Вимоги братства після смерті Борецького підтримав новий митрополит Ісайя Купинський, один із перших організаторів Братської школи.
Київська Колегія
Об’єднана школа розпочала свою роботу в 1632 р. Вона стала називатися колегією. Відомо, що колегіями в Західній Європі називали школи вищого типу.
Треба зазначити, що деякі дослідники, вивчаючи розвиток вищої освіти на України намагалися виділити і протиставити періоди «домогилянський» і «могилянський», вважаючи саме останній початком розвитку в вищої освіти. Нам це здається неправильним. Курс наук, що читалися в Братській школі і колегії, фактично, нічим не відрізнялися. Деякі викладачі Братської школи – І. Борецький, М. Смотрицький – мали вищу Європейську освіту. Злиття Братської і Лаврської шкіл – було новим кроком на шляху розвитку вищої освіти на Україні. Безперечно, велика заслуга в цьому належить Петру Могилі – високоосвіченій людині, визначному просвітителю і гуманісту. Всі свої знання, блискучі організаторські здібності і матеріальні кошти Петро Могила віддав колегії, яка на його честь стала найменуватися Києво-Могилянською і під цією назвою увійшла в історію. Культурна діяльність Петра Могили не обмежувалася підтримкою Київської Колегії. За його участю були відкриті колегії у Вінниці, Кременці, Рощі. Понад 20 років він стояв на чолі книговидавничої справи на Україні. Високий рівень творів Петра Могили написаних слов’янською, українською, польською і латинською мовами ставлять його в ряд з найвизначнішими письменниками першої половини XVII ст. Його твори поширилися не лише в Україні, а й у Росії, Польщі, Молдавії, Грузії тощо.
Петро Могила намагався пробудити і підтримувати в народі інтерес до свого історичного минулого. Цьому сприяло друкування історичних праць, а також археологічні розкопки і реставрація древніх храмів. Петром Могилою була «викопана з темряви підземної і відкрита денному світлу» Десятинна церква часів князя Володимира (Х ст.).
Сам Петро Могила найбільшим своїм здобутком вважав створення Колегії, про яку він турбувався до останніх днів свого життя. Помираючи, Петро Могила заповів Колегії все своє майно, кошти і цінності – бібліотеку, будинки, дворові місця на Подолі, половину худоби та інвентаря зі свого хутора Непологи, більше вісімдесят тисяч золотих, домашній срібний посуд, хрести і навіть тканини.
Незважаючи на всі перешкоди, Києво-Могилянська Колегія розвивалася як вищий навчальний заклад і невдовзі стала відомим у всій Європі центром освіти, науки і культури. Зберігаючи традиції українських братських шкіл, вона в той же час своєю структурою, обсягом і змістом навчальних програм, відповідала вимогам, що ставилися перед Європейською вищою школою.
Основним показником рівня навчальних закладів були науки, що в них вивчалися. Тут вивчалися слов’янська, грецька, латинська, польська і українські мови, політика, риторика, філософія, математика, астрономія, музика, богослов’я. Ці науки іменувалися вільними – («сім вільних наук»): поділялись на так звані trivium – граматика, риторика, діалектика, та quadlrivium – арифметика, геометрія, астрономія, музика. Наприклад, Кембріджському університетах в перший період його існування вивчались лише ці науки, при чому після опановування першого комплексу присвоювався ступінь бакалавра, а другого – магістра.
Організаційна структура Київської колегії також була подібна до Європейської. Звичайно вона мала деякі відмінності, що зумовлювалося освітніми традиціями та історичними умовами. Київська колегія наприклад, не поділялася на факультети, не присвоювала своїм випускникам учених ступенів, курс наук, що читався в ній, не був постійним у різні часи її існування.
Однак, український народ гаряче підтримував свою вищу школу, пов’язуючи з нею великі сподівання у боротьбі за незалежність.
Польський уряд не бажав, однак, надавати їй статусу академії, оскільки це означало надати їй право на самоврядування і дозволити читати богослов’я, дозволити готувати освічених борців проти католицизму і унії.
Лише наприкінці вісімдесятих років, коли Київ був остаточно приєднаний до Росії, Могилянська колегія розпочинає клопотання про надання їй права вищого навчального закладу. І 26 вересня 1701 року Петро Перший у своїй грамоті підтвердив це право.
Києво-Могилянська академія
Києво-Могилянська академія довгий час була єдиним вищим навчальним закладом Східної Європи, який задовільняв освітні, наукові, громадські потреби України, а також значною мірою Росії та Білорусії.
Як відомо, з 1615 до 1817 р. Києво-Могилянська академія була одним із найавторитетніших центрів європейської вищої школи. Лекції студентам з багатьох країн читали найвидатніші тогочасні професори. Випускники діставали фундаментальну підготовку в галузі гуманітарних, природничих, філософських та богословських наук, а також оволодівали кількома мовами. Серед вихованців академії були сотні визначних політичних, наукових культурних і церковних діячів України і всієї Східної Європи. Досить зазначити, що в академії дістали освіту гетьман Іван Виговський, Іван Мазепа, Пилип Орлик, Павло Полуботок, Юрій Хмельницький.
З Києво-Могилянської академії вийшли видатні письменники і учені: Григорій Сковорода, Григорій Кониський, Касіян Сакович, Феофан Прокопович та інші.
Київська академія мала чітку структуру поділу на окремі школи (класи) з певним обсягом предметів і певною системою управління.
Перший клас – фара (або аналогія) по суті був підготовчим, але приймали сюди учнів уже з певним обсягом знань. У наступних трьох граматичних класах вони опановували слов’янську, латинську мови, а також арифметику й геометрію, спів та катехізис.
Особлива увага приділялася вивченню латинської мови, знання якої вважалось ознакою освіченості. В Київській академії латинь вивчали за популярною в Європі граматикою Емануїла Альвера «Institutions Linguae Latinae», а з 1763 р – за піарською граматикою, надрукованою у Варшаві. Щоб заохотити учнів краще вивчати латинську мову застосовувались різноманітні методи. Наприклад, хто під час розмови з товаришами латинською мовою допускав три помилки, вручався калькулюс-футляр з листом паперу всередині, на якому записувалося його прізвище. Цей калькулюс учень намагався збути слабшому, бо якщо він залишався у нього до ранку, то на наступний день він страждав від сорому, а то і від покарань учителя. З початку XVIII ст. латинь поступово витісняється літературою українською мовою.
Для того, щоб перешкодити розвитку вітчизняної освіти на Україні, деякі представники латинської вченості, зокрема єзуїт П. Скарга «науково доводили, що за допомогою слов’янської мови ще ніколи ніхто ученим не став, що не має таких академій, де б науки викладалися слов’янською мовою, бо вона не має і не може мати ні правил ні граматик».
Після граматичних класів учні, а відтепер уже студенти, вивчали піїтику (1 рік), риторику(1 рік), філософію (2–3 роки), богослов’я (2–4 роки).
Піїтика розглядалася як мистецтво складати вірші і вважалася захоплюючим і корисним мистецтвом.
Після піїтики читався курс риторики, найпопулярнішого предмета в академії. У класі риторики студенти навчалися складати промову, як загального характеру, так і певного призначення.
Перший друкований підручник з риторики з’явися у 1659 році. Його автором був один з найосвіченіших людей в Україні XVII ст., вихованець Києво-Могилянської колегії – Галятовський.
З кінця XVII ст. характер поетики і риторики змінюється. Її автори все більше звертаються до тем вітчизняної історії. Дослідник Київських поетик Г.М Сивокінь наводить цікаве висловлювання невідомого автора поетики «Fons Castilius» («Касталійське джерело»): «Нехай твердять інші, що Касталійське джерело несе свої води біля підніжжя Парнаса, я ж краще і вірніше сказав би, що це джерело витікає з підніжжя святих гір найзнаменитішого міста і чуда світу Києва».
Згодом з’являється теорія «руського вірша» Ф. Прокоповича та інші вітчизняні підручники. Таким чином професори риторики і поетики Києво-Могилянської академії відіграли значну роль у формуванні і становленні вітчизняної літератури.
У XVII ст. – період оформлення світогляду Просвітництва – наука і філософія стають незалежними від релігії і богослов’я. Це встановлюється шляхом вилучення з наукового раціонального знання: все, що доводиться експериментами не може бути заперечене вірою. У курсах філософії Г. Кониського, М. Козачинського, Ф. Прокоповича можна знайти посилання на дослідження Евкліда, Архімеда, Коперника, Галілея, Декарта та ін. Натурфілософія відкидає такий метод мислення, згідно з яким істина вічна, раз і назавжди дана, чи то у святому Письмі чи спадщині Арістотеля.
Що стосується богослов’я то, незважаючи на офіційну заборону польського уряду, викладання богослов’я у Києво-Могилянській академії розпочалося ще на початку XVI ст. Поступово Київські вчені створюють свою богословську систему.
Спочатку богословський курс тривав чотири, а пізніше – три роки. Діячі Києво-Могилянської академії «прагнули дати філософське обгрунтування православ’я, розробити і використати його як богословське вчення, щоб мати змогу протиставити його католицизму».
Створюючи свою богословську систему, могилянці використовували досягнення в цій галузі таких західних філософів як Августин, Дунс Скотт, Фома Аквінський тощо.
Такими були основні, так звані ординарні класи Києво-Могилянської академії у XVII – на початку XVIII ст. Найбільшою популярністю користувалися класи піїтики і риторики.
Складовою частиною навчального процесу в академії були щосуботні повторення матеріалу за тиждень, виконання домашніх завдань і тричі на рік – екзамени.