от истощения. Ведь Войно-Ясенецкому было уже 60 лет.
В состоянии крайнего истощения Валентин Феликсович был помещен в тюремную больницу. Однако и там, несмотря на свое тяжелое состояние, он по долгу врача и священника старался оказывать другим заключенным посильную помощь. Два года семья ничего не знала о судьбе профессора. А здоровье его катастрофически ухудшалось — усилились отеки ног, появилась одышка. Так по тюремным камерам и больницам провел он около четырех лет, не признавая выдвинутые против него ничем не обоснованные обвинения. Тюремное заключение закончилось высылкой в Сибирь.
Репрессированного профессора с момента ареста сразу вычеркнули из официальной медицины. “Очерки гнойной хирургии” были изъяты из библиотек. В юбилейном сборнике “XX лет Ташкентского медицинского института”, изданном в 1939 году, имя Войно-Ясенецкого ни разу не упоминается, нет его фамилии и в перечне работ, опубликованных врачами Ташкента за эти годы. Да не только его. Не упоминаются дерматолог А.А.Аковбян, хирург С.А.Масумов и многие другие врачи — жертвы 1937 года.
Но имя профессора Войно-Ясенецкого продолжало упорно жить. Врачи постоянно пользовались его прекрасной книгой, делали операции по его методикам, а сотни излеченных больных, их родственники и друзья благодарно вспоминали Валентина Феликсовича; оставался епископ Лука и в памяти верующих как добрый, с открытым сердцем человек, всегда готовый помочь ближнему.
В место ссылки — село Большая Мурта, расположенное в 110 км от Красноярска, Войно-Ясенецкий попал в марте 1940 года и был назначен хирургом в районную больницу. Это была уже третья ссылка... Жил в небольшой каморке, питался впроголодь. Особенно угнетало отсутствие церкви в этом селе. До сих пор в Красноярске проживает врач, Б.И.Ханенко, который помнит Валентина Феликсовича по Большой Мурте: “Все его звали “отец Лука”. Внешне суровый, строгий, он был справедливым и человечным. Вставал в 5 утра, молился перед иконой. Перед операцией крестился, крестил больного и приговаривал: “Все, что от меня зависит, обещаю сделать, остальное — от бога”.
Однажды тяжело заболел профессор Томского медицинского института Федоров. Диагноз — тромбофлебит вен нижних конечностей ног. Лечившие его врачи видели только один выход — ампутацию. Слава ссыльного профессора уже вышла за пределы Красноярского края и дошла до Томска. Войно-Ясенецкого пригласили к больному, и местные власти дали разрешение на эту поездку. В клинике прошел слух — приехал поп из Большой Мурты лечить Федорова. Валентин Феликсович, осмотрев больного, сказал: “Ампутацию произвести никогда не поздно”. И назначил лечение. Чем и как лечил он профессора Федорова, я не помню, но знаю, что больной выздоровел и еще долго работал”.
С первых дней Великой Отечественной войны Войно-Ясенецкий буквально “бомбардирует” начальство всех рангов с требованием предоставить ему возможность лечить раненых. По воспоминаниям И.М.Назарова, бывшего начальника Енисейского пароходства, он отправил Калинину телеграмму следующего содержания: “Я епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий, отбываю ссылку в поселке Большая Мурта Красноярского края. Являюсь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта и тыла, где мне будет доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука”.
Наконец разрешение было получено. 30 сентября 1941 года ссыльный профессор Войно-Ясенецкий переводится в г.Красноярск для работы консультантом в многочисленных госпиталях, имевших более 10000 коек. Начальство отнеслось к Валентину Феликсовичу настороженно — все-таки ссыльный поп. А в каморке, в которой его поселили, иконы на стене, а на столе — портрет Ленина. Это необычное сочетание вполне объяснялось его взглядами, о которых поведала работавшая в те годы с Валентином Феликсовичем врач-хирург Валентина Николаевна Зиновьева: “Он часто говорил, что и у Ленина и в религии есть что-то общее в морально-эстетическом вопросе”. С первых же дней работы в Красноярских госпиталях он трудился самозабвенно. Много оперировал, все свои силы и знания отдавал обучению молодых хирургов и, как всегда, тяжело переживал каждую смерть. Питался плохо, часто не успевал даже получать продовольствие по своим карточкам.
Все трудности и несправедливости последних лет, обрушившиеся на него, не убили в профессоре пытливого исследователя. Войно-Ясенецкий один из первых в Великую Отечественную войну указывает на необходимость раннего и радикального лечения остеомиелитов, осложняющих ранения костей. “Лечение тяжелых осложнений гнойной инфекцией ран суставов является одной из важнейших задач тыловых госпиталей”, — пишет он в кратком вступлении к своей новой книге “Поздние резекции при инфицированных огнестрельных ранениях суставов”, изданной в 1944 году. Эта книга становится незаменимым пособием для хирургов страны. Благодаря Войно-Ясенецкому тысячам и тысячам раненых не только была спасена жизнь, но и возвращена ни с чем не сравнимая радость самостоятельного передвижения. Часто в палатах выздоравливающие встречали старого профессора необычным, но выразительным приветствием — поднимая ранее искалеченные и недвижимые конечности.
Наконец была закончена переработка “Очерков гнойной хирургии”, объем которых увеличился более чем в полтора раза. Книга была завершена в 1943-м, но издать ее удалось только в 1946 году. Первые годы Великой Отечественной войны убедительно показали, что религиозность вполне сочетается с патриотизмом и гражданским мужеством.
Уже 22 июня 1941 года митрополит Московский и Коломенский Сергий обратился с проникновенным воззванием к верующим, в котором, в частности, сказал: “Отечество защищается оружием и общим народным подвигом... тут есть дело рабочим, крестьянам, ученым, женщинам и мужчинам, юношам и старикам. Всякий может и должен внести в общий подвиг свою долю труда... Православная Церковь всегда разделяла судьбу народа... не оставит она свой народ и теперь... благословляет она православных на защиту священных границ нашей Родины...”
Это воззвание зачитывалось во всех храмах. На средства церкви были созданы эскадрилья самолетов имени Александра Невского и танковая колонна имени Дмитрия Донского. К концу 1944 года сумма взносов от Русской православной церкви на оборону составляла 150 миллионов рублей.
Патриотизм верующих и вся суровая действительность военных лет заставили Сталина и правительство изменить отношение к религиозным культам и, в первую очередь, к Русской православной церкви. Это сразу же отразилось на положении Войно-Ясенецкого — его переселили в лучшую квартиру, обеспечили хорошей одеждой и питанием. В марте 1943 года была открыта первая маленькая церковь в Николаевке (пригород Красноярска), и ссыльный епископ Лука был назначен красноярским епископом, Войно-Ясенецкий участвует в соборе епископов Русской православной церкви, созванном 8 сентября 1943 года, и избирается постоянным членом священного синода. Священный синод возводит его в ранг архиепископа, приравняв лечение раненых “к доблестному архиерейскому служению”.