В апреле 1988 г. в Женеве были подписаны пять документов по вопросам политического урегулирования ситуации в Афганистане. А в августе этого же года президент Пакистана Зия уль-Хак вместе с группой высших военачальников погиб в авиакатастрофе. Эти события обусловили значительные перемены во внутриполитической жизни Пакистана. На выборах в ноябре 1988 г., завоевав относительно большинство, победу одержала Пакистанская народная партия, возглавляемая дочерью З.А. Бхутто – Беназир Бхутто.
Конец 80-х – начало 90-х годов характеризовались кардинальными изменениями структуры международных отношений и расстановки политических сил в мире, что оказало непосредственное влияние на формирование соответствующего новым реалиям внешнеполитического курса Пакистана. С окончанием «холодной войны» у ключевого союзника Исламабада – США появились новые возможности на мировой арене. Прекращение глобальной конфронтации означало исчезновение реальной военной угрозы Соединенным Штатам и превращение их в единственную военную сверхдержаву. США приобрели гораздо большую свободу стратегического маневра. Новая ситуация в мировой политике обусловила падение значимости Пакистана в стратегии Вашингтона, что вынудило Исламабад искать новые возможности укрепления своих внешнеполитических позиций, в частности, за счет расширения связей с мусульманским миром, включая и афганское направление.
Пришедшее к власти правительство ПНП придавало большое значение развитию отношений с Саудовской Аравии, о чем свидетельствует тот факт, что первую же свою заграничную поездку пакистанский премьер-министр Беназир Бхутто совершила в королевство в 1989 г. для совершения умры – малого паломничества к святым местам. Второй визит пакистанского руководителя в Саудовскую Аравию последовал уже в 1990 г.
Афганский вопрос стал одним из центральных в отношениях с Саудовской Аравией. Новое пакистанское правительство объявило о преемственности курса в отношении Афганистана. Взаимодействие двух стран заметно оживилось с середины 90-х годов, когда Исламабад и Эр-Рияд стали оказывать политическую поддержку и материальную помощь Движению талибов в Афганистане. Саудовская Аравия так же, как и Пакистан, признала правительство, сформированное Движением талибов в сентябре 1996 г. Ситуация в Афганистане была предметом обсуждения во время визита министра иностранных дел Пакистана Гохар Айюб-хана в Саудовскую Аравию в сентябре 1997 г.
Еще одной благоприятной возможностью продемонстрировать свою солидарность с исламским миром стал кризис в Персидском заливе в начале 90-х годов. Правительство Пакистана крайне отрицательно отнеслось к вторжению Ирака на территорию Кувейта и потребовало немедленно вывести иракские войска с кувейтской территории. Пакистанское правительство приняло решение о направлении 11-тысячного контингента в Саудовскую Аравию в период военных действий. Первый корпус пакистанских войск в 2000 человек прибыл в Королевство в августе 1990 г. В своем обращении к нации в январе 1991 г. пакистанский премьер-министр Мухаммад Наваз Шариф заявил, что Ирак ничем не помог своим исламским братьям в разрешении кашмирской проблемы и урегулирования конфликта в Афганистане, в то время как Саудовская Аравия и Кувейт всегда выступали за единство мусульманского братства. В октябре 1991 г. Саудовскую Аравию посетил президент Гулам Исхак-хан.
Пакистанское руководство не упускало возможности подчеркнуть принадлежность Пакистана к мусульманскому миру и продемонстрировать свою солидарность с «кашмирскими братьями». Так, в феврале 1994 г. премьер-министр Беназир Бхутто организовала общенациональную забастовку, чтобы оказать моральную поддержку воюющим мусульманским сепаратистам в индийском штате Джамму и Кашмир. В 1995 г. секретарь по вопросам информации ПНП заявил на одной из пресс-конференций, что Пакистан ни в коем случае не должен рассматриваться как светское государство, поскольку по конституции ислам является государственной религией Пакистана, а само государство – исламской республикой. Во многом благодаря активности пакистанского внешнеполитического ведомства, представители Кашмира были приглашены на сессии ОИК на уровне министров иностранных дел в Джакарте в 1996 г.
В 90-е годы Пакистан расширил свои внешнеполитические связи с мусульманским миром за счет включения в сферу своих интересов стран Средней Азии. В 1992 г. Афганистан и шесть независимых государств Центральной Азии и Закавказья (Узбекистан, Казахстан, Киргизстан, Таджикистан, Туркменистан, Азербайджан) вошли в состав Организации экономического сотрудничества (новое название бывшей Организации Регионального сотрудничества ради развития, членами которой являлись на тот момент Пакистан, Иран и Турция). В последнее десятилетие XX в. почти ежегодно собиралась сессия Совета министров ОЭС (на уровне министров иностранных дел). Одной из важнейших задач организации провозглашалась задача быстрейшего объединения автомобильных и железнодорожных путей государств Центральной Азии с транспортной сетью Турции, Ирана, стран Закавказья, Пакистана, Афганистана, Индии. Таким образом мусульманским мир стремился вывести новые независимые государства из орбиты влияния России.
В ноябре 1996 г. в Пакистане произошли значительные политические изменения. 5 ноября президент Пакистана Фарук Ахмад-хан Легхари отправил в отставку правительство Б. Бхутто и распустил Национальное собрание. На досрочных парламентских выборах почти две трети мест в парламенте завоевала Пакистанская мусульманская лига. Созданное по итогам выборов правительство Пакистана возглавил Наваз Шариф. В глазах значительной части исламистов страны Н. Шариф был продолжателем дела Зия уль-Хака. Еще при жизни Зия уль-Хака он назывался средствами массовой информации негласным преемником военного диктатора. Показателем приверженности Наваза Шарифа исламистским принципам свидетельствует и его заявление по случаю 9-ой годовщины со дня гибели Зия уль-Хака, в котором премьер-министр Пакистана заявил о своей решимости привести судебную систему в стране в соответствии с требованиями шариата.
Особое место во внешней политике Пакистана в 90-е годы занимает вопрос национальной ядерной программы и сотрудничество в данной сфере с рядом стран, включая мусульманские государства Востока. В данном контексте исламский фактор использовался Исламабадом в первую очередь в целях получения финансовой и сырьевой помощи у стран движения «исламской солидарности».
В апреле 1998 г. президент Пакистана Рафик Тарара заявил о необходимости реализации на практике концепции «единого исламского мира» для совместного использования ресурсов всех принадлежащих к нему государств в целях коллективной защиты их интересов. Как считает российский ученый А.А. Игнатенко, тем самым пакистанский лидер дал понять, что создаваемые в Пакистане ядерные и ракетные вооружения призваны прежде всего служить укреплению оборонного потенциала всех исламских стран. По некоторым данным, помощь ОАЭ, Саудовской Аравии, Кувейта и Ливии в финансировании ядерного проекта оценивается в 5 млрд. долл.
11 и 13 мая 1998 г. Индия произвела серию из пяти ядерных взрывов, после которых провозгласила себя государством, обладающим ядерным оружием. Испытания вызвали резкий резонанс в мире и создали угрозу гонки ядерных вооружений и роста напряженности в южноазиатском регионе. Пакистанский премьер-министр оказался перед сложным выбором: с одной стороны, у Исламабада возникла реальная возможность восстановить высокий уровень пакистано-американского сотрудничества (американская администрация, пытаясь убедить Пакистан не проводить ответные ядерные испытания, обещала восстановить экономическую и военную помощь в полном объеме, приостановленную после введения в действие поправки Пресслера); с другой стороны, руководство Пакистана испытывало на себе огромное давление со стороны пакистанской общественности, требующей восстановить силовой баланс на Индийском субконтиненте и ответить на индийский вызов. 28 и 31 мая 1998 г. Пакистан произвел серию ядерных испытаний, официально заявив таким образом об обладании ядерными взрывными устройствами.
Поддержка действий Пакистана со стороны движения «исламской солидарности» не заставила себя ждать. С целью компенсировать финансовые потери, которые понес Пакистан в результате введения против него санкций США и другими западными странами, в июне 1998 г. лидеры Саудовской Аравии и ОАЭ заверили премьер-министра Наваза Шарифа в том, что окажут Пакистану финансовую помощь в размере 3 млрд. долл.
Примечательно, что в ходе своего визита в Пакистан в 1999 г. министр обороны Саудовской Аравии был ознакомлен с комплексом предприятий по производству ядерного оружия в Кахуте. Визит связывался прессой с планами приобретения Саудовской Аравией атомного оружия. Как считает цитировавшийся исследователь Н.В. Жданов, целью посещения секретного объекта было ознакомление с результатами инвестиций Эр-Рияда в ядерную программу Исламабада после того, как Пакистан вслед за Индией произвел ядерные испытания. Вместе с тем, следует отметить, что на декларативном уровне пакистанскими официальными лицами неоднократно повторялось, что Пакистан против того, чтобы его ядерную программу трактовали в контексте «исламской бомбы». Исламабад хотя и не подписывал ДНЯО, но взял на себя обязательства, касающиеся нераспространения как ядерного оружия, так и технологии. В противном случае, и это Пакистан понимает, ни о каком конструктивном диалоге с США не могло быть и речи.