8 октября 1966 года прошли митинги крымских татар в узбекских городах Андижане и Бекабаде. 18 октября они митинговали по случаю 45-летия образования Крымской АССР в Фергане, Кувасае, Ташкенте, Чирчике, Самарканде, Коканде, Янгикургане, Учкудуке. Многие митинги разогнаны. При этом только в Ангрене и Бекабаде были задержаны более 65 человек, 17 из них осуждены за участие в «массовых беспорядках». При разгонах митингов в этих двух городах милицией использовались брандспойты, дымовые шашки и дубинки.
В марте 1967 года в течение двух недель продолжались «Абхазские события», участники которых требовали узаконения абхазской топонимики по всей республике, предоставления привилегий представителям абхазской национальности в трудоустройстве и поступлении в высшие учебные заведения, изучения абхазского языка во всех неабхазских школах республики и даже выделения Абхазии из состава Грузии со статусом союзной республики в составе СССР. По ночам закрашивались грузинские надписи на вывесках, дорожных знаках и указателях. В сентябре 1967 года в Москву прибыла группа деятелей культуры из Абхазии с требованием изъять из обращения изданную в Тбилиси книгу, автор которой пытался доказать, что «абхазской национальности вообще не существует; абхазы — это грузины, принявшие когда-то мусульманство». В результате секретарь обкома и председатель правительства Абхазии были освобождены от должностей и на их место были рекомендованы абхазы. Грузинские названия и вывески на грузинском языке заменены абхазскими. В Тбилисском университете были открыты отделения абхазского языка и литературы.
22 мая 1967 года во время традиционного собрания и возложения цветов к памятнику Тараса Шевченко в Киеве были задержаны за участие в несанкционированном мероприятии несколько человек. Возмущенные люди обступили милицию и скандировали «Позор!». Позднее 200—300 участников собрания направились к зданию ЦК, чтобы выразить протест и добиться освобождения арестованных. Власти пытались остановить движение колонны водой из пожарных машин. Министр охраны общественного порядка республики был вынужден освободить задержанных.
2 сентября 1967 года милиция разогнала в Ташкенте многотысячную демонстрацию крымских татар, протестующих против разгона 27 августа двухтысячного собрания-встречи с представителями крымско-татарского народа, возвратившимися из Москвы после приема их 21 июня Ю. В. Андроповым, Н. А. Щелоковым, секретарем Президиума Верховного Совета СССР М. П. Георгадзе, генеральным прокурором Р. А. Руденко. При этом были задержаны 160 человек, 10 из них осуждены. 5 сентября 1967 года был издан указ Президиума ВС СССР, снимающий с крымских татар обвинение в предательстве. Им возвращались гражданские права. Татарская молодежь получала право учиться в вузах Москвы и Ленинграда, но татарские семьи не могли приезжать и селиться в Крыму.
«Крымские татары получили политическую реабилитацию без права возврата в Крым. Против их возвращения возражали партизаны Крыма, но главная причина состояла в том, что Крым к тому времени был “подарен” Н. С. Хрущевым Украине… Последнее обстоятельство более всего осложнило положение крымских татар. Не будь этого широкого жеста, они уже давно спокойно жили бы в Крыму», — писал в этой связи Ф. Д. Бобков в книге «КГБ и власть» (М., 1995). По его мнению, ничто не противоречило праву крымских татар вернуться на свою историческую родину. «Подобное желание все сильней и сильней подогревалось дискриминационным решением, которое было принято в отношении крымских татар, но не коснулось других переселенцев, получивших право на восстановление автономии». Этим объясняется и то, что «некоторые средства массовой информации утверждали, будто такой национальности вообще не существует. Пытались закрыть издание литературы на крымско-татарском языке и газету на этом языке, выходившую в Узбекистане, нет, мол, такого языка. И всем этим занимались серьезные люди, обязанные решить столь важный государственный вопрос. Мне помнится заседание по проблеме крымских татар у секретаря ЦК КПСС И. В. Капитонова… Участники совещания не скрывали симпатий к татарам, но не очень активно возражали представители Украины. Неожиданно мне в голову пришел аргумент в пользу признания крымских татар как этнической единицы, а подсказало мне его мое школьное увлечение филателией. Я вспомнил, что до войны вышла серия почтовых марок «Народы СССР» и среди них была марка «Татары Крыма». Вопрос о закрытии газеты на крымско-татарском языке был снят».
Ф. Д. Бобков пишет далее, что заниматься проблемой крымских татар ему пришлось в 1967 году, чуть ли не с первого дня работы в 5-м Управлении КГБ. В Москву тогда прибыло несколько сотен крымских татар с требованием к руководству страны и партии разрешить возвратиться в родные места. Управление предложило план постепенного возвращения татар путем организованного набора рабочей силы. Ю. В. Андропов, которому было поручено встретиться с представителями движения, решение это одобрил. Однако второй участник встречи, министр внутренних дел СССР Н. А. Щелоков, вел иную линию: ничего конкретного посланцам крымских татар не обещать. Под большим нажимом Украина все-таки согласилась принимать в год двести-триста татарских семей. Но вскоре начались звонки из Краснодарского края: через Керченский пролив на пароме татар вновь насильно вывозят из Крыма. Это делалось по решению руководства Украины. События получили свое дальнейшее развитие после того, как «лидеры экстремистского крыла… обратились за помощью к сотрудникам американского посольства. А те немедленно использовали этот повод и развернули шумную кампанию в зарубежной печати».
Длительного времени потребовало преодоление последствий столкновения между узбекской и русской молодежью, произошедшего во время и после футбольного матча между командами «Пахтакор» (Ташкент) и «Крылья Советов» (Куйбышев) 27 сентября 1969 года на ташкентском стадионе, вмещающем более 100 тысяч человек. Неприязнь местного населения к русским была вызвана отрицательными чертами (пьянство, хулиганство, воровство, проституция), якобы принесенных русскими, во множестве прибывшими в 20-х годах преимущественно из Поволжья, особенно из Самары. Презрительное прозвище «Самарские» с тех пор укоренилось среди узбеков и было перенесено на всех русских. Конфликт возник в середине матча, когда судья не засчитал забитый «Пахтакором» гол в ворота куйбышевской (самарской) команды. В 20 местах стадиона были подняты заранее заготовленные плакаты с надписями: «Самарские, убирайтесь домой!». Попытки вырвать плакаты из рук узбеков привели к дракам. Милиция не смогла справиться с беспорядками. Матч прекратился, и толпы зрителей устремились к выходам. Предвидя это, узбекская молодежь выстроилась вдоль выходов со стадиона, пропуская «сквозь строй» и избивая людей со славянской внешностью. Столкновения продолжались на улицах города. Несколько дней после этого инцидента русские опасались ездить в городском транспорте, разбушевавшаяся молодежь выбрасывала их из автобусов и троллейбусов. В результате более тысячи человек были арестованы. Вместо придания огласке этих случаев и принятия мер, чтобы не допустить в будущем подобных эксцессов, руководители республики пытались свести к минимуму информацию о масштабах происшедшего. Понимая всю неприглядность случая, особенно на фоне помощи Ташкенту РСФСР и других союзных республик после разрушительного землетрясения 1966 года, Ш. Р. Рашидов не хотел, чтобы инцидент расценивался как узбекский национализм, и сделал все, чтобы скрыть его от Москвы.
Период 60—80-х годов характеризуется значительным усилением сионистских настроений среди советских евреев, инспирируемых зарубежными сионистскими центрами. Следствием «пробуждения у молодежи еврейского сознания» был рост эмиграционных настроений. По переписи населения, проведенной в январе 1970 года, в СССР насчитывалось 2151 тысяча евреев. Но эта цифра не включала так называемых скрытых евреев, общее число которых по некоторым оценкам составляло до 10 млн человек. Сионизм и сопутствующий ему как протест против этой идеологии антисемитизм стали серьезной проблемой во многих городах СССР. В целях опровержения обвинений в том, что в СССР якобы проводится политика государственного антисемитизма, была выпущена официозная брошюра «Советские евреи: Мифы и действительность» (М.: АПН, 1972). В ней были представлены факты, показывающие надуманность подобных суждений. В частности, указывалась, что, по данным переписи 1970 года, в СССР евреи составляли менее 1 % от общего количества населения всей страны. В то же время из 844 лауреатов Ленинской премии было 96 (11,4 %) евреев, 564 (66,8 %) русских, 184 (21,8 %) представителя других национальностей. Высшее почетное звание Героя Социалистического Труда получили 55 человек еврейской национальности, дважды этого звания удостоены — 4 еврея, трижды — три представителя этой национальности. В 1941—1942 годах из прифронтовой полосы (западные районы страны, где евреи жили сравнительно компактным населением) было отправлено в глубокий тыл около 2 млн граждан еврейской национальности (13,3 % от 15 млн всех эвакуированных), что при политике государственного антисемитизма было бы вряд ли возможно. Подчеркивалось также, что «советский паспорт является важным средством национальной идентификации, указание в нем национальности — дань уважения к нации его владельца».
В 1972 году, когда в Грузии произошла смена на посту первого секретаря ЦК Компартии республики, открывалась возможность для пересмотра отношения руководства республики к национальной проблеме месхетинских турок. В. П. Мжаванадзе в бытность первым секретарем ЦК (1953—1972) считал невозможным их возвращение. «Во-первых, — говорил он, — земли месхетинцев уже заняты другими, а во-вторых, рядом граница, месхи же занимаются контрабандой, и поэтому пограничники возражают против их возвращения». Попытки одного из руководителей КГБ Ф. Д. Бобкова убедить, что это неверная информация, что такого же мнения придерживается и командующий погранвойсками генерал В. А. Матросов, не возымели никакого действия. Не принималось во внимание и то, что несколько сотен месхетинцев, перебравшихся в соседний Азербайджан, преспокойно живут в пограничных районах. Э. А. Шеварднадзе, когда стал первым секретарем ЦК, «также поддерживал лживую версию, будто против переселения месхетинцев в Грузию возражают пограничники». В результате в Грузию могли вернуться лишь немногие из тех месхетинцев, кто решился изменить свою национальность и стал по паспорту грузином.