Летом 1767 года Екатерина II жила в Коломенском несколько месяцев, работая над «Наказом» Уложенной комиссии. Пребывая в усадьбе, Екатерина отдала приказ разобрать старый Коломенский дворец, а строительный материал отдать на постройку Кремлевского дворца. На осмотр дворца в Коломенском был отправлен архитектор В.И. Баженов, который 19 сентября доложил, «что по точному его осмотру во оном Коломенском дворце много выберется такого лесу, какой не токмо в полы, но и в лучшую столяренную работу потреблен быть может и какой по доброте и сухости купить не можно будет, что, сохраняя как для дела, для строения весьма не без важного нужным очень почитает помянутый старый Коломенский дворец, не замешкав, разобрать, чтобы по великой ветхости не мог в скорости сам собой повалиться и лучшего для будущего дела леса переложить, о чём разсуждая, означенный нужный и полезный лес сохранить и ничего не утратить». В августе она опять приезжает в усадьбу с наследником Павлом и невесткой Натальей Алексеевной. На месте разбираемого дворца по её распоряжению были посажены кусты акации. Параллельно с разборкой старого дворца, строитель «от армии майор» князь Петр Васильевич Макулов (1730—1778) работал над возведением нового. Подписанные планы и фасады Екатерининского дворца не сохранились, поэтому до сих пор неизвестен его архитектор. Екатерина в письмах графу Петру Семеновичу Салтыкову высказывала пожелания о том, что дворец должен быть скромен и снаружи, и внутри. К июлю дворец был готов, и Екатерина переехала в него на жительство. Комплекс состоял из «дворца, театра, кавалерских покоев, кухонь и конюшенного двора». В марте 1778 года архитектору В. Казакову было приказано составить смету на постройку мыльни, которая была построена и соединена с дворцом галереей. 19 сентября 1781 года в Коломенском вспыхнул пожар, который имел большие последствия для дальнейшей планировки древнего села.«19 сентября, в воскресенье, в 10-м часу пополуночи, в доме крестьянина Ивана Ивановича Зарубина сделался пожар от зажженной у образа дочерью его свечи и от того погорело 62 двора со всеми пожитками, кроме лошадей и рогатого скота». Иван Зарубин был взят под караул, о судьбе его дочери ничего не известно, ибо душа женского пола стоила в это время 25 копеек «куничных» и не удостаивалась упоминания в документах.
А на прежнем месте быстро, из-за приближающихся холодов, было построено новое село по плану согласно указу 1722 года «с двумя посадами по дороге к дворцу с указанием проулков». Новое село просуществовало вплоть до своего исчезновения в конце 1970-х годов. Редкая красота древней усадьбы привлекала внимание людей творчества и крупных политических деятелей, в том числе иностранных. Так, в 1786—1787 годы Коломенское посетил и оставил свои воспоминания венесуэльский борец за освобождение Латинской Америки Франсиско де Миранда.
На 25-м году царствования Екатерина в июне 1787 года, три дня прожила в Коломенском и отсюда торжественно вступила в Москву, где отпраздновала юбилей в доме главнокомандующего. Дух старины, тепло древней усадьбы помогали отдыху великой императрицы. Здесь она отдыхала от северного «парадиза» — Санкт-Петербурга — в окружении близких ей людей. Рядом, в селе «Остров», находилось «семейное гнездо» братьев Орловых, которое она подарила А.Г. Орлову ещё в 1765 году. В Коломенском жил и любимый её внук цесаревич Александр — будущий император Александр Благословенный.
В 1883 году в усадьбе бурей был сломан кедр, под которым, по преданию, учился Петр I и под которым, по словам поэта, «Александр здесь в юности своей учению внимал — для щастья наших дней». Кедр, возраст которого достигал почти 600 лет, находился неподалеку от дубов и был обнесен небольшим валом и оградой. Впоследствии, по указу Александра III из сломанного кедра были сделаны подсвечник и аналой для церкви Вознесения, сохранившиеся до нашего времени.
К началу XIX века Екатерининский дворец обветшал, и главноприсутствующий экспедиции кремлевского строения граф Гурьев в 1808 году предложил его разобрать. Однако император Александр I (1801 — 1825) приказал «строение сохранить и насколько возможно сохранить его от дальнейшего разрушения». Смотритель КД. Брыкин сделал описание разрушений дворца, архитектор Кузьмин составил смету, но ремонту помешала Отечественная война 1812 года. Во время войны в Коломенском останавливались войска маршала Мюрата и основательно попортили и без того ветхий дворец. Большой интерес представляют воспоминания современников о пребывании французов в Коломенском. Ненависть к завоевателям заставляла крестьян убивать французов десятками и хоронить их в садах, окружающих усадьбу. Впоследствии трупы их были отысканы и похоронены в другом месте. Разрушению усадьбы также способствовало Владимирское ополчение, которое после войны долго стояло в Коломенском. В 1813 году управитель К.Д Брыкин сообщал,«что перед приходом неприятеля он спрятал все письменные документы и описи в кладовке, где хранились и прочие вещи, наличность казённая и денежная сумма, но ничего не нашел, ибо как наличность казённая, так и бумаги с деньгами, положенные в сундук за моей печатью, — всё похищено». Так погиб древний архив Коломенского. В 1814 году началась разборка полуразрушенного французами Екатерининского дворца. В это же время разбирают кормовой двор, пивоваренную палату у сытного двора, кухню и некоторые палаты Коломенского приказа. В 2001 году археологи во время раскопок Кормового двора обнаружили фрагмент скульптуры (торс) Минервы, украшавшей фасад Екатерининского дворца. Скульптура была обезображена французскими солдатами и зарыта в ямах фряжского погреба кормового двора. К 1825 году архитектор Е.Д. Тюрин создал проект нового дворца для императора Александра I. Здание проектировалось в стиле ампир, завершающего период классицизма, со сложившимися композиционными приёмами античной архитектуры. Дворец был небольшим и отлично смотрелся со стороны Москвы-реки. Е.Д. Тюрин спроектировал совершенно новый дворец, не связанный по своей архитектуре с Екатерининским, но использовал его фундамент и строительный материал.В конце 1990х гг.архитектор С.А.Гаврилов при наложении планов Макуловского(Екатерининского)дворца с Тюринским,обнаружил что новый дворец на 70% состоял из старого.
Рядом с дворцом поставили павильон, который, скорее всего, был предназначен для размещения усадебного театра. Позже в помещении располагался лазарет Московского кадетского корпуса. В это время посажены две липовые аллеи от Спасских ворот и до Вознесенской площади и от дворца в сторону села Коломенское, разбит «английский парк» и ближе к церкви Вознесения по «овальному газону» посажены пихты и ели, изменившие облик усадьбы.
19 ноября 1825 года умер император Александр I, который так и не увидел свой новый дворец, но уже после смерти волею судеб «побывал» в Коломенском. Умершего императора из Таганрога перевезли в первопрестольную на погребальной колеснице. По дороге траурный поезд остановился в Коломенском, гроб с большим трудом из-за огромного балдахина над ним занесли в Казанскую церковь, где он простоял сутки.Так император словно попрощался с усадьбой, где провёл юность и молодость.
В 1835 году Коломенское посетил новый император Николай I. Обойдя усадьбу император подошёл к месту на котором когда-то стоял древний дворец, а теперь находилась беседка, построенная архитектором Е.Д.Тюриным. Беседка представляла собой портик с четырьмя колоннами и рустованными стенами. Поднявшись по высокой лестнице, «государь был поражен открывшимся из неё восхитительным видом на Москву и её окрестные села и деревни». «Вот, — сказал он, — где я поставлю дворец, рождение в этом месте Петра Великого и бесподобный вид на древнюю столицу достаточно говорят, что здесь следует быть царскому жилью». Реконструкцию дворца XVII века и проект нового дворца было поручено выполнить архитектору А.И. Штакеншнейдеру.По неизвестной причине проект не был воплощён. И это к лучшему, поскольку строительство такого здания навсегда погубило бы древнюю усадьбу. Визиты Николая I были сопряжены не только с любованием красотами усадьбы предков, но и с инспекциями расположенного в Коломенском и его окрестностях Кадетского лагеря, состоящего из 1-го и 2-го Московских корпусов, а также Александровского Сиротского и Брестского кадетского корпусов. Строительство в Коломенском завершается в 1843 году постройкой каменной церкви Святого Георгия на месте деревянной, по проекту ЕД. Тюрина. К этому времени были утрачены половина Приказных палат, значительная часть Сытного двора, Кормовой и Хлебенный дворы, Дровяной двор и Караульни у Задних ворот. Кроме того, были утрачены здания и сооружения, не попавшие в описи Коломенского.Уже в наше время археологи обнаружили неизвестную ранее каменную палату между Сытным двором и Садовыми ворота' ми, а также фундамент какого-то сооружения под Уксусной палатой Сытного двора. Садовые ворота были полностью переложены. В 1878 году был разобран последний дворец Александровский.