7 мая 1991 г. в "Советской России" под заголовком "Архитектор у развалин" было опубликовано открытое письмо Г.А.Зюганова бывшему члену Политбюро, секретарю ЦК КПСС, тогдашнему старшему советнику Президента СССР А.Н.Яковлеву. Хотя оно было адресовано вполне конкретному лицу, многие усмотрели в нем "прямую атаку на Горбачева". Зюганов слышал выступления Яковлева, читал все его статьи, анализировал их, хорошо знал его лично и, как уже говорилось, был его подчиненным. "У меня сложилось ощущение, - вспоминает Геннадий Андреевич, - что Александр Николаевич не знает во всей необходимой полноте повседневной жизни страны. И в годы работы в ЦК КПСС он не часто жаловал производственные, трудовые коллективы своим вниманием. Предпочитал иметь дело лишь с теми, кто "отражал" интересы трудящихся...". В письме велся политико-идеологический спор о сущности перестройки. Зюганов клеймил ее "архитектора" за нигилистическое отношение ко всей предшествующей истории страны, разрыв связи времен, за абсолютизацию понятий "демократия" и "гласность", за внедренные в общественное сознание "с легкой руки" Яковлева "новые идеологические стереотипы" - "застой", "административно-командная система", "возвращение в мировую цивилизацию", отвечал на выпады Александра Николаевича в адрес руководства Компартии РСФСР, ставил вопрос о политической ответственности (при жизни) руководства страны. В письме он также обращал внимание на угрожающий рост "теневой" экономики, предупреждал об опасности вновь нарождающегося при демократии "союза охотнорядцев, люмпенизированной интеллигенции и уголовников".
Письмо вызвало бурную ответную волну критики в адрес Геннадия Андреевича. Первый комментарий дал советник Президента СССР В.Игнатенко. Он заявил, что Горбачев за занятостью письмо не читал, но если бы прочел, то оценил бы его так-то и так-то. "Я знаю, - с иронией заметил по этому поводу Зюганов, - Игнатенко довольно способный человек, но не предполагал, что он обладает и даром предвидения". Ожесточенной критике Зюганов подвергся не только со стороны демократической прессы. Даже газета "Правда" высказала негативное отношение к письму. Зюганов пошел ва-банк. По существу это было первое серьезное выступление против человека, которого давно уже соратники Геннадия Андреевича называли "серым кардиналом", но задевать не решались. Оппоненты обвиняли его в том, что "устами идеолога РКП ее руководители в открытую ревизуют решения XXVIII съезда КПСС, начисто отвергают перестройку и, выползая из окопов, помышляют о реванше, о своем термидоре". Автору даже пытались приписать "уязвленные амбиции типичного чиновника небольшого пошиба, которого когда-то и, видимо, справедливо недооценивал его бывший начальник".
Зюганов неоднократно публично выступал и против Горбачева, считая его "даже не социал-демократом, а типичным, классическим либеральным буржуа, с закваской, которая попахивает изменой невиданного масштаба". Геннадий Андреевич сожалеет о том, что "ЦК КПСС не хватило мужества освободить Горбачева даже тогда, когда уже были очевидны его полная неспособность руководить партией и государством, моральная нечистоплотность, нарушение клятвы, данной народу и государству".
В июне 1991 г. после выборов Президента РСФСР и триумфа Б.Н.Ельцина Зюганов, оценивая ситуацию, подчеркивал, что "перестройку оседлали крайне правые силы, стремящиеся не к реформированию, а к перелицовке общественного строя", и что страна находится на грани национальной катастрофы. Не снимает доли ответстенности Геннадий Андреевич и с себя: "Мне есть в чем каяться. Я прежде всего себя обвиняю в том, что, будучи на высоком политическом Олимпе, сне недостало времени и возможности до конца разоблачить эту мафиозную политическую структуру, которая по сути дела разрушила государство." 28 июля в газете "Советская Россия" публикуется подписанное Эдуардом Володиным (председатель Союза патриотических сил), Геннадием Зюгановым, генералом Борисом Громовым, Александром Прохановым (главный редактор газеты "День"), писателями Юрием Бондаревым и Валентином Распутиным, будущими "путчистами" Валентином Варенниковым, Александром Тизяковым и Василием Стародубцевым и другими "Слово к народу", вызвавшее такую же реакцию, как некогда - письмо Нины Андреевой. Страсти не улегались, а 6 августа 1991 г. состоялся пленум ЦК КП РСФСР, удовлетворивший просьбу И.К.Полозкова об освобождении его с поста первого секретаря ЦК. Тогда на пост "первого" от Политбюро выдвигалась кандидатура секретаря ЦК КПСС В.А.Купцова. В качестве претендентов назывались фамилии первого секретаря Московского горкома КПСС Ю.А.Прокофьева и секретаря ЦК КП РСФСР Г.А.Зюганова. Оба сняли свои кандидатуры. Свое решение Геннадий Андреевич мотивировал отсутствием опыта парламентской работы. Первым секретарем ЦК КП РСФСР был избран В.А.Купцов. Зюганов стал "вторым", правда, очень ненадолго.
События 19-21 августа 1991 г., застали Зюганова на отдыхе. Вспоминая через два года, Геннадий Андреевич пишет: "Изучая в силу профессиональных обязанностей техгологию введения ЧП, в том числе международный опыт, который обработан по странам и континентам. И знаю: чтобы совершить хоть маленький переворот, надо, во-первых, отключить как минимум телефон. И во-вторых, надо по крайней мере оставить людей, на которых можно опереться в критическую минуту. Нас же почти всех отпустили с 15 августа в отпуск. Я нходился на Северном Кавказе. Когда меня утром встретил знакомый министр и сказал, что в шесть утра радио передало сообщение о перевороте, я сразв спросил: "Где - в Колумбии?" Он сказал: "Нет, у нас". Когда стал перечислять, кто вошел в состав ГКЧП - Язов, Болдин, Пуго, я сказал: "Извини, пожалуйста, но они буз согласования с Гобачевым ни одного вопроса не решают..." Когда я выяснил, чего требуют члены ГКЧП... мои симпатии были на их стороне... Но весь вопрос: как это было сделано... В городе, по которому проехать нельзя, - танки. Ничего другого, кроме раздражения и озлобления, у населения это вызвать не могло. Я попросил набрать "Белый Дом". Все три связи работали. Любой сержант в самой банановой республике знает, что при перевороте надо отключить телефоны. И вот тогда меня ударила мысль: да это никакой не путч и не переворот. Это провокация." События были были расценены как "сокрушительное поражение партии и прежде всего политического курса, разочаровавшего трудовой народ, приведшего страну на грань катастрофы". По его мнению, к столь бесславному концу КПСС привели наряду с другими факторами, в том числе и внешними, "гипертрофированное ощущение зазнавшейся партии", а также монополия на власть, истину и собственность.
"В КПСС давно было две партии, - говорит Геннадий Андреевич, - партия манипуляторов и изменников и партия государственников и патриотов. В августе 1991 г. к власти пришла партия национальной измены". Если бы не запрет КПСС, считает Зюганов, на очередном съезде она неизбежно распалась бы на два крыла и в стране образовалось бы несколько крупных центров политических сил, способных на основе диалога вырабатывать конструктивную политику - "вот тут-то и возникла бы полноценная демократия". При этом КПСС была тем стержнем, вокруг которого "вращалась" общественно-хозяйственная жизнь, начиная от Совмина и Госплана, и кончая профсоюзами, комсомолом и кооперацией. Система была "весьма изношенной и требовавшей реконструкции и реформации", но "ее уничтожение разрушило всю государственную систему".
Августовские события перевели Зюганова в разряд "бывших". Но он не пытается "перекрашиваться" в демократа и не ищет "теплого места" в коммерческих и правящих структурах, а переходит в активную оппозицию. В декабре 1991 г. Геннадий Андреевич с ленинградцем Юрием Беловым обратились с открытым письмом ко всем коммунистам "Отечество превцше", провозгласив необходимость создания собза государственно-патриотических сил. 21 декабря он участвует в I съезде Российского общенародного союза (РОС), входит в его координационный совет (председателем был избран Сергей Бабурин), а 18 января 1992 г. он "реанимирует" Координационный совет народно-патриотических сил России - прообраз объединенной "левой и правой" оппозиции, а затем и Фронта национального спасения, становится одним из проводников в жизнь теории примирения "красных" и "белых". 24 января, на следующий день после столкновения демонстрантов с милицией в День Советской Армии и Военно-Морского Флота, названного оппозицией "побоищем", лидеры правых и левых дали первую совместную пресс-конференцию. В тот же день на заседании КС, собравшемся в редакции газеты "Советская Россия", по предложению известного публициста Эдуарда Володина (явно - не коммуниста) Зюганова избирают председателем Совета. "Независимая газета" писала в связи с этим, что в патриотических кругах бывший главный идеолог КП РСФСР уже давно считается не ортодоксальным коммунистом, а государственником, способным достигать компромиссов. Новый председатель заявил, что его политическая позиция не изменилась с тех пор, как в июле 1991 г. он подписал известное "Слово к народу".