Ремонтными работами 1620-х годов не удалось полностью исправить положение. Из-за неравномерной осадки фундаментов на протяжении всего XVII века западная стена собора находилась в аварийном состоянии. В 1683 году, после очередного большого пожара (к этому времени уже окончательно погибло в пламени белокаменное убранство барабанов, карнизы барабанов почти полностью осыпались) собор еще раз капитально ремонтируется. В нем заново "пробираются" стрелки сводов, а барабаны укрепляются связями "накрепко" и вычиниваются. Тогда же были сняты первоначальные архивольты - их заменили мелкопрофилированными кирпичными архивольтами, характерными для XVII века. Собор из противоаварийных соображений был связан в уровне пят сводов дополнительными связями.
Собор был свидетелем многих событий, особенно во время бурного начала XVII века. В 1605 г. восставшие москвичи, выступившие на стороне самозванца, разгромив дворы Годуновых, многих бояр, дворян и дьяков, ворвались в Успенский собор "со оружием и дреколием", как вспоминал впослед-ствии патриарх Иов, прервали богослужение и "извлекши его из алтаря,. по церкви и по площади таская позориша многими позоры". Лжедмитрий I, вступив в Москву, венчался в Успенском соборе на царство 21 июля 1605 г. патриархом Игнатием, сменившим Иова, отправленного в ссылку. В мае 1606 г. в Успенском соборе состоялось венчание самозванца с Мариной Мнишек. Маленькой ростом Марине сделали скамеечки, чтобы она могла прикладываться к образам. Поляки, приехавшие с ней в Москву и присутствовавшие на свадьбе, вели себя вызывающе. После избрания в 1606 г. на Красной площади Василия Шуйского его сторонниками царем он отправился в Успенский собор, где дал "крестоцеловальную запись" в том, что при нем не будет нарушений феодальноп законности, совершавшихся при Грозном и Годунове. "Крестоцеловальная запись" Шуйского, данная в торжественной обстановке Успенского собора, приобретала, по мнению Л. В. Черепнина, "характер обязательств, якобы взятых на себя верховным правителем перед народом". Другое шумное церковное выступление было организовано в Успенском соборе в связи с затянувшейся осадой Калуги, где укрылся после отступления от Москвы с остатками своего войска Болотников. Исход борьбы был еще неясен, и в Успенском соборе в присутствии царя, патриарха Гермогена, царского двора и московских жителей специально привезенный из Старицы бывший патриарх Иов освободил москвичей от прежних клятв, в том числе "царю Дмитрию", под лозунгом которого развивалось восстание.Пострадал собор и во время разорения Москвы польскими войсками и большим отрядом немецких наемников в 1611-1612 гг. Серебряные предметы из него пошли на изготовление денег для уплаты войску. К этому же времени относится и утрата золотой крышки раки митрополита Петра.
В XVII веке (а вероятно и ранее) дворы Успенских соборян были расположены в Кремле около Тайницких ворот. Земля, на которой были расположены дворы богородицких священнослужителей, принадлежала Успенскому собору, но сами строения, дворы, составляли частную собственность, принадлежали тем, кто там жил. Если какой-нибудь священнослужитель Успенского собора умирал, или почему-либо должен был выйти из состава его причта, то заместитель умершего или ушедшего приобретал его дом за ту цену, которую назначал протопоп с братией. С 1654 г. дворы Успенских соборян были "обелены" (освобождены от налогов), но в начале XVIII века Петр I, несмотря на свою жалованною грамоту, взимал с дворов "банные" деньги в размере 1 р. с каждой бани.
Сторожа и звонари Успенского собора жили вместе в Белом городе на Рождественской улице, в приходе у церкви Николая Чудотворца Божедомского, получившей прозвание "в Звонарях". В 1659 году там было 14 дворов, в 1703 г. - 16 дворов. Земля на которой стоял двор так же принадлежала собору, а двор должен был приобретаться преемником, устанавливалась ли цена принудительно или
История памятника. XVIII век
В начале XVII века была произведена реформа в сфере управления русской церковью. После смерти в конце 1700 г. патриарха Адриана никто не был назначен его преемником. Стефану Яворскому, митрополиту рязанскому и муромскому было поручено исполнять обязанности патриарха, с титулом местоблюстителя патриаршего престола. А в 1721 году вместо единого патриарха во главе русской церкви была поставлена коллегия духовных сановников.
С уничтожением патриаршества Успенский собор лишился важного источника его содержания; после этого у него остался только один источник материального обеспечения - государственная казна. Так продолжалось до 1764 года. Кроме того при патриархе протопоп с братиею стояли в стороне от всех производимых работ, им надо было только заявить куда следует о том, что надо произвести те или иные работы. В начале XVIII века наем рабочих и наблюдение над ними было предоставлено успенскому причту. Производство любых работ теперь было сопряжено с довольно большой бюрократической волокитой.
В 30-х годах для производства ремонта ключари должны были обращаться в Московскую синодального правления Канцелярию, эта последняя отправляла "ведения" в Московскую Сенатскую Контору. Получив "ведение" Сенатская Контора отправляла указ в Коллегию Экономии Синодального Правления. Кроме того прежде чем обратиться с ведением в Сенатскую контору синодальная канцелярия посылала в Синод доношение о необходимости произвести в Успенском соборе различные поправки, а в ответ на это доношение Синод посылал указ, которым предписывалось сделать те или иные работы. Но, например, в 1740 г. эти поправки не были произведены и в 1741 г. ключари подали в синодальную канцелярию новое доношение, и весь круг повторился.
После уничтожения патриаршества духовенство Успенского собора подчинилось на некоторое время местоблюстителю партиаршего престола. С 1711 года к участию в церковном управлении был привлечен Сенат. Такой порядок управления продолжался до 1721 года, когда был учрежден Синод. С этого времени священно- и церковнослужители Успенского собора стали в полную зависимость от св. Синода. От него исходили распоряжения о церковных службах и церемониях, совершавшихся в Успенском соборе они назначали и смещали причетников и священнослужителей этого собора.
Ближайшее заведование Успенским собором и его духовенством принадлежало московской Синодальной Конторе, начало которой, как самостоятельного учреждения было положено указом Петра I от 19 января 1722 г. Впрочем иногда св. Синод поручал ближайший надзор за Успенским духовенством некоторым архиереям: например, Крутицкому. 1 сентября 1742 г. была учреждена Московская епархия, а 18 марта 1743 года по Высочайшему указу Успенский собор был изъят из епархиального ведомства и подчинен непосредствено св. Синоду; при этом протопоп собора Никифор Иоаннов был назначен асессором в Московскую Синодальную Контору.
Обычно, когда открывалась какая-либо вакансия в Успенском соборе, московская Синодальная Контора (или канцелярия) и Духовная Династерия выбирали из среды московского духовенства достойного кандидата и свой выбор посылали на утверждение св. Синода. Иногда бывали назначения и по Высочайшему повелению. 24 мая 1721 г. Синод издал указ о том, чтобы "в Москве к соборным и знатным приходским церквам" рукополагать в священники и дьяконы учеников московских "Славено-Латинска диалекта школ". Но это правило не всегда соблюдалось.
От духовного лица, которое хотело сделаться протодьяконом Успенского собора, кроме того требовалось "громогласие". Для того чтобы избрать вполне достойного протодьякона, отличающегося "громогласием" иногда устраивали состязание между несколькими кандидатами в церкви двенадцати апостолов.
С 1764 года наступает новый период в способе содержания Успенского собора. В этом году были введены духовные штаты. Была произведена полная секуляризация духовных имуществ. У Успенского собора тоже были отобраны его владения и вотчины. Вместо отобранных вотчин священнослужителям было назначено жалованье. По статьям 1764 года жалованье было следующим. Протопопу полагалось 300 р., двум ключарям по 250 р., четырем священникам по 200 р., протодьякону - 200 р., четырем дьяконам по 100 р., двум псаломщикам и двум пономарям по 20 р. Осенью того же 1764 года Успенскому собору (равно как и Благовещенскому) была из особого монаршего благословения пожалована прибавка в 700 р., из которых 49 р 14 к. было выделено сторожам и звонарям, а остаток был поделен между членами пичта в той же пропорции, от 5 р. 70 коп. пономарям и псаломщикам, до 86 р. 50 коп. протопопу.
Кроме жалования священно- и церковнослужителям была назначена известная сумма и на содержание и самого собора. До 1764 года многие предметы и материалы (например свечи ладан, черковное вино и прочее) выдавались в Успенский собор натурой и богородицким соборянам не приходилось вести церковного хозяйства. С 1764 года положение изменилось и выдачи натурой прекратились. По штатам 1764 г. на различные "церковные потребы" Успенского собора было назначено 300 руб. ежегодно. Впоследствии эта сумма оказалась недостаточной и была удвоена.
Поскольку штатной суммы было недостаточно чтобы удовлетворять все потребности собора в Успенском соборе появляются новые источники дохода. Прежде всего вводится продажа свечей. Затем появляются "кружечные" деньги: так назывались деньги, которые высыпались из трех кружек, устроенных при раках свв. митрополитов Петра, Ионы и Филиппа. Так в 1798 г. из трех кружек было высыпано 24 р. 63 к., а в 1797 г. - 55 р. 98 к. С конца XVIII века ключарь Успенского собора ежегодно представлял отчет в Московскую Синодальную Контору о приходе и расходе кружечных денег.