Задум М.С. Хрущова базувався на прихованому розгортанні Групи радянських військ на Кубі для того, щоб поставити американське керівництво перед здійсненим фактом. Ось як про це говорив А. Мікоян на переговорах з Ф. Кастро в листопаді 1962 року: "Якби стратегічна зброя була розміщена в умовах таємності і американці не знали б про її існування на Кубі, то вона була б сильним засобом стримування. Ми виходили із цього положення" [3; 288].
3 липня 1962 року почалася грандіозна операція з розгортання в безпосередній близькості від Сполучених Штатів угруповання військ, здатного вести самостійні бойові дії на відстані 11 тис. км від баз спорядження.
Перші бойові підрозділи радянських військ прибули на Кубу на початку серпня. У вересні стали прибувати на острів ядерні ракети середньої дальності, а також літаки Іл-28 і тактичні ракети "Луна".
Американське керівництво знало про розгортання радянських військ на Кубі ще з липня 1962 року, що було недивно при наявності на острові американської розвідки. Для дій проти Куби в 1962 році передбачалося використати об’єднанні командування (ОК) збройних сил США в зоні Атлантичного океану та Південної і Центральної Америки (так зване Південне командування).
Як правило, кризу навколо Куби обмежують тринадцятьма днями – з 14 по 27 жовтня 1962 року. Але це дуже спрощений підхід до одного із найважливіших конфліктів післявоєнної історії. Слід виділити три фази кризи: приховану, відкриту і завершальну.
Прихована фаза почалася в перші дні вересня. Не випадково з 27 серпня розвідувальні дані по Кубі стали доповідатися вищому керівництву США у вигляді щоденних самостійних зведень. Згідно з доповіддю радянського військового представника в Гавані від 2 вересня 1962 року, адміністрація США віддала наказ своїм збройним силам про відкриття "відповідного" вогню по кубинських кораблях і літаках в нейтральних водах і повітряному просторі й інформувала уряди країн ОАД про те, що "в найближчий час у Карибському басейні відбудуться важливі події, якщо Кастро не схаменеться" [3; 291]. 26 вересня була прийнята резолюція конгресу, яка однозначно була спрямована проти Куби. В ній вказувалося, що "США мають намір .... а) перешкодити утворенню або використанню на Кубі військового потенціалу ззовні, що становить загрозу безпеці Сполучених Штатів; б) спільно з Організацією Американських держав і свободолюбивими кубинцями підтримати прагнення кубинського народу до самовизначення" [3; 291].
М.С. Хрущов, очевидно, розуміючи уразливість прийнятого рішення з прихованого розміщення ядерних ракет на Кубі і неможливість зберегти його в таємниці, з липня 1962 року звернув особливу увагу на політичне прикриття цієї акції. На початку вересня М.С. Хрущов у розмові з міністром внутрішніх справ США заявив: "Але ж ви спрямовуєте в Японію ракети і ядерні боєголовки. Навіщо це робиться? Це ж спрямовано проти нас. Ви погрожуєте Фіделю Кастро, і ми даємо йому сучасну оборонну техніку. Кубинці не знають, як поводитись з нею, і ми направляємо до них наших спеціалістів для навчання" [1; 568].
2.2. Реакція з боку США
Повідомлення про надання Радянським Союзом військової допомоги Кубі не на жарт стурбували США. Спостереження американської розвідки за Кубою було посилено. Незабаром стало очевидно, що Радянський Союз споруджує на Кубі стартові майданчики для зенітних керованих ракет (ЗУР), які вважаються оборонною зброєю. Велося інтенсивне будівництво великого рибальського селища, під виглядом якого, як вважало ЦРУ, СРСР створює велику судноверф і базу для радянських підводних човнів. Американський уряд не тільки виразив свою "заклопотаність" через посла СРСР А. Добриніна, але провів в районі Куби великі маневри, в яких брало участь 45 військових кораблів і 10 тисяч морських піхотинців. Збільшилося число розвідувальних польотів У-2, що безперервно фотографували територію Куби, що можна було робити, не порушуючи повітряного простору острова. 4 вересня Кеннеді зробив публічне застереження: Сполучені Штати не потерплять розміщення на Кубі стратегічних ракет типу "земля-земля" і інші видів наступальної зброї. 7 вересня президентом був зроблений запит у Конгресу, на дозвіл мобілізувати 150 тисяч резервістів [7].
Радянське керівництво залишило без уваги демарш президента США і маневри американського флоту. А. Добринін просив Роберта Кеннеді завірити свого брата, що ракети на Кубі встановлюватися не будуть [7].
12 вересня в радянських газетах з'явилося повідомлення ТАРС, в якому можна було прочитати: "Уряд СРСР уповноважив ТАРС заявити, що Радянському Союзу не потрібно переміщення в яку-небудь іншу країну, наприклад в Кубу, засобів, що є у нього для відображення агресії, для удару у відповідь. Наші ядерні засоби є настільки могутніми по своїй вибуховій силі, і Радянський Союз має в своєму розпорядженні настільки могутні ракетоносії для цих зарядів, що немає потреби шукати місце для їх розміщення десь за межами СРСР" [7].
Те ж саме говорилося і в особистому посланні Хрущова Джону Кеннеді. Хрущов писав, що президент США може бути упевнений, що ракети "земля-земля" ні при яких обставинах не будуть відправлені на Кубу.
У кінці вересня і на початку жовтня в районі Куби сильна хмарність не дозволяла провести фоторозвідку. Це полегшувало потайне і термінове проведення робіт по створенню пускових установок. Хрущов і Кастро розраховували, що всі роботи будуть завершені раніше, ніж розвідка США виявить, яку саме "оборонну зброю" має в своєму розпорядженні тепер Куба. Як відверто писав пізніше в своїх мемуарах Хрущов, "цієї сили було досить, щоб зруйнувати Нью-Йорк, Чикаго і інші промислові міста, а про Вашингтон і говорити нічого. Маленьке село" [7].
Без сумніву, різного роду чутки про ракети на Кубі і будівельні роботи, що там ведуться, доходили до американців, але у них не було ясних доказів. Тільки 10 жовтня вони змогли відновити фоторозвідку, і отримані дані їх надто стурбували. Вони побачили автомобільні дороги там, де десять днів тому темніли джунглі. Кеннеді наказав розширити фоторозвідку, але на Кубу обрушився ще один тайфун, і нові знімки вдалося зробити тільки 14 жовтня. Американські літаки знімали не тільки з великої висоти, але і з малої – зі 130 метрів. Тисячі отриманих знімків ясно свідчили, що мова йде вже не про зенітні ракети, а про ракети "земля-земля", здатні нести ядерну зброю. Нові знімки, отримані 17 жовтня, дозволили побачити декілька нових пускових майданчиків, на яких розташувалися 16 або 32 ракети, дальність польоту яких, по висновку експертів і даним розвідки, складала більше за тисячу миль [3; 291].
Через день після розвідки, проведеної 14 жовтня літаком У-2, Кеннеді дістав інформацію про роботи, розпочаті на Кубі радянськими фахівцями. На фото було чітко видно будівництво на кубинській території устаткування для запуску ракет. У радянсько-кубинському комюніке від 2 березня 1962 p. сказано, що Радянський Союз постачатиме зброю та надсилатиме військових інструкторів на Кубу, але всі надіялися, що тут не йдеться про озброєння наступального характеру. Особисто Хрущов заявив 6 вересня 1962 p.: "Ніякі дії, що могли б ускладнити міжнародну обстановку і посилити напруження між нашими двома країнами, не розпочнуться до виборів у США" [8]. Ці слова скидалися на більш-менш тверду обіцянку не вдаватися до ворожих дій.
Президент Кеннеді опинився перед вибором, найскладнішим за весь термін його повноважень. Постанову цю він ухвалив між 16 і 22 жовтня, а в цей останній день публічно оголосив її. В тісному оточенні небагатьох радників та експертів, наради з якими старанно приховувались від журналістів, Кеннеді, незважаючи на свою заклопотаність, з'являвся перед публікою завжди зі сліпучою посмішкою на обличчі, все ще б'ючись над розв'язанням питання, від якого залежав мир, а, може, й існування світу. Що на меті в СРСР? Змусити американців виступити проти Куби, де для них приготовлено пастку, і в такий спосіб настроїти проти них світову громадську думку? Втягнути США у "планетарні торги" або змусити їх, в обмін на виведення ракет з Куби, зробити більші поступки в берлінському питанні, або забрати ракети з Туреччини? Чи, нарешті, це лише спроба перевірити готовність американців до адекватної відповіді? Та як би то не було, а президент Кеннеді вирішив застосувати тверду політику; зазнавши поразки у затоці Свиней, він не міг дозволити собі нового відступу. Але тверда постанова несла в собі загрозу розв'язування атомної війни. Вперше у післявоєнній історії світу виникла ситуація обложеної фортеці. Ні американці, ні радянці досі не допускали аж до такого загострення, коли тверда постанова передбачала б можливий штурм бастіонів супротивника.
Залишалось вірити, в чому полягатиме ця тверда політика. Можна було ввести на Кубу збройні сили, що дозволило б усунути ракети і радянських фахівців, а то й уряд Кастро, що його багато хто в Америці сприймав як пряму загрозу. Та чи не потягне така інтервенція за собою радянську атомну відповідь, якою нахвалявся Хрущов? Другий спосіб розв'язання проблеми являв собою не вторгнення на Кубу, а зруйнування пускових установок бомбардуванням з повітря. Одначе складність такого бомбардування була в його неповній ефективності і не набагато менше, ніж інтервенція, загрожувала відповідною радянською реакцією, оскільки йшлося все одно про військове втручання. Ідея бомбардування, схвалена спочатку більшістю радників Кеннеді, була відкинута його братом, Робертом Кеннеді, та заступником державного секретаря Джорджем Боллом. Останній наводив додатковий контраргумент, що таке несподіване бомбардування недоречно нагадувало б японський напад на Перл-Гарбор і справило б прикре враження в Латинській Америці. Третім способом розв'язання проблеми могла бути часткова блокада Куби з метою перешкодити надходженню на Кубу радянської атомної зброї. Водночас можна було поставити ультиматум радянській стороні щодо припинення будівництва пускових установок. Саме тоді до Вашингтона надійшла інформація, що радянські морські вантажі, можливо, в супроводі підводних човнів, перебувають в дорозі до Куби. Але ж у місцевих масштабах флот США в Карибському басейні мав незаперечну перевагу. Зручність такого перебігу подій ґрунтувалася на тій обставині, що ініціатива розв'язання конфлікту, якби такий стався, належала б СРСР. Коли американські військові кораблі перестрінуть радянські судна в морі, радянське командування або накаже своїм суднам іти далі, ризикуючи, відтак, що їх потоплять, або накаже підводним човнам атакувати американські кораблі. Ймовірніше, що радянська сторона, опинившись перед необхідністю такого драматичного вирішення, радше дозволить обстежити свої кораблі чи, може, навіть перерве свій шлях до Куби. Так чи так, а поведінка американців мала б вигляд оборонної. Єдина вимога США була – щоб СРСР вивіз назад наступальну зброю. Нарешті, члени Ради національної безпеки при президенті (державний секретар Дін Раск, заступник державного секретаря Джордж Болл, міністр оборони Макнамара, помічник міністра оборони Пол Нітце, голова об'єднаного головного штабу генерал Максвелл Тейлор, директор ЦРУ Джордж Маккон, міністр юстиції Роберт Кеннеді, секретар скарбниці Дуглас Діллон, радники Білого дому Теодор Соренсен і Макджордж Банді та інші особи, такі як Дін Ачесон і Едлай Стівенсон) обрали цей третій варіант. У понеділок, 22 жовтня, Кеннеді проконсультувався ще з деякими особами, серед яких, звичайно, були колишні президенти Гувер, Трумен та Ейзенхауер [8; 576].