На протяжении 18 столетия докторами медицины в России были или иностранцы, или русские, но обязательно получившие степень доктора медицины в заграничных университетах. Как исключение, иногда, цари сами жаловали врачей в степень доктора медицины.
В 1776г. медико-хирургические школы были преобразованы в медико-хирургические училища, которым предоставлено было право «доводить в докторскую степень, доставляя таковым посредством природных российских докторов для занятия мест, званию их соответствующих». Правом возведения в степень доктора медицины пользовалась медицинская коллегия – управляющий медицинский орган в России.
Первым высшим учебным заведением в России является Московский Университет, проект которого, разработанный Шуваловым, был утвержден императрицей Елизаветой Петровной 12 января 1755г. Открыт университет 26 апреля 1755г. Университет состоял из трех факультетов, среди которых имелся и медицинский с тремя кафедрами: химии с применением к химии аптекарской, натуральной истории и анатомии с медицинской практикой. На медицинском факультете Московского университета хирургия первоначально преподавалась, как часть «практической медицины». Только в 1764г. профессор Эразмус первый открыл «кафедру анатомии, хирургии и повивального искусства». 29 сентября 1791г. Московский университет получил право возводить в степень доктора медицины. А в 1795г. преподавание медицины начинает осуществляться только на русском языке.
В Москве развитие хирургии тесно связано с деятельностью Ефрема Осиповича Мухина (1766-1859)- видного русского анатома и физиолога, хирурга, гигиениста и судебного медика. Будучи профессором Московской Медико-хирургической (1795 –1816) и медицинского факультета Московского университета (1813 – 1835) Мухин издал «Описание хирургических операций» (1807), «Первое начало костоправной науки» (1806) и «Курс анатомии» в 8-и частях (1818). Он внес существенный вклад в развитие русской анатомической номенклатуры. По его инициативе в Московском университете и Медико-хирургической академии были созданы анатомические кабинеты, введено преподавание анатомии на трупах и изготовление анатомических препаратов из замороженных трупов.
В первой половине 19-го столетия ведущим центром развития хирургии в России являлась Петербургская Медико-хирургическая академия. Преподавание в Академии было практическим: студенты производили анатомические вскрытия, наблюдали большое количество операций и сами участвовали в некоторых их них под руководством опытных хирургов. В числе профессоров Академии были П.А.Загорский, И.Ф.Буш – автор первого «Руководства преподавания хирургии» в трех частях (1807), И.В.Буяльский – ученик И.Ф.Буша и выдающийся предшественник Н.И.Пирогова.
Значительно отразилось на развитии хирургии как русской, так и зарубежной учение английского хирурга Дж. Листера. Листер изменил все представление об оперативном лечении заболеваний, дал, с точки зрения даже начала 19-го столетия, совершенно невероятный толчок развитию хирургии. Антисептический метод хирургической работы Листера был основан на применении растворов карболовой кислоты. Их распыляли в воздухе операционной, обрабатывали руки хирургов и дезинфицировали инструменты и перевязочный материал. Листер большое значение придавал дезинфицирующей перевязке. Об антисептике Листера хирурги в России сильно заговорили в начале 70-х годов 19-го столетия. На первом научном заседании старейшего хирургического общества в Москве (4-го декабря 1873г.) доктор Костарев сделал сообщение о «различных способах перевязки ран»; в прениях по поводу этого сообщения 26 февраля 1874г. Костарев, подводя итоги своих наблюдений, приходит к выводу, что «следует признать только два метода лечения ран: а)метод лечения без перевязки (с лечением под струпом, как вариант), б)метод дезинфицирующей повязки Листера». Причем, утверждает Костарев, метод лечения без перевязки должен быть незамедлительно принят, как единственно вполне и повсюду применимый. Костарев считал, что открытый способ лечения выше антисептического.
Хирургия, в том числе и московская, пошла за Листером, а не за Костаревым. Тем не менее антисептика Листера горячо обсуждалась и прививалась. Благодаря методу Листера послеоперационные осложнения и смертность снизились в несколько раз.
В конце 80-х годов 19-го века в дополнение к методу антисептики был разработан метод асептики, направленный на предупреждение попадания микроорганизмов в рану. Асептика основана на действии физических факторов и включает в себя стерилизацию в кипящей воде или паром инструментов, перевязочного или шовного материала, специальную систему мытья рук хирурга, а также целый комплекс санитарно-гигиенических и организационных мероприятий. Основоположниками асептики явились немецкие хирурги Эрнст Бергманн и Курт Шиммельбуш. В России основоположниками асептики были П.П.Пелехин, М.С.Субботин и П.И.Дьяконов.
Значительной вехой в истории русской хирургии является создание в 1873году первого русского хирургического общества в Москве. По его подобию создаются впоследствии хирургические общества в разных городах России, которые увенчиваются съездами хирургов, возникновением хирургических журналов.
Следующий период истории русской хирургии венчает Николай Иванович Пирогов (1810-1881гг).
В 1828г. после окончания Московского университета 17-летний «лекарь 1-го отделения» Пирогов по рекомендации профессора Е.О.Мухина был направлен в профессорский институт, только что учрежденный в Дерпте (ныне Тарту) для подготовки профессоров из «прирожденных россиян». В первом наборе слушателей этого института были также Г.И.Сокольский, Ф.И.Иноземцев, А.М.Филомафитский и другие молодые ученые, составившие славу российской науки. В качестве своей будущей специальности Николай Иванович избрал хирургию, которую изучал под руководством профессора И.Ф. Мойера.
В1832г. в возрасте 22 лет Пирогов защитил диссертацию «Является ли перевязка брюшной аорты при аневризме паховой области легко выполнимым и безопасным вмешательством?» Ее выводы основаны на экспериментально-физиологических исследованиях на собаках, баранах, телятах.
Н.И.Пирогов всегда тесно сочетал клиническую деятельность с анатомо-физиологическими исследованиями. Вот почему во время своей научной поездки в Германию (1833-1835) он был удивлен, что «застал еще в Берлине практическую медицину, почти совершенно изолированную от главных реальных основ ее: анатомии и физиологии. Было так, что анатомия и физиология сами по себе. И сама хирургия не имела ничего общего с анатомией. Ни Руст, ни Грефе, ни Диффенбах не знали анатомии. Больше того, Диффенбах просто игнорировал анатомию и подшучивал над положением различных артерий». В Берлине Н.И.Пирогов работал в клиниках И.Н.Руста, И.Ф. Диффенбаха, К.Ф. фон Грефе, Ф. Шлемма, И.Х. Юнгена; В Геттингене – у Б.Лангенбека, которого высоко ценил и в клинике которого совершенствовал свои знания по анатомии и хирургии, следуя принципу Лангенбека: «Нож должен быть смычком в руке каждого хирурга».
По возвращении в Дерпт, уже в качестве профессора Дерптского университета, Н.И.Пирогов написал несколько крупных работ по хирургии. Главной из них является «Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций» (1837), удостоенная в 1840г. Демидовской премии Петербургской академии наук – самой высокой награды за научные достижения в России того времени. Этот труд положил начало новому хирургическому подходу к изучению анатомии. Таким образом, Н.И.Пирогов явился основоположником новой отрасли анатомии – хирургической (топографической по современной терминологии) анатомии, изучающей взаимное расположение тканей, органов и частей тела.
В 1841г. Н.И.Пирогов был направлен в Петербургскую Медико-хирургическую академию. Годы работы в Академии (1841-1846) стали самым плодотворным периодом его научно-практической деятельности.
По настоянию Пирогова при Академии впервые была организована кафедра госпитальной хирургии. Вместе с профессорами К.М.Бером и К.К. Зейдлицем он разработал проект Института практической анатомии, который был создан при Академии в 1846г.
Одновременно заведуя и кафедрой и анатомическим институтом, Пирогов руководил большой хирургической клиникой и консультировал в нескольких петербургских больницах. После рабочего дня он производил вскрытие трупов и готовил материал для атласов в морге Обуховской больницы, где работал при свечах в душном, плохо проветриваемом подвале. За 15 лет работы в Петербурге он произвел почти 12 тысяч вскрытий.
В создании топографической анатомии важное место занимает метод «ледяной анатомии». Впервые замораживание трупов в целях анатомических исследований произвели Е.О.Мухин и его ученик И.В.Буяльский, который в 1836г. приготовил мышечный препарат «лежащее тело», впоследствии отлитый в бронзе. В1851г. развивая метод «ледяной анатомии», Н.И.Пирогов впервые осуществил тотальное распиливание замороженных трупов на тонкие пластины (толщиной 5-10 мм) в трех плоскостях. Результатом его титанического многолетнего труда в Петербурге явились две классические работы: «Полный курс прикладной анатомии человеческого тела с рисунками (анатомия описательно-физиологическая и хирургическая)» (1843-1848) и «Иллюстрированная топографическая анатомия распилов, проведенных в трех направлениях через замороженное человеческое тело» в четырех томах (1852-1859). Обе они удостоены Демидовских премий Петербургской Академии наук 1844 и 1860гг.
Еще одна Демидовская премия была присуждена Н.И.Пирогову в 1851г. за книгу «Патологическая анатомия азиатской холеры», в борьбе с эпидемиями которой он неоднократно принимал участие в Дерпте и Петербурге.