В марте 1992 черногорцы приняли участие в референдуме о вхождении Черногории в новое «совместное государство» Югославию. Несмотря на бойкот со стороны боснийцев и албанцев, в нем приняло участие 66% всего электората; 96% проголосовало за принятие этого предложения. 27 апреля была принята конституция новой Союзной Республики Югославии, объединявшей Сербию и Черногорию. Данная конституция продекларировала в своей 4 статье равноправие обеих республик. В целом статьи, регулировавшие отношения республик, закрепляли это право, хотя всё же определённое преимушество получала более многочисленная Сербия. Командование Армии Югославии осушествлялось Высшим Советом Обороны, состоявшим из федерального президента и президентов обеих республик. Изменение статуса республик без их согласия не допускалось. Федеральный президент избирался Союзной Скупщиной, где большее представительтво имела Сербия. Однако федеральный премьер-министр, который, согласно конституции, обладал значительно большей властью «как правило, не мог представлять ту же республику, что и федеральный президент». Эта статья схожая с положениями конституции СФРЮ, была призвана закрепить статус более малочисленной республики. Фактически же эта статья могла действовать лишь при наличии договорённости правящих партий Сербии и Черногории. В отсутствие же такого соглашения, пост премьер-министра доставался маргинальным партиям. Так, например, сегодняшний премьер-министр СРЮ является представителем партии, которая набрала 1/70 голосов от общего числа избирателей на выборах в сентябре 2000 г.
Не менее зависимыми от воли правящих партий, учитывая, что формально, и Черногорская и Сербская республика являются суверенными государствами, являются и другие органы федерального государства, так как конституцией СРЮ не выработано чёткого механизма взаимодействия республик. То, что де факто одна из республик может получить независимость показало президентство Мило Джукановича в Черногории.
В качестве протеже Милошевича, 19 января 1991 г. Мило Джуканович стал премьер-министром Черногории как один из лидеров пробелградской Демократической Партии Социалистов Черногории (ДПСЧ). Но в феврале 1997 г. он выступил с поддержкой выступлений сербской оппозиции в Белграде, что привело к фактическому расколу в ДПСЧ и в дальнейшем уходу сторонников Булатовича из ДПСЧ в образованную в марте 1998 г. Социалистическую Народную Партию Черногории (СНПЧ). В интервью белградской газете «Време» он назвал режим Милошевича устаревшим и ущемляющим интересы Югославии в корыстных целях, более того югославская федерация была названа им «так называемой». На президентских выборах октября 1997 г. в Черногории Джуканович был выдвинут ДПСЧ кандидатом в президенты, противостоя Булатовичу и победил его с разницей около 2%.
Конфликт Джукановича с федеральными властями начался через несколько месяцев после его избрания и проходил в трёх сферах: политической, экономической и военной. В политической сфере конфликт начался в апреле 1998 г., когда был отправлен в отставку союзный премьер-министр, представитель ДПСЧ Радойе Контич. Именно в это время черногорский парламент внес поправки в избирательное законодательство, призванные закрепить позиции Джукановича и его сторонников в верхней палате федерального парламента, изменив норму закона о представительстве республики в Вече Республик согласно фракциям в черногорском парламенте (Согласно статье 81 Конституции СРЮ, "избрание и прекращение мандата депутатов Вече Республик Скупщины СРЮ регулируется законодательством республик".) Однако Конституционный суд СРЮ признал неконституционным пересмотр избирательного законодательства. В ответ правительство Черногории объявило о том, что оно более не признает законным федеральный парламент и сформированное этим парламентом новое союзное правительство во главе с его бывшим конкурентом Булатовичем. Черногорское правительство не отступало от этой позиции всё последующее правление С. Милошевича. В феврале 1999 г. черногорское правительство, объявило, что намерено оставаться нейтральным в случае вооружённого противостояния между НАТО и СРЮ. Это вызвало жёсткую реакцию командования югославской армии, обвинившей руководство Черногории в нарушении союзной конституции, согласно которой оборона находится в ведении федерального руководства, а не отдельных республик. Формально подчеркнуть своё стремление к автономизации черногорское руководство решило 5 августа 1999 г., обнародован проект «Платформу новых отношений между Республикой Черногорией и Республикой Сербией», предлагавший превратить СРЮ фактически в конфедерацию под названием «Государство Сербии и Черногории». Согласно этому предложению, полномочия республик должны были быть существенно расширены. Существующий двухпалатный парламент было предложено заменить однопалатным с равным представительством от обеих республик. План предусматривал также разделение ряда важнейших федеральных министерств (обороны, внутренних и иностранных дел) на республиканские ведомства с поочередным исполнением ими на протяжении двух лет соответствующих функций в интересах всего Союза. Предполагалось сохранить Высший Совет обороны в качестве верховного органа военного командования, однако в каждой республике должно было быть создано общее военное командование, а призывники из Черногории не должны были направляться на службу на территории Сербии. Об единой валюте в проекте также не упоминалось. В случае если правительство СРЮ не приняло бы это предложение, черногорское руководство угрожало провести референдум о независимости. Федеральный премьер-министр Булатович пригрозил, что в случае попытки отделения против Черногории будут применены части АЮ. Однако ни та, не другая угроза так и не будут выполнены. Поправки, внесённые в конституцию СРЮ 6 июля 2000 г. фактически вывели федеральные органы власти из под контроля черногорских властей. То что федеральный президент избирался всенародным голосованием, минимизировало роль черногорцев в этом процессе. Введение прямых выборов в Вече республик – верхнюю палату федерального парламента вместо делегирования их туда парламентами республик, что следовало из другой поправки к конституции, фактически сводило на нет эффект от бойкота Союзной Скупщины черногорскими властями. Даже в случае участия в выборах близких к Джукановичу партий, лояльная Милошевичу Социалистическая Народная Партия Черногории получила бы значительную долю голосов (около 30-40%), что вкупе с большинством правящей коалиции в Сербии позволило бы Милошевичу получить большинство в Вече Республик. До этого же Милошевичу приходилось буквально «выторговывать» каждый голос черногорских представителей. Так согласно утверждениям телевидения Черногории черногорский депутат Милан Гайович был доставлен на заседание Союзной Скупщины 6 июля 2000 г. на специальном самолёте С. Милошевича[25]. Сначала черногорское руководство собиралось не допустить проведения федеральных выборов сентября 2000 г., но позже согласилось не препятствовать голосованию, развернув при этом массированную кампанию против выборов под девизом «Я выбираю Черногорию».
В экономической сфере конфликт начался в сентябре 1998 года, когда власти Черногории прекратили перечислять поступления от уплаты таможенных сборов и пошлин в федеральную казну. В чем-то напоминая столкновение между союзным правительством бывшей СФРЮ и властями Словении, имевшее место в конце 80-х годов, противостояние привело к фактическому прекращению товарооборота между Сербией и Черногорией. Режим блокады на межреспубликанской границе осуществляла со стороны Сербии пограничная полиция. Помимо этого, федеральное правительство ввело систему двойного налогообложения товаров, ввозимых из Черногории в Сербию. В ответ черногорские власти перевели в свою компетенцию все вопросы торговли, одновременно снизив таможенные пошлины на продовольственный импорт в Черногорию. Еще один шаг к экономической независимости власти Черногории сделали 2 ноября 1999 года, узаконив хождение немецкой марки на территории республики в качестве платежного средства наряду с югославским динаром. Одновременно республиканское правительство образовало валютный совет, хотя в соответствии со статьей 114 Конституции СРЮ, все вопросы валютно-финансовой политики составляли компетенцию Государственного банка СРЮ. Немедленно после принятия соответствующего решения правительство Черногории начало выплачивать пенсии и заработную плату в марках. Джуканович оправдывал это решение продолжавшимся обесцениванием динара. Курс динара к немецкой марке устанавливавшийся черногорским валютным советом был выше чем курс Национального банка СРЮ, но немного ниже курса «чёрного рынка». Советник президента Черногории по финансовым вопросам Стив Хенке, уточнял, что в качестве легального средства оплаты в республике сначала будет введена немецкая марка, а потом и черногорская[26]. Однако собственную валюту власти Черногории так и не ввели и на немецкая марка оставалась официальным платёжным средством на территории Черногории вплоть до 1 января 2002 года, когда её в этой роли сменило евро.
В военной сфере развернулось противостояние между частями Армии Югославии, размещёнными в Черногории, насчитывавшими до 30 тыс. человек и хорошо вооружённой черногорской полицией, насчитывавшей до 20 тыс. человек. Наиболее острые формы это противостояние принимало во время бомбардировок НАТО, когда подразделения АЮ установили ряд блокпостов вблизи государственной границы СРЮ. 17 сентября 1999 года Вук Драшкович предал гласности тот факт, что в период его пребывания в качестве вице-премьера в составе федерального правительства последнее планировало государственный переворот в Черногории. Драшкович утверждал, что председатель федерального правительства Момир Булатович предложил издать указ, который, по сути, вводил на территории республики чрезвычайное положение. Драшкович также подчеркнул, что он и министры федерального правительства от СДО воспротивились плану и что, к "счастью, предложение не прошло"[27]. Правительство СРЮ незамедлительно опровергло эту информацию. Во время бомбардировок НАТО федеральное правительство предъявило обвинения, а затем и возбудило уголовные дела против высокопоставленных должностных лиц Черногории - включая вице-премьера Новака Килибарды, министра юстиции Драгана Соча и министра финансов Миодрага Иванишевича - за уклонение от призыва на военную службу. В 2000 г. части АЮ вновь установят блокпосты у государственной границы СРЮ.