Березень 2004 року – «Наша Україна» та Блок Юлії Тимошенко підписують угоду про співробітництво під час виборів.
Червень 2004 року – Ющенко офіційно заявив про свій намір прийняти участь у президентських виборах в якості кандидата. У липні Ющенко повідомляє про своє самовисування в кандидати на пост Президента України. На Печерському полі проходить мітинг у його підтримку. Олександр Зінченко очолює передвиборчу кампанію лідера опозиції.
У вересні 2004 року справдилася загроза життю, про яку неодноразово попереджав табір Ющенка. Прес-служба Ющенка заявила, що 9 вересня він був отруєний невідомою речовиною. Пізніше встановлено, що зовнішні прояви отруєння були недостатньо характерними для діоксинової інтоксикації. Ющенко проходить курс лікування в австрійській клініці Рудольфінерхаус. Хоча міцне здоров’я та медицина допомогли Ющенку вижити, його обличчя лишилося спотвореним. У спробі отруїти його Ющенко звинувачує владу.
Жовтень 2004-го року – продовжив президентську кампанію, не дивлячись на проблеми зі здоров’ям, після першого туру виборів 31-го жовтня Ющенко отримує найбільшу кількість голосів серед 24-х кандидатів у президенти і виходить до другого туру, де його опонентом стає ставленик Кучми – діючий прем’єр-міністр Віктор Янукович.
Листопад 200-го 4 року – Центрвиборчком після довготривалого підрахунку голосів оголошує результати другого туру виборів. Згідно цьому, переміг Віктор Янукович. Ющенко та його прибічники звинувачують опонентів у фальсифікації результатів виборів та звертаються до Верховного Суду. Починається «помаранчева революція».
«Помаранчева революція» стала піком кампанії Ющенко. 21 листопада 2004 року ввечері на Майдані Незалежності в столиці почався паралельний підрахунок голосів. Наступного дня був заявлений мітинг, і в Києві вже протестувало до півмільйона людей. В наступні тижні хвиля масових протестів та мирних демонстрацій охоплює всю Україну. Палатки з’являються навіть на майданах тих міст, які початково вважаються «краєм Януковича» - це східна Україна.
Грудень 2004-го року – Верховний Суд оголошує вердикт, в якому визнає результати другого туру виборів Президента України сфальсифікованими і призначає дату повторного голосування другого туру на 26 грудня. Верховна Рада змінює склад ЦВК.
26 грудня 2004 року – на повторному голосуванні виборів Президента, у підсумку трьохраундової президентської кампанії Ющенко отримав 51,99% голосів, його опонент – 44,19%. Різниця голосів склала 7,8%.
23 червня 2005 року Віктор Ющенко в свій 51 рік пройшов інаугурацію на посту Президента України (третього у новітній історії України після Леоніда Кравчука та Леоніда Кучми, який був головою держави двічі).
В 2005-му році прогнози багатьох експертів частково збуваються. Ющенко втрачає «дивіденди», отримані на Майдані. Він не може розділити владу з минулими помаранчевими соратниками та переживає ряд скандалів, пов’язаних із обвинуваченнями у кумівстві. Головною проблемою для Віктора Ющенка стає минулий політичний партнер – Юлія Тимошенко, яка прагне влади, стає прем’єром та швидкими темпами набирає рейтинги.
"Сьогодні багато з тих, що стояли на Майдані – у кроці від розчарування лідерами помаранчевої революції. Відчутних поліпшень і кардинальних змін поки не настало. Віктор Ющенко назвав своїм першочерговим завданням боротьбу з корупцією, виступив за розділення бізнесу й політики, за свободу слова й відкритість влади. В Україні дійсно стало дихатися легше, і корупція, здавалося б, перестала бути системною. Але глава держави начебто не помічає більш тонких її проявів. Уже перші місяці перебування у владі показали його манеру роздавати посади родичам й кумам. А недавній скандал навколо його сина, Андрія Ющенко (він їздить на розкішному автомобілі й користується телефоном Vertu, вартістю кілька тисяч доларів), продемонстрував, що президент не настільки вже послідовний і у відстоюванні свободи слова", - пише журнал «Кореспондент» у 2005-му році.
"Віктора Ющенка без перебільшення можна назвати найпопулярнішим президентом України за кордоном. «Марафонський забіг» Ющенка закордоном виявився досить довгим. Із січня по грудень 2005 року Президент зробив більше 30 поїздок у зарубіжні країни й провів поза домівкою 65 днів. Успішними можна було назвати два візити у Францію й один - у Великобританію. Скасування віз для громадян ЄС і США стала потужним стимулом для розвитку бізнесу й туризму. Під час переговорів з НАТО з'явилася реальна перспектива членства України в Альянсі. На саміті в Києві 1 грудня Україна нарешті одержала бажаний статус країни з ринковою економікою. Досить суттєво просунулися переговори й по вступу в СОТ. Зробили свою справу два візити Ющенко в США й успішний виступ у Конгресі.
Не залишав без уваги Ющенко й потенційних інвесторів - як удома, так і за кордоном. У Києві він кілька разів збирав форуми, на яких були присутні великі бізнесмени із усього світу. Саме після зустрічі з ним у Відні інвестори оголосили про плани будівництва в Києві величезного торгівельного центру, а представники одного з найбільших австрійських банків «Erste» виявили зацікавленість у купівлі Ощадбанку. Протягом 2005-го року Україна почала стверджуватися як регіональний лідер. Сприяла цьому й активна позиція по врегулюванню конфлікту в Придністров’ї. План по примиренню цієї невизнаної республіки з Молдовою, представлений Ющенко, був фактично схвалений усіма зацікавленими сторонами", - відзначає видання.
Осінь - зима 2005-го року - Ющенко відправляє у відставку уряд своєї помаранчевої соратниці Юлії Тимошенко. Починається затяжна політична криза в країні – час нескінченних, багатогодинних "круглих столів" між представниками конфліктуючих політсил, які не приносять результатів. Для того, щоб забезпечити затвердження кандидатури Юрія Єханурова на пост прем'єр-міністра, Ющенку доводиться укласти меморандум з лідером Партії регіонів Віктором Януковичем, який передбачає також і питання, пов'язані зі звільненням прихильників Януковича від карної відповідальності, а це, що майбутній Президент обіцяв Майдану - покарати фальсифікаторів.
Січень 2006 року - Новий рік починається з міжнародного скандалу – Росія обвинувачує Україну в несанкціонованому відбиранні російського газу із транзитних газопроводів. Досягнута нашвидкоруч угода по газу приводить до скандалу всередині країни. Давні супротивники й колишні союзники Ющенко, об'єднавшись у Верховній Раді, ухвалюють постанову про відставку уряду. Ющенко не поступається тиску й діючий Кабінет міністрів перетворюється в "тимчасовий уряд". Ющенко втрачає популярність.
2006 рік – на виборах до Верховної Ради президентська сила – «Наша Україна» отримує лише 13,95% голосів виборців, поступившись «Партії регіонів» (32,14%) і Блоку Юлії Тимошенко (22,29%).
В цьому ж році Віктор Ющенко втрачає лідерські позиції. "Віктор Ющенко більше не сидить на вершині владної піраміди. Але справа навіть не у втрачених повноваженнях, а в згасаючій підтримці народу. Ще два роки тому на президентських виборах за нього віддавали свої голоси більш половини українців. На минулих же парламентських - мандат у владу очолюваної їм партії готові були дати вже вчетверо менше людей. І якщо вчорашньому затятому суперникові Президента Віктору Януковичу вдалося залишитися лідером по ту строну барикад, то прапор змін і прозахідних перетворень із рук Ющенко вирвала Юлія Тимошенко. Ющенко став жертвою своїх же колег по партії, які численними скандалами дискредитували не тільки себе, але і його", - пише преса.
В Україні розвивається політична криза, що повністю паралізувала парламент, де партії переможці на виборах-2006 ніяк не можуть створити більшість і почати працювати. У середині квітня 2007 року доповідачі Парламентської Асамблеї Ради Європи відзначали недостатність політичної волі Президента Ющенка як одну із причин кризи в Україні.
Навесні свого 53-го року життя - Ющенко збирає політичну волю в кулак й оголошує в цьому ж 2007-році дострокові парламентські вибори. В ході довгих і непростих переговорів з колишнім супротивником на президентських виборах-2004 Віктором Януковичем Ющенкові вдається змусити опозицію визнати дострокові вибори, які призначаються на осінь 2007 року. Самі рішучі кроки Ющенко зробив по краю правового поля: він видав три укази про розпуск парламенту, звільнив декількох суддів Конституційного Суду, підпорядкував внутрішні війська – усе це люто оскаржувалося опонентами. Президент переніс великий тиск не тільки з боку очолюваної Януковичем коаліції, але й лідера БЮТ Юлії Тимошенко.
У вересні 2007 року на дострокових виборах президентська політична сила «Наша Україна», навіть в союзі з «Народною самообороною» міністра внутрішніх справ Юрія Луценка, набрала 14,15% голосів виборців. В результаті представництво НУНС в Раді склало 72 людини, що дало можливість сформувати з БЮТ більшість із запасом всього лише в два голоси. Та головну роль у цій більшості відіграють або прибічники БЮТ, або внутрішня опозиція голові держави – самооборонці.
В свої 54 роки одностайним рішенням Віктор Ющенко був обраний головою партії «Народний союз Наша Україна» (НСНУ) 29 листопада 2008 року. В 2008 році Віктор Ющенко продовжує втрачати позиції. «Віктор Ющенко стає дрібнуватим для влади, адже уся його сила містилася в підтримці народу, яку він майже повністю втратив. Тому критикувати Президента зараз вважається гарною манерою в колі його нещодавніх соратників», - пише преса.
"Зараз позиції Президента нестійкі, адже він делегував частину повноважень главі власного Секретаріату Віктору Балозі. Репутація цього генія сучасних інтриг і раніше не булла бездоганною, а в нескінченних зіткненнях із прем'єром Юлією Тимошенко він і зовсім набув славу безпринципового фаворита. У результаті Ющенко не тільки виглядає слабким, він по-справжньому є слабким: занадто багато чого сконцентровано на вихідці із Закарпаття, який аж ніяк не рівний у своїх бійцівських якостях головному опонентові - прем'єрові", - додає видання.