Фактичне фінансування науково–технічної діяльності з Державного бюджету України протягом останніх п’яти років не перевищує 0,4 відсотка ВВП при визначеній статтею 34 Закону України "Про наукову і науково–технічну діяльність" нормі — 1,7 відсотка. Питома вага програмно–цільового фінансування наукових досліджень не перевищує 10 відсотків загальних витрат на науку при законодавчо встановлених 30 відсотках (стаття 6 Закону України "Про пріоритетні напрями розвитку науки і техніки").
Щорічне фінансування освіти фактично становить 4,5–6 відсотків ВВП при визначеній Законом України "Про освіту" нормі — 10 відсотків.
Не виконуються положення Указу Президента України від 20 квітня 2004 року N 454 "Про фінансову підтримку інноваційної діяльності підприємств, що мають стратегічне значення для економіки та безпеки держави" та Постанови Верховної Ради України від 16 червня 2004 року N 1786–IV ( 1786–15 ) "Про дотримання законодавства щодо розвитку науково–технічного потенціалу та інноваційної діяльності в Україні" в частині спрямування не менше 10 відсотків коштів, отриманих від приватизації державного майна, на фінансову підтримку інноваційної діяльності підприємств, що мають стратегічне для економіки та безпеки держави значення.
Постановою Кабінету Міністрів України від 28 лютого 2005 року N 157 збільшено до 50 відсотків відрахування до загального фонду Державного бюджету України частини прибутку (доходу) наукових установ, що мають статус державних підприємств.
Законодавством України, на відміну від більшості країн світу, не передбачено стимулювання залучення у науково–технічну та інноваційну сфери позабюджетних коштів, не стимулюються витрати промисловості на наукові дослідження і розробки, а також інвестиції в інноваційну сферу з боку банків та інших інвесторів.
Посилюється необґрунтована приватизація науково–дослідних установ, особливо галузевої науки. Руйнується матеріально–технічна база, не контролюється передача об’єктів інтелектуальної власності.
3. Неефективність адміністративно–організаційної структури управління науково–технічною та інноваційною діяльністю.
Діюча структура управління науково–технічною та інноваційною сферами має велику кількість елементів, взаємодія та загальна координація яких не забезпечена відповідним організаційним підпорядкуванням, а також системним і комплексним розподілом повноважень.
Міністерство освіти і науки України не повною мірою забезпечує виконання покладених на нього функцій головного органу з питань формування та реалізації інноваційної політики в Україні, зокрема не запроваджено дієвого моніторингу та системи звітності щодо виконання суб’єктами підприємницької діяльності, крім технопарків, інноваційних проектів, відсутні фінансові важелі впливу на інноваційні процеси.
Міністерство економіки України не забезпечує інноваційної спрямованості усіх напрямів економічної політики, які розробляються та реалізуються в країні, що передбачає проведення комплексу заходів у податковій, бюджетній, грошово–кредитній та зовнішньоекономічній сферах.
Національна академія наук України належним чином не залучається до процесу формування та реалізації інноваційної політики держави. Її участь в інноваційному процесі чинним законодавством чітко не визначено.
Несприятливою для проведення послідовної науково–технічної та інноваційної політики стала постійна реорганізація органів державного управління науковою діяльністю. Після ліквідації Державного комітету України з питань науки та інтелектуальної власності та передачі його функцій Міністерству освіти і науки України фактичний вплив останнього на науково–технічну сферу значно знизився.
Залишається нереалізованим положення Закону України "Про інноваційну діяльність" щодо організаційної системи управління інноваційними процесами, зокрема створення уповноважених і регіональних установ.
Наявна структура державного управління науково–технічною та інноваційною сферами не забезпечує реалізацію державної науково–технічної та інноваційної політики. Не налагоджено координацію взаємодії науки з виробництвом, ефективне використання вітчизняних науково–технічних здобутків, орієнтування науково–технічної діяльності на потреби економіки. Структурнатрансформація науки в Україні не взаємопов’язана і не підпорядкована завданням структурної перебудови національної економіки.
4. Недостатній рівень фінансового забезпечення реалізації державної науково–технічної та інноваційної політики.
Структура фінансового забезпечення науково–технічної та інноваційної діяльності є деформованою. За даними Державного комітету статистики України, у 2006 році питома вага видатків на науку у ВВП становила 0,96 відсотка, у тому числі коштів державного бюджету 0,38відсотка ВВП.
У загальному розподілі асигнувань на науку з усіх джерел на кошти державного бюджету припадало 39,7 відсотка, не набагато меншу частку становлять кошти вітчизняних замовників (30,3 відсотка), п’яту частину - кошти іноземних замовників (19,4 відсотка).
Низькими залишаються обсяги державного замовлення на новітні технології, які щорічно становлять близько 1 відсотка бюджетного фінансування наукової сфери.
Наявні пропорції у структурі фінансових ресурсів вітчизняної науково–технічної сфери підсилюють несприятливий вплив організаційно–економічної відокремленості наукової діяльності від виробничого сектору, зумовлюють низький "коефіцієнт корисної дії" наукової сфери, що має мультиплікативні наслідки для народного господарства у вигляді низького технологічного рівня.
5. Неефективне використання наявних фінансових та інвестиційних ресурсів для реалізації державної науково–технічної та інноваційної політики.
Розпорошеність бюджетних видатків між їх численними розпорядниками, відсутність ефективного механізму координації використання коштів за бюджетними програмами поглиблює проблему фінансового забезпечення науково–технічної та інноваційної діяльності.
Фінансування наукової сфери здійснюється шляхом розпису бюджетних видатків їх численним головним розпорядникам (44 — у 2004 році, 38 — у 2005 році). Найбільшу фінансову підтримку отримує академічний сектор науки — близько 75 відсотків видатків загального фонду державного бюджету, 13 відсотків припадає на Міністерство освіти і науки України, 12 відсотків отримує решта головних розпорядників. Державним фондом фундаментальних досліджень здійснюється підтримка фундаментальних досліджень за грантами, зокрема і для молодих учених. Щорічне фінансування фундаментальних досліджень за грантами фонду становить близько 9 млн. гривень, або 0,6 відсотка бюджетного фінансування наукової сфери.
Залишається неефективним механізм програмно–цільового планування науково–технічної та інноваційної політики. Відсутність загальнодержавної системи моніторингу та механізмів зворотного зв’язку між виконавцем і розпорядником бюджетних коштів не дає можливості відслідковувати ефективність проведення робіт та отримання відповідних результатів.
Низьким (менше 10 відсотків) залишається рівень програмно–цільового фінансування наукових досліджень і розробок, спрямованого на отримання кінцевого результату.
Неналежне фінансування Загальнодержавної комплексної програми розвитку високих наукоємних технологій, затвердженої Законом України від 9 квітня 2004 року, не дозволяє ефективно використовувати нові механізми фінансування проектів програми, згідно з якими держава надає фінансову підтримку в розмірі до 30 відсотків вартості проекту, а решту коштів має вкладати підприємець або інвестор.
Низьким є рівень якості матеріально–технічного забезпечення навчальних закладів і наукових організацій. Наявний стан матеріально–технічної та лабораторної бази наукових установ і вищих навчальних закладів не забезпечує проведення наукових досліджень на загальносвітовому рівні, не сприяє впровадженню інноваційних освітніх технологій та вихованню
інноваційно–орієнтованого громадянина, знижує конкурентоспроможність випускників навчальних закладів на ринку праці, створює перешкоди на шляху інтеграції української освіти до європейського та світового освітніх просторів.
6. Невідповідність корпоративної структури, яка формується в Україні, вимогам інноваційного розвитку.
Переважна частина галузевої науки в Україні виявилася за межами корпоративних структур і, відповідно, за межами відтворювальних механізмів фінансування. Відбулося руйнування механізмів організаційної взаємодії галузевої науки та виробництва, які успішно зарекомендували себе в умовах адміністративної системи — науково–виробничих і виробничих об’єднань.
Відторгнення наукового потенціалу з боку великого бізнесу відбулося внаслідок його орієнтації протягом тривалого часу на короткотермінові напівтіньові схеми.
Діяльність малого інноваційного бізнесу в Україні через умови, які склалися в національному виробництві, перебуває на стадії становлення. У цілому діяльність малого бізнесу орієнтована на торговельні операції, і внаслідок несприятливого для інноваційних процесів клімату цей бізнес поки що не відіграє провідної ролі в інноваційних процесах.
Надмірна бюрократизація організації підприємницької діяльності, складність отримання необхідних дозволів, ускладнений доступ інноваторів до фінансових ресурсів стримують розвиток інноваційної інфраструктури.
7. Повільне формування в Україні сучасного і масштабного ринку інноваційної продукції, інфраструктури інноваційної діяльності.