В ходе развернувшейся на съезде дискуссии делегаты обсудили позицию своей партии по основным проблемам внутренней политики. В первую очередь речь шла о стабилизации политического положения в стране, решении проблемы Юга, налаживании диалога с оппозицией. В этой связи председатель НКС, президент Судана Омар аль-Башир заявил, что руководство страны приняло решение о предоставлении трем мятежным южным провинциям права на отделение. В частности, в беседе с иностранными корреспондентами он сказал: «Кто хочет, пусть отделяется, – мы никого насильно удерживать не собираемся». Характерным новым моментом для выступлений суданских лидеров стала увязка деятельности южносуданской оппозиции с проблемой международного терроризма, которая в последнее время приобрела для суданцев особое значение. На съезде НКС отмечалось, что главный источник террористической угрозы – это противоречия, возникающие из-за геополитических устремлений отдельных западных и восточных государств в отношении районов, богатых сырьевыми ресурсами. При этом делегаты особо подчеркивали негативную роль попыток США и их союзников осуществлять свой диктат в отношении других стран. В этой связи делегаты расценили как провокационные попытки США и некоторых их союзников по НАТО обвинить Судан, осуществляющий социально-экономические преобразования с учетом традиционных религиозных ценностей, в поддержке терроризма.
Наметившаяся после октябрьского (1999 г.) съезда Национального конгресса Судана тенденция к консолидации значительной части политических сил в стране позволила Омару аль-Баширу выступить с очередной инициативой, направленной на нормализацию отношений с оппозицией. В конце ноября 1999 г. глава государства отдал распоряжение об освобождении всех политических заключенных и прекращении уже ведущихся судебных разбирательств в отношении противников режима. По данным агентства СУНА, на тот период в суданских тюрьмах содержалось восемь политзаключенных и 29 находилось под стражей в ожидании суда. Распоряжение президента страны предусматривало также возвращение конфискованной ранее у лидеров оппозиции собственности, размораживание их банковских счетов, отмену запрета на передвижения. Ранее суданское руководство отрицало наличие в стране политических заключенных. Между тем оппозиционные деятели неоднократно обвиняли власти в проведении политических репрессий и преследовании противников режима. По их утверждениям, с 1989 г., когда в результате переворота власть в Судане перешла в руки Омар аль-Башира, в стране были конфискованы сотни домов, компаний, принадлежащих оппозиционерам, и было арестовано несколько сот человек.
Предпринятые президентом шаги по урегулированию отношений с оппозицией не нашли полной поддержки у исламских фундаменталистов и их лидера Хасана ат-Тураби, имевших свою точку зрения на пути решения проблемы национального примирения. Согласно официальным заявлениям, эти разногласия не носили принципиального характера, а касались методов и тактики действий руководства в отношении оппозиции. На самом деле ситуация, которая стала складываться в политическом руководстве страны в конце 1999 г., оказалась гораздо труднее и драматичнее. Усилившееся после проведения учредительного съезда НКС, подтвердившего курс на демократизацию и многопартийность, давление на суданское руководство со стороны США и некоторых их союзников, обеспокоенных, в том числе, возможностью мирного урегулирования проблемы Юга страны, способствовало новому витку напряженности в правящих кругах Судана. Нараставшие в последние годы противоречия между президентом Судана Омаром аль-Баширом и духовным лидером страны Хасаном ат-Тураби в конце 1999 г. вылились в открытое противостояние.
Главной причиной обострения отношений стал разгоревшийся после съезда конфликт между двумя суданскими руководителями по вопросу дальнейшего развития политической системы страны. В течение 1999 г. Хасан ат-Тураби попытался уменьшить властные полномочия президента путем изменения некоторых статей конституции. В частности, возглавляемый им парламент проголосовал в первом чтении за учреждение нового поста премьер-министра, а также осуществление прямых выборов губернаторов штатов. Одновременно руководящие органы НКС, которые контролировались генсеком, стали осуществлять попытки подмены государственных органов исполнительной власти. В частности, ключевым министрам-членам НКС предписывалось регулярно отчитываться за проделанную работу на своем участке перед руководством партии. В суданское посольство в Каире партийными функционерами было направлено предписание об отзыве посла Судана в АРЕ. Кроме того, Омар аль-Башир отказался играть роль «почетного» председателя правящей партии, не имеющего реальной власти над исполнительными органами НКС. Создавшаяся конфликтная ситуация стала реально угрожать единству партии. Часть руководителей НКС, в частности, Али Осман Мухаммед Таха (заместитель Хасана ат-Тураби в его бытность руководителем НИФ), Гази Салах ад-Дин (министр культуры), Нафи Али Нафи (бывший начальник службы безопасности страны) со своими сторонниками выступили в поддержку президента страны. Для урегулирования конфликта между президентом и генсеком была создана специальная («третейская») комиссия, которую возглавил председатель Консультативного совета НКС Абдуррахим Али. Однако ее деятельность не привела к существенному улучшению ситуации. Кроме того, президент давно имел претензии к лидеру фундаменталистов в связи с распространением «исламского призыва» за рубежом. По мнению обозревателей, «все эти годы президент старался заставить Хасана ат-Тураби вести себя «потише» и, главное, снизить «международную активность», ставящую Судан в неловкое положение. Временами ему это удавалось, но «религиозный авторитет» постоянно бросал вызов власти президента, и вот терпение Омара аль-Башира лопнуло». Президент посчитал, что властные амбиции и пропагандистская деятельность спикера парламента зашли слишком далеко.
Назревший политический кризис президент Судана Омар аль-Башир разрешил 12 декабря 1999 г., объявив о введении чрезвычайного положения сроком на три месяца и роспуске парламента. Следует отметить, что роспуск парламента состоялся за несколько дней до окончания его очередной сессии и ухода на каникулы и за два дня до намеченного голосования в парламенте по поправкам к конституции, которые значительно урезали полномочия Омара аль-Башира как главы государства. Президент Судана также приостановил действие некоторых статей конституции, заявив, что дата проведения новых парламентских выборов будет объявлена позже. На следующий день на улицах суданских городов появились военные патрули, войска заняли ключевые объекты в Хартуме и блокировали парламент, не допустив прорывавшихся туда депутатов во главе со спикером.
В заявлениях, последовавших сразу после введения чрезвычайного положения, Омар аль-Башир утверждал, что действует в рамках конституции. В тот же день после встречи с руководством силовых ведомств президент сообщил, что армия и полиция поддерживают его в стремлении установить в стране «законность и порядок». «Корабль, на котором два капитана, идет ко дну», – заявил он представителям местных СМИ. Кроме того, Омар аль-Башир оправдывал свой шаг необходимостью сохранить единство страны перед лицом «внешней опасности и внутренних проблем». Со своей стороны Хасан ат-Тураби охарактеризовал случившееся как военный переворот. Он заявил, что президент «подрывает свободу и политическую систему Судана», и призвал своих сторонников к сопротивлению. Среди противников принятых президентом мер оказались часть руководства НКС, поддержавшая Хасана ат-Тураби и несколько министров. По сообщениям местной прессы, пятеро из них, в том числе глава суданского МИДа Мустафа Осман Исмаил, объявили о своем намерении подать в отставку. Со своими критическими в адрес президента комментариями произошедших событий выступил Ас-Садык аль-Махди, который в своем заявлении указал, что действия президента могут привести к новой гражданской войне.
Международная реакция на события в Судане оказалась сдержанной. Омар аль-Башир провел телефонные разговоры с ливийским лидером Муаммаром Каддафи и президентом Египта Хосни Мубараком. После этого египетский министр иностранных дел Амр Муса заявил о поддержке его страной президента и правительства Судана. Собравшиеся 14 декабря 1999 г. в Каире руководители Ливии и Египта обсудили в ходе экстренного совещания ситуацию, сложившуюся в Судане после введения чрезвычайного положения. В ходе встречи М. Каддафи и Х. Мубарак подчеркнули свою приверженность миру и стабильности в Судане, а также указали на необходимость продолжения усилий, направленных на достижение примирения между правительством в Хартуме и оппозиционными суданскими партиями. Спустя два дня делегация высокопоставленных суданских военных во главе с министром обороны Судана Абд ар-Рахман Сир аль-Хатимом прибыла в Каир для встречи с президентом Египта с целью разъяснения происходящих в Судане событий.
Закрепляя достигнутый успех, в начале 2000 г. Омар аль-Башир подписал ряд документов по кадровым вопросам. В частности, в соответствии со ст. 132 Конституции 1998 г. и Чрезвычайным декретом №1 от 1999 г. президент Омар аль-Башир 24 января 2000 г. издал Чрезвычайный декрет №2 от 2000 г. о назначении губернаторов 25 штатов Судана. Таким образом, он решил одну из главных проблем, послуживших основой конфликта между президентом и парламентом. В тот же день в соответствии со ст. 44 Конституции Судана президент подписал Указ №5 от 2000 г. о назначении советников Президента Республики Судан (Ахмеда Али аль-Имама – по вопросам оседлости, Абд аль-Басыт Сабдурата – по юридическим и политическим вопросам, бригадного генерала Тайиба Ибрагима Ахмеда Хейра – по вопросам безопасности, Нафи Али Нафи – по вопросам мирного урегулирования). Одновременно президентом был подписан Указ №6 от 2000 г. (в соответствии со ст. 43 Конституции) о назначении 25 федеральных министров, пятеро из которых – представители суданского генералитета (действующие генералы Бакри Хасан Салех – советник президента и глава администрации президента в ранге министра, Абд ар-Рахман Сир аль-Хатим – министр обороны, Абд ар-Рахим Мухаммед Хусейн – министр внутренних дел, отставные генералы Тиджани Адам Тахир – министр по делам туризма и природной среды, Алсун Манани Макая – министр по делам труда и занятости, Ибрагим Сулейман Хасан – министр авиации). Среди ключевых назначений можно также отметить: главой аппарата Кабинета министров в ранге министра стал Сейид Абдалла Хасан Ахмед, министром иностранных дел – Мустафа Осман Исмаил, министром юстиции – Али Мухаммед Осман Йас, министром финансов и национальной экономики – Мухаммед Хейр аз-Зубейр, министром по делам федерации – Ахмед Ибрагим Тахир, министром внешней торговли – Мекки Али Баляиль, министром национальной промышленности и инвестиций – Абдель Халим Исмаил аль-Мутаани.