В то же время, после окончания первой чеченской кампании в так называемом чеченском джамаате арабов (добровольцев из арабских стран) возник диспут между представителем старого поколения ветеранов Афганистана и первым лидером чеченских арабов шейхом Хабибом Али Фатхи (который прибыл в Чечню не из Афганистана, а из Иордании, предварительно побывав в Боснии) и частью чеченского военного истеблишмента, настроенного на дальнейший джихад до победы на всем Кавказе. Шейх Фатхи, ветеран войны в Афганистане, был представителем старой школы афганских арабов, ориентированных на умеренные взгляды А.Аззама. Он довольно сдержано воспринял нарастание второй волны исламизации чеченской проблемы со стороны различных внешних сил, ориентированных на те или иные салафитские центры в мусульманском мире. Неожиданная смерть Фатхи в 1997 г. (так же, как неожиданно погиб в Афганистане А.Аззам в 1989 г) способствовала усилению экспансионистской линии в политике интернационального сообщества чеченских муджахедов и фактическому переходу власти в руки молодых «ястребов» салафитской ориентации, прежде всего шейху Омару бен Исмаилу ас-Саифу аль-Касими (уроженцу г. Бурейда, ученику аль-Усаймина). Первой акцией новых командиров стало нападение Хаттаба на воинскую часть в Буйнакске.
Между тем, к концу 90-х годов религиозная ситуация на Северном Кавказе стала более адекватно восприниматься в различных центрах «Братства», главным образом благодаря информации дагестанских паломников в период малого и большого хаджа. Свою роль сыграли довольно большая колония дагестанцев и чеченцев в Египте, целенаправленный интерес «Братьев» и контакты с некоторыми фракциями бывшего ИПВ. Кроме того, масштабы конфликта между салафитами и традиционными элитами стали шире освещаться в российских и зарубежных СМИ, в исследованиях различных аналитических центров. При этом еще с 1993 г. в Каире при финансовом содействии «Комитета мусульман Азии» издательский центр «Аз-Захра» стал разрабатывать научные проекты по изучению культурной и политической жизни мусульман в России и в бывших советских республиках. В том же году начался выпуск серии научно-публицистического журнала «Шамс аль-ислям» посвященный истории, культуре и современному положению мусульман бывшего Советского Союза. Интересно отметить, что номера в большей степени содержали социологические, исторические и политологические исследования высокого научного уровня. С 1994 г. в Великобритании центр «Братьев-мусульман» в Маркфилде стал издавать регулярный бюллетень «Мусульмане в Средней Азии», содержащий аналогичные материалы информационно-новостного типа.
Во второй половине 90-х годов лидер местных салафитов Б.Кебедов был в курсе неоднозначной позиции некоторых известных в мусульманском мире деятелей движения (в частности, М.Кутба) по отношению к формам активности дагестанских «джамаатов». Такая позиция осуждала курс на непримиримый конфликт с местными духовными элитами и ошибочным увлечением теориями такфира и бид’а. В 1995–1996 гг. издательством «Аз-Захра» на русском языке была издана книга Мухаммада Кутба «Нет божества, кроме Аллаха». Данная работа посвящалась проблемам современного ислама, в которой автор решительно выступал против радикального толкования принципа такфира. С полным основанием можно сказать, что русский вариант книги М.Кутба был целенаправленно ориентирован на аргументированную критику идеологии и практики дагестанских салафитов.
По мнению сотрудника махачкалинского филиала МИОС (отдел просвещения) гражданина Египта и выпускника Дар аль-Улюма, Багаутдин неправомерно игнорировал местные реалии и специфику, он отрицал исторические заслуги суфизма в исламизации Дагестана. Лидер салафитов делает ставку на краткосрочные и быстрые задачи по исламизации Дагестана, провоцирующие внутриисламский конфликт и гражданскую войну. Кроме того, дагестанские мусульмане не готовы к принятию независимого исламского государства, и развал России прежде всего нанесет удар по интересам дагестанцев.
С началом боевых действий в Чечне в исламском мире проявился большой интерес к событиям именно в этой северокавказской республике. Например, об этом говорят различные публикации в региональной прессе в период начала боевых действий за декабрь 1994 – май 1995 г. под символичными названиями: «Ислам на Кавказе в эпоху Тимура» А.Муса аш-Шашани (Аш-Шарк аль-аусат 07.12.94 – саудовская газета, издающаяся в Лондоне); «Ожидаемая катастрофа Ельцина в Чечне» И.Джейдар (Аш-Шарк аль-аусат 10.01.95); «Кавказ – кладезь народов и языков» А.аль-Ваххаб Вали (Аш-Шарк аль-аусат 18.01.95); «Кто такие чеченцы» А.Муса аш-Шашани (Аш-Шарк аль-аусат 24.01.95); «Двойные стандарты в невмешательстве в чеченский кризис» Б.А.Увейди (Аш-Шарк аль-аусат 24.01.95); «Война в Чечне и легальные СМИ» М.аль-Лийди (Аш-Шарк аль-аусат 23.02.95).
Далее следуют «Чечня: повторится ли история вновь?» А.Салих (Аль-Ахрам 09.01.95 – египетский официоз); «В противостоянии партии войны» А.Халиль (Аль-Ахрам 17.01.95); «Чечня и египтяне на Кавказе» М.Харб (Аль-Ахрам 19.01.95); «Почему Чечня защищается» М.Харб (Аль-Ахрам 22.02.95); «Геноцид в Чечне и Боснии, и закон международного права» М.Хабир (Аль-Ахрам 25.02.95).
Можно сослаться на Д.Ришвана «Внутренняя гражданская война после открытого вмешательства России» – Аль-Ахрар 01.12.94 (полуофициальная египетская газета); Д.Ришван «Российская компания в Чеченской республике: результаты и возможные последствия» – Аль-Ахрар 23.12.94; Д.Ришван «Провал штурма Грозного дает законную легализацию режиму Дудаева» – Аль-Ахрар 06.01.95.
Далее следуют И.Николаев «Российские СМИ изображают чеченцев преступниками» – Аль-Хаят 23.12.94 (арабская газета выходящая в Лондоне); Р.Даргам. «Ельцин в чеченской ловушке» – Аль-Хаят 06. 01. 95; Валид Шапсуги «Чечня … крестовый поход продолжается !!» – Аль-Муслимун 17.01.95 (популярная еженедельная общественно-религиозная саудовская газета); Д.Хусейн «Холодная война возвращается через чеченские двери» – Аль-Муслимун 23.12.94; А.Хасан «Исламские организации России осуждают несправедливую военную акцию» – Аль-Муслимун 06.01.95; А.Муса аш-Шашани «Чечня через историю» – Аль-Харас аль-ватаний, февраль 1995 (саудовский журнал); «Чечня и великое столкновение» – Аль-Ваий аль-исламий, февраль 1995 (ежемесячный журнал по религиозной тематике издающийся в Кувейте); А.Муса аш-Шашани «Русские и сербы. Между Грозным и Бихачем, две стороны одного деяния» – Аль-Мухандисин № 468, февраль 1995 (ежемесячный египетский журнал профсоюза инженеров); М. Изет ат-Тахтауи «Чеченское мусульманское государство» – Аль-Азхар (официальный ежемесячный журнал Аль-Азхара) май, 1995 г.; М. Дусуки Касба «Чечня между испытанием и обязанностью мусульман» – приложение к апрельскому номеру журнала Аль-Азхар, апрель,1995.
Как видно, ситуация в Чечне вызывала довольно противоречивые оценки. В отличие от Боснии, которая являлась суверенным и признанным государством, Чечня, как известно, оставалась субъектом России, кроме того, балканский конфликт, в отличие от чеченского, носил ярко выраженный этно-конфесиональный характер.
После начала боевых действий в Чечне официальные египетские СМИ, в том числе и религиозные, осуждали военные методы Москвы. Некоторые из них заняли ярко выраженную антироссийскую позицию, иные старались балансировать между крайними оценками.
В книге Мустафы Десуки Касба, вышедшей в приложении к официальному изданию Аль-Азхара под названием «Чечня между испытанием и обязанностью мусульман», автор анализирует историю чеченского вопроса и современные причины кризиса. Касба полагает, что свои права на независимое государство чеченцы обосновывают историей и свободными выборами в местный парламент (в 1992 г.). Однако Москва в отношениях с Дудаевым решила опереться на грубую силу, хотя с мусульманскими республиками Поволжья – Татарстаном и Башкирией – удалось урегулировать споры мирными соглашениями. Чеченцы – это мусульманский народ, который несколько веков ведет кровопролитную борьбу за свою свободу под знаменем ислама, и сегодня вновь подвергся очередной агрессии. Вместе с этим, Касба все же склоняется к тому, чтобы представить чеченскую проблему как следствие внутрироссийских причин. Среди таковых следующее: военная акция в Чечне отражает опасения Москвы перед угрозой развала всей федерации; кампания есть результат провала экономических и политических реформ и попытка переключить население на искусственно раздутый конфликт; демонстрация своей силы Евросоюзу и НАТО на фоне расширения североатлантического альянса за счет стран Восточной Европы и СНГ; амбиции военной верхушки, рассчитывающей на исторический реванш СССР («советской империи»). Касба указывает на опасность усиления антиисламского крена как во внутренней, так и во внешней политике России, на которую рассчитывают крайне правые националисты, сионистские круги, западный альянс во главе с США, заинтересованный в том, чтобы превратить Россию в буферное антиисламское государство. При этом автор уточняет, что в Москве существуют и здравые силы, выступающие за строительство новой России на основе союза двух цивилизаций – мусульманской и европейской.