После смерти царя Алексея Михайловича дворцовые постройки в Дьякое приходят в запустение. При Петре I строится новая столица, и как следствие этого, на московском рынке происходит резкое падние спроса на садовые культуры. Поэтому местные крестьяне переходят на преимущественное выращивание овощей — в основном огурцов и капусты. Они выращивались в огромном количестве и продавались на московских рынках. Сохранилась глубокая, вырытая в землю выложенная кирпичом цистерна для засаливания капусты во дворе крестьянина Ильи Квашнина. По свидетельству источников соленые капуста и огурцы из Дьякова поставлялись к царскому столу в Петербург. Свой огороднический профиль село сохраняло вплоть до середи ны XX в. Отсюда и шутливое прозвище местных жителей — «кочерыжники».
На крутом склоне Дьяковского холма расположен, замечательный памятник эпохи — церковь Усекновения Честныя Главы Иоанна Предтечи.
Столпообразная по своему объёмному плановому решению, она состоит из центрального столпа — восьмерика высотой 34,5 метра и четырёх маленьких восьмигранных столбиков-башен, высотой по 17 метров каждая, соединённых стенами и имеющих общий фундамент.К восточной стороне столпа примыкает полукруглая апсида. Контрастное сочетание величественной центральной башни и четырёх маленьких башенок придает церкви вид монументального крепостного сооружения, которое украшает и оживляет массивный центральный барабан с приплюснутым верхом, окружённый восемью полуцилиндрами. Возможно, полуцилиндры первоначально завершались самостоятельными главками. Формы существующего верха церкви сходны с формами храмов в Сербии и Болгарии. Как отмечают исследователи русской архитектуры, могло быть и шатровое завершение.
Особенно много мотивов крепостной архитектуры в интерьере храма. Миниатюрные, очень уютные помещения приделов; мощные навесные «бойницы-машикули» в центральном восьмерике, воспроизведённые переходом от верхнего барабана к стене; небольшие фронтончики — кокошники, как бы образующие подобие крепостных зубцов. Всё это завершается узорно выложенным в куполе орнаментом — солнце в виде зрительно вертящегося диска с саблевидными лучами.
Группировка пяти отдельных башен по диагоналям плана церкви в Дьяково предвосхищает архитектурную композицию и строительные приёмы при возведении Покровского собора (собора Василия Блаженного) на Красной площади. Ряд исследователей полагает, что авторами сооружения в Дьяково были строители Покровского собора Барма и Постник Яковлев.
Чрезвычайно сложным и нерешённым остаётся вопрос о времени создания храма. В литературе о Коломенском указаны четыре даты, одна из которых — 1529 год — предложена исследователем XIX века Ф.Ф. Рихтером. В своих публикациях эту дату он связывает с обетом великого князя Василия III о даровании наследника, а также упоминает о том, что царь Иван Грозный из всех церквей Коломенских особенно любил храм Иоанна Предтечи, построенный, по преданию, в честь его рождения.Позднее исследователь А.И. Некрасов, анализируя названия древних приделов церкви по писцовым книгам Офросимова (1670-е годы), приходит к выводу, что церковь Иоанна Предтечи построена в 1547 году как храм — памятник венчанию царя Иоанна Грозного на царство. Это предположение он обосновывает толкованием названия приделов храма.В исследованиях последних лет строительство храма связывается с обетным молением о ниспослании наследника, но уже не Василию III, а Ивану Грозному, и сооружение датируется между 1552 и 1554 годами поскольку храм является патрональным, т.е. построен во имя святого Иоанна— небесного патрона царя Ивана IV. Исследователь А.Л.Баталов на основе архитектурного анализа относит строительство храма к 1560 — 1570 годам . Первое упоминание и подробное описание церкви относится лишь к 1631—1633 гг.
Церковь Иоанна Предтечи в селе Дьяково была сразу же задумана как приходская, в отличие от царской домовой церкви Вознесения в соседнем Коломенском, рассчитанной на узкий круг приблеженных. Ее общая площадь составляет 400 кв. метров против 78,5 церкви Вознесения.. Вскоре после строительства храма созданы крытые галереи, а над западной папертью — звонница псковского типа в два звона. Высота центрального столпа составлявляет без креста 34,5 метра. Храм в привычном смысле расписан не был.Однако при ресставрационных работах 1960 г. на куполе была обнаружена роспись белилами по красному Фону под кирпич — круг диаметром 1,2 метра с отходящими от него спиралями. Такая композиция представляет собой солярный символ.
По гипотезе исследователя В.В. Кавельмахера, в каменный Дьяковский храм были перенесены престолы обетной церкви «Усекновения Главы Иоанна Предтечи» из московского Ваганькова, сгоревшей в пожар 1547 года, и деревянной церкви «Зачатия Иоанна Предтечи» с престолами зачатия Святых Анны, Константина и Елены, что стояла в Дьякове до постройки здесь каменного храма. Существование храма отчасти подтверждается и тем, что во время реставрационных работ 1959—1962 годов в кладке стен церкви были обнаружены белокаменные надгробия 1532—1534 годов, которые являются древнейшими из найденных на территории кладбища. Церковь Иоанна Предтечи в Дьякове — последний сохранившийся памятник архитектуры XVI столетия, построенный на территории великокняжеской усадьбы.
В первой половине XIX столетия была сломана стена северной паперти, и на этом месте выстроен тёплый придел. В алтарной части расширена арка и оконные проёмы. В конце XIX века храм был расписан аналогично собору Василия Блаженного на Красной площади. В 1910 году западную открытую паперть сооружённую в XIX веке, переделали в закрытую с окнами.
Из книги „Выходы Великихъ Государей" за 1844 год : "Выходы царя Алексъя Михайловича въ село Дьяково, въ день праздника 1661 г., августа въ 29 день слушалъ государь всеношнаго въ селъ Коломенскомъ, въ церкви Iоанна Предтечи. Объдни Государь слушалъ у праздника жъ, въ той же церкви.—1664 г. августа въ 29 день, слушалъ великiй государь всеношнаго въ сель Коломенскомъ, въ хоромахъ, въ комнатномъ платьъ. Того жъ дни слушалъ великiй государь объдни у праздника Iоанна Предтечи въ селъ Дьяковъ.—1665 и 1667 гг., августа въ 29 день великiй государь слушалъ всеношнаго и объдни у праздника въ селъ Дьяковъ.— 1671 г., августа въ 29 день слушалъ объдни въ той же церкви.— 1679 г., августа въ 29 день слушалъ великiй государь Федоръ Алексъевичъ всеношнаго бдъния и божественной литургiи въ церкви Iоанна Предтечи, въ селъ Дьяковъ.
В последнее десятилетие XVII в. дьяковской церковью пользовались как жители сел Дьякова и Коломенского, так и обитатели таких отдаленных деревень, как Черная Грязь (ныне Царицыно). При храме находилось кладбище, варварски снесенное во времена олимпиады . Многие из могильных надгробий являлись настоящими произведениями русского камнерезного искусства XVII-XIX вв.
С 1930 по 1962 год П.Д. Барановский и И.И. Новиков выполняли работы по возвращению памятнику первоначального облика. Позднейшие пристройки были разобраны и восстановлены первоначальная побелка и фрески в сводах куполов, впоследствии забеленные. Добиваясь выселения общины из Дьяковской церкви в целях проведения неотложных ремонтно-реставрационных работ по аварийному зданию, Барановский едва не был убит прихожанами церкви. События вокруг Дьяковской церкви обострились летом 1924 г., когда музейный отдел Главнауки распорядился изъять имущество, «не имеющее историко-художественного значения», из «церквей-памятников» Коломенского, поместив его в склады музея . Посланный в Дьяково сотрудник музея был избит местными крестьянами, а отобранные им в церкви предметы унесены и спрятаны. Присутствующий при этом помощник заведующего совхозом, пытавшийся урезонить крестьян, едва не поплатился жизнью. Разъяренная толпа направилась к зданиям музея и совхоза в с.Коломенском, заставив убежать охранявших сад студентов Университета имени Я.М.Свердлова. Толпа разошлась поздно ночью . Крестьяне угрожали расправой и рабочим, занятым реставрацией Дьяковской церкви и, видя, что те не бросают работы, заперли их снаружи . Верующие села Дьякова, слободы Садовой и деревень Чертаново и Беляево (Ленинской волости Московского уезда) обращались с заявлениями в Президиум Моссовета, указывая на неправые с их точки зрения действия Барановского. В этом наметившемся противостоянии Барановского и прихожан Дьяковской церкви Отдел музеев Главнауки всякий раз принимал сторону реставратора.
Можно предположить, что до храма Усекновения Честныя Главы Иоанна Предтечи здесь стояла другая церковь, построенная на древнем легендарном Велесовом Капище близ «Волосового», или «Голосового» оврага.
Замечательный природный ландшафт с древней церковью, садами и оврагами часто служил местом действия средневековых легенд. Одна из таких легенд связана с огромным, причудливой формы камнем, плитой кварцевого аптского песчаника — «Девий», или «Бабушкин» камень, лежащий на откосе правой стороны Голосового оврага.Внешне это — кусок плиты песчаника размером 2х1,5 метра с характерными выпуклостями овальной формы.По заключению геологов, выпуклости образовались еще в геологическую эпоху путем осаждения взвешенных частиц на валунах, Поверхность этого камня необычной формы в виде «женской груди» или «головок младенцев » до сих пор является предметом поклонения людей, наделяющих камень силой исцеления от бесплодия. Когда возникли легенды, остаётся неизвестным. Вероятно, что ещё во времена дьяковцев или ранних славян поклонялись этому камню. В воспоминании Адама Олеария о путешествии в Московию и через Московию в Персию и обратно в 1647 году подобный камень упоминается с очень интересным описанием: «Вечером пришли мы к селу Коломенскому, находящемуся на берегу стоячего озера (о наших ли местах идёт речь?). Недалеко отсюда нашли мы в кустах у дороги очень большой, широкий камень, лежавший точно надгробная плита. Его тиран Иван Васильевич хотел перевезти из Лифляндии в Москву. Когда, однако, возчики услыхали, что тиран умер, они тот час бросили камень и оставили его лежать. Такие камни, которые должны были доставлены из Ревеля в Москву, лежат и дальше, на расстоянии одного дня пути, у реки, через которую нужно переправляться». Легенда, бытовавшая у местных жителей, связывает «Девий камень» со святым Георгием, который на этом месте вел битву с врагами(по другой версии с тем самым змеем) и у него погибли жена и дети, якобы похороненные под этим камнем. С этим связывается и способность камня помогать женщинам в деторождении. Отсюда и его название.В том же овраге находится т.н. "Конь-камень",по легенде конь Георгия споткнулся об него.