В 1957 г. Бюро государственной бухгалтерской экспертизы при Министерстве финансов СССР ликвидировано, а его филиалы при министерствах финансов союзных республик преобразованы в самостоятельные бюро государственной бухгалтерской экспертизы, которые подчинены министерствам юстиции союзных республик. Такая организационная форма бухгалтерской экспертизы улучшила юридическое обоснование заключений экспертов-бухгалтеров, но лишила методического обеспечения, которое помогало бы применять электронно-вычислительные машины, методы экономического анализа, экономико-математические методы в экспертном исследовании.
В 1990 г. бюро государственной бухгалтерской экспертизы при Министерстве юстиции Российской Федерации переданы в состав институтов судебных экспертиз этого же министерства, где они реорганизованы в специализированные лаборатории экономических экспертиз Опыт показывает, что слияние всех экономических экспертиз в одном подразделении снижает качество бухгалтерских экспертиз, которые занимают самый большой удельный вес в рассматриваемых уголовных и гражданских делах, связанных с вопросами экономики.
Рассматривая развитие судебно-бухгалтерской экспертизы, можно сделать вывод, что она нашла наибольшее применение в правоохранительной деятельности, связанной с материальным ущербом. Необходимость в ее проведении возникает по значительному количеству хозяйственных операций, которые нашли отражение в бухгалтерском учете и стали объектами следственного и судебного (арбитражного) рассмотрении. Это операции, по которым возникли конфликтные ситуации, связанные с правонарушениями экономического характера в условиях рыночных отношений. К ним относятся, в частности, нарушения договорной дисциплины, поставка некачественной продукции и товаров, возмещение причиненного ущерба предприятиям, кооперативам и отдельными гражданам, хищения государственной и других видов собственности, нарушения технологии производства продукции, следствием чего является выпуск изделий, которые не отвечают государственным стандартам.
Содействуя укреплению государственной законности, а также активно влияя на вскрытие и устранение причин бесхозяйственности, возмещение причиненного ущерба, судебно-бухгалтерская экспертиза вместе с тем помогает усовершенствовать финансово-экономические отношения предприятий, фирм, ассоциаций, концернов и отдельных предпринимателей в условиях рынка.