В XVI веке при господстве в церковной архитектуре кубических форм зданий (купольно-крестовый тип) московскими зодчими были предложены и осуществлены другие композиционные решения. В 1532 году в загородном великокняжеском селе Коломенском на высоком берегу Москвы-реки была построена церковь Вознесения Христово. Считается, что храм был посвящен рождению у великого князя Василия III долгожданного наследника. Необычность храму придавала его шатровая форма, известная до того лишь в деревянной архитектуре северной Руси. Высокое шатровое завершение вытягивалось из столпа-восьмерика, который в свою очередь стоял на четырехугольном основании-четверике. Здание было окружено галереей на арках с лестницами. Среди множества достоинств храма и заслуг архитектора стоит и удачно выбранное место. Неслучайно, в Коломенском, облюбованном государями XVI века, часто и подолгу любили пребывать «в прохладе» (отдых) и царствующие особы XVII столетия.
С Иваном Грозном и событиями его царствования связанны еще две церкви удивительной и необычной формы не только для людей того времени, но для последующих поколений. Если церковь Вознесения в Коломенском связывали с рождением Ивана IV, то церковь Усекновения Главы Иоанна Предтечи в подмосковном селе Дьяково была посвящена его святому покровителю и приурочена к его венчанию на царство в январе 1547 г. Церковь Иоанна Предтечи представляло собой соединение пяти восьмигранных стопов-церквей, самый высокий из которых возвышался в центре, а более низкие располагались вокруг него. Луковичные купола на этот раз заменялись шлемовидными верхами. Все столпы церкви были объединены низкой крытой галереей.
Покровский собор, известный еще и как храм Василия Блаженного, был возведен в самом центре столицы, на Торгу (будущая Красная площадь). Строился он с 1555 по 1560 г. архитекторами Бармой и Постником Яковлевым. Не исключено, что это был один и тот же человек, у которого имя Постник сочеталось с прозвищем Барма. Собор был поставлен в честь праздника Покрова Богородицы. Именно в этот день, 1 октября 1552 года, русские войска взяли Казань. Покровский собор примечателен еще и тем, что воплотил в себе разом те архитектурно-композиционные черты, которые были присуще храмам Коломенского и Дьяково. На этот раз он объединял уже девять столпов, где центральный, самый высокий, был шатрового типа. Остальные, восемь, располагались по кругу. Их объединяла галерея на арках с лестницами. Цветовая гамма собора в XVI веке выглядела более скромно, чем в позднее, в XVII веке. При Иване Грозном она представляла собой сочетание красного (кирпич) и белого (белый камень) цветов.
Храм Василия Блаженного (имя известного тогда в Москве юродивого, погребенного около собора в конце XVI в., закрепилось позднее) положил начало широкому распространению в московском зодчестве шатрового типа. Тем не менее, создать что-нибудь подобное ни в XVI, ни в XVII веке никому не удавалось. С этим была связанна одна легенда. Согласно ей, Иван Грозный приказал ослепить мастеров (или мастера), дабы они уже не смогли повторить уже раз созданное. Говорили, что узнав о храме английская королева Елизавета лично просила русского царя прислать ей архитекторов. Иван Грозный не мог отказать королеве и отослал. Но где-то в пути они были ослеплены по царскому приказу. Как бы то ни было, но собор так и остался недосягаемым образцом на долгие годы.
XVI век отмечен и широкомасштабным строительством крепостных сооружений. В первой половине века каменные стены возводятся в ряде городов по южной и восточной окраине государства. Обустраиваются каменными стенами и крупнейшие русские монастыри: Троицкий, Иосифо-Волоколамский, Новодевичий. В самой Москве в 30-е годы Петрок Малый на месте земляных укреплений Великого посада строит кирпичные стены и башни. В 80-е-90-е годы разросшийся московский посад получил еще ряд укреплений Белый и Деревянный город. Последний охватывал уже все Замоскворечье. Белый город строил Федор Конь, сооружавший потом стены Смоленска.
В XV—XVI веках частым явлением в Москве становятся каменные жилые и казенные здания. Из камня и кирпича были построены Английский, Печатный, Денежный, Посольский дворы, здание московских приказов.
Московское каменное строительство конца XVI века связывают с именем Бориса Годунова. Писатель начала XVII в. князь И.А. Хворостинин писал, что Борис «церкви многие возгради и красоту градскую велением исполни». Попечением Бориса был воздвигнут храм в селе Хорошево, церковь Николы Явленного на Арбате. В 1593 г. был построен главный собор Донского монастыря. Дядя Бориса боярин Д.И.Годунов построил церковь Св. Никиты за Яузой и Борисоглебскую церковь в Кремле.
Накануне Смуты в конце XVI века Москва запестрела яркими красками, храмами с кокошниками, наполнилась белизной посадских одноглавых церквей. Но годуновская Москва на рубеже веков уже доживала свое последние десятилетие.
Особенность развития московской книжности второй половины XV—XVI вв. заключалась в том, что сохраняя преемственность в древнерусской традиции, она вбирала в себя опыт местных школ и, в свою очередь, оказывала на них свое влияние.
В конце XV века московский читатель получил полный сборник книг священного писания: Библию. Подобной книги ни в Москве, ни в других городах Руси на русском языке еще не знали. До этого времени читали книги Нового Завета – Евангелие и Апостол. Из книг Старого Завета была известна лишь Псалтырь. Остальные библейские книги содержались только в отрывках и предназначались для церковно-служебного пользования. Появлению Библии московский читатель был обязан новгородскому архиепископу Геннадию. Для ее составления, как стало известно, гонитель еретиков использовал латинские и немецкие книги. Их переводили и редактировали в Новгороде. Одним из переводчиков таких книг был впоследствии известный московский дьяк Дмитрий Герасимов.
С Новгородом было связанно происхождение еще одного книжного собрания, получившее название Четьи-Минеи. Составителем его был новгородский архиепископ Макарий, который, став митрополитом в 1542 г., перенес всю работу в Москву. Здесь Макарий воспользовался опытом уже и московских книжных мастеров. Четьи-Минеи (иногда Минеи-Четьи) предсталяли собой двенадцати томное (по числу месяцев) собрание, в которое были объединены все читаемые книги на Руси. Каждый том нужно было читать в определенный месяц. Главное место в томах принадлежало Житиям Святых, которые, войдя в собрание, из местных переходили в общерусские. Все сочинения-книги были подвергнуты единой редакционной и стилистической обработке. Это был своеобразный круг чтения, санкционированный церковью и властью, за рамки которого заходить уже не рекомендовалось. По характеру Четьи-Минеи походили на душеспасительное и нравственное назидание и утвержденный пантеон святых. Каждый том состоял из 500 листов с одинаковыми переплетами и каллиграфическим полууставным почерком.
Домакарьевские Четьи-Минеи представляли собой небольшие сборники, наполненные Житиями святых. При Макарии туда вошли уже Патерики (описание жизни отцов церкви), Евангелие, сочинения Иоанна Златоуста, Василия Великого, пришедшие из Византии, «Космография» (описание мира) византийского писателя Козьмы Индикоплова, воинские повести, Жития первых русских святых Бориса и Глеба, княгини Ольги, Владимира Святого. Вместе с этим в них отсутствовали такие «светские» жанры как Хождения, летописи, хронографы. Для составления таких книг митрополит Макарий привлек лучшие литературные силы страны: Ермолая Еразма, Василия Тучкова, Дмитрия Герасимова, серба Льва Филолога и других.
Со второй половины XV в. в книжном оформлении наблюдается одно важное новшество: на полях книг появляется иллюстрация. В отличие от миниатюры иллюстрация не являлась украшением, а непосредственно олицетворяла текст и комментировалась текстом. Одним из первых удачных опытов иллюстрирования книжного текста в Московской Руси является Угличская Псалтырь 1485 г. Образцом для нее, как и для многих других лицевых книг XVI века (и для XVII) послужила Киевская Псалтырь 1397 года.
Удачным соединением миниатюры-украшения и текстовой иллюстрации был созданный в 60—70-е гг. XVI в. Лицевой летописный свод. Работа над сводом началась в Москве, затем, как предполагают, она была перенесена в Александрову слободу, куда затребовал ее царь. Много позднее отдельные тетради и листы рукописи были переплетены в тома. Сейчас известны 10 томов Лицевого летописного свода, которые содержат 10 тысяч листов и 16 тысяч иллюстраций-миниатюр. Свод охватывает события истории от библейских времен до середины царствования Ивана Грозного. Каждому событию посвящалась одна или несколько миниатюр, под которой располагался комментирующий текст, написанный красивым полууставом. Работа над сводом началась еще в книжной мастерской Макария, но после его смерти перешла под контроль царя. Царский контроль выражался в редакторских исправлениях текста, в результате которых вымарывались целые страницы. Последнюю часть пришлось переделывать заново. Так возникла еще одна лицевая рукопись с теми же событиями, но уже в царской редакции. Но и она, в свою очередь, была помарана царем. Тем не менее именно царской щепетильности наука обязана появлению на свет двух наиболее интересных томов свода – Синодальному (хранился в библиотеки Синода) и Царственной книги (так назвал том историк М.М.Щербатов). В общей сложности оба тома охватывали события с 1535 по 1567 год, но в каждом из них они излагались по-разному.
Благодаря царским поправкам и исправлениям теперь можно представить как работали над сводом книжные мастера. Сперва, на чистом листе бумаги карандашом наносился контур будущей миниатюры, потом он обводился чернилами и лишь только потом раскрашивался. Далее лист передавался писцам, которые с черновиков переписывали текст под миниатюрой. Работа на Лицевым сводом не была полностью завершена. И во все объеме он не дошел до читателей. Миниатюры Царственной книги так и остались не раскрашенными. Какая-та часть листов и тетрадей бытовала в царской семье, где по «лицам» обучали царевичей грамоте в XVII в. Лишь только в XVIII столетии они достались ученым. Незавершенность работы над Лицевым сводом была не единственной причиной, по которой он не вошел в широко доступный круг чтения. Рукописная книга с иллюстрациями и миниатюрами, вообще, не могла иметь большого тиража.