Ініціювання проведення всеукраїнського референдуму не є абстрактним явищем. Про це свідчить досвід збирання підписів на вимогу проведення референдуму у 1999–2000 рр. За досить короткий час Центральна виборча комісія зареєструвала 3 947 955 підписів громадян України, що мають право голосу, на вимогу проведення всеукраїнського референдуму.
Право збирання підписів під вимогою про проведення всеукраїнського референдуму належить ініціативним групам із всеукраїнського референдуму. Такі групи утворюються на зборах громадян України, в яких бере участь не менше як 200 осіб, що мають право голосу. Не менше як за 10 днів до проведення зборів ініціатори мають письмово повідомити про час, місце і мету зборів голову районної ради, міського голову, або відповідно районної в місті ради. Голова міської ради, в свою чергу, направляє на збори свого представника для здійснення контролю за дотриманням вимог законодавства про референдум.
Збирання підписів здійснюється лише після отримання свідоцтва про реєстрацію ініціативної групи і виключно членами цієї групи на підписних листах, форму яких встановлює ЦВК. Підписний лист містить реєстраційний номер ініціативної групи, дату реєстрації, порядковий номер підписного листа, зазначення адміністративно-територіальної одиниці, де проводиться збір підписів, точне формулювання питання, що пропонується винести неа всеукраїнський референдум.
Після завершення збирання підписів ініціативна група в триденний термін складає підсумковий протокол. Підписні листи за актом передаються на зберігання у встановленому законі порядку до Центральної виборчої комісії. Підрахунок підписів громадян та вибіркова їх перевірка покладається саме на Центральну виборчу комісію.
Голова ЦВК протягом визначеного законом терміну передає рішення ЦВК про підсумки збору голосів під вимогою проведення всеукраїнського референдуму та відповідно складений протокол Президенту України після чого Президент призначає референдум за народною ініціативою.
Суб'єктами ініціювання референдуму також є Верховна Рада України і Президент України, а суб'єктом призначення цього референдуму – виключно глава держави.
Важливою частиною підготовчої стадії проведення всеукраїнського референдуму є інформування населення про проведення всеукраїнського референдуму, зміст якого полягає в доведенні уповноваженими органами через засоби масової інформації відомостей про хід організації та підготовки всеукраїнського референдуму.
Закон України «Про всеукраїнський референдум» 2001 р. Передбачає, що рішення органів державної влади, органів місцевого самоврядування які стосуються референдуму, доводяться до відома громадян через ЗМІ.
Наступним етапом підготовчої стадії всеукраїнського референдуму є агітація, що передбачає безперешкодні звернення суб'єктів агітації до громадян України з метою оголошення чи не оголошення всеукраїнського референдуму з визначеного питання.
Відповідно до Закону про референдум правом агітації «за» чи «проти» призначення всеукраїнського референдуму наділені громадяни, політичні партії, громадські організації, масові рухи та трудові колективи. Але це положення застаріле. Можна взяти до уваги пропозицію російських правознавців Ю.А. Дмитрієва і В.В. Комарової, виходячи із сучасних реалій, вважати суб'єктами агітації на референдумі не всі корпорації громадян, а лише політичні громадські об'єднання.
Важливою проблемою процедури всеукраїнського референдуму є питання фінансування агітаційної кампанії. Закон про референдуми зазначає, що підготовка референдуму здійснюється за рахунок Державного бюджету, але це фінансування не покриває всіх витрат, пов'язаних з агітацією уповноважених суб'єктів. Тому Центральна виборча комісія спільно з Державним казначейством прийняли Порядок фінансового забезпечення всеукраїнського референдуму від 29 лютого 2000 р.
Фінансування референдарної агітації має носити комплексний характер і проводитись як з державних коштів, так і з коштів суб'єктів агітації.
Призначення чи проголошення всеукраїнського референдуму передбачає видання відповідного нормативно-правового акта, який визначає дату проведення всеукраїнського референдуму та питання, що виносяться на всенародне голосування. Цей акт має бути опублікований в офіційних засобах масової інформації в десятиденний термін з моменту прийняття рішення про призначення чи проголошення всеукраїнського референдуму.
З моменту прийняття рішення про проведення всеукраїнського референдуму починається етап його організації, що в процесуально-правовому аспекті визначається діями уповноважених на те осіб, які полягають у використанні їхніх процесуальних прав і обов’язків для забезпечення проведення референдуму. Першим кроком у цьому напрямку є проголошення ЦВК кампанії з проведення всеукраїнського референдуму не пізніше ніж через 5 днів після призначення (проголошення) референдуму. На Центральну виборчу комісію покладається організація, підготовка і проведення всеукраїнського референдуму.18
Для проведення голосування і підрахунку голосів утворюються територіальні округи та виборчі дільниці. Ці комісії утворюються за рішенням Верховної Ради АРК, обласних, Київської та Севастопольської міських рад не пізніше ніж за 55 днів до дня проведення всеукраїнського референдуму, у складі голови, його заступників, секретаря і членів комісії за поданням голів цих рад чи міських рад.
При складанні кошторису враховуються видатки Центральної виборчої комісії; територіальних виборчих комісій та дільничних комісій, витрати на за робітню плату членам комісій, друкування бюлетенів та документації, забезпечення транспорту, зв'язку тощо.
На основній стадії проведення всеукраїнського референдуму винятково важливу роль відіграє агітація уповноважених осіб «за» або «проти» прийняття закону чи іншого рішення, що є предметом референдуму.
Агітація щодо всеукраїнського референдуму може здійснюватися у будь-яких формах і будь-якими засобами, що не суперечать Конституції України та законам України. Законодавство не містить детальної регламентації процедури агітації, лише забороняючи її в день голосування, що тягне за собою адміністративну відповідальність.
Закон України «Про всеукраїнський референдум» 2001 р. містить більш детальні приписи щодо референтної агітації. Це заборона брати участь у агітації органам державної влади, органам влади Автономної Республіки Крим, органам місцевого самоврядування, а також їх посадовим особам; командному складові військових частин, військових установ і організацій; благодійним і релігійним організаціям; особам що входять до складу комісій з всеукраїнського референдуму; іноземним фізичним та юридичним особам, особам без громадянства. Забороняється також агітація, що супроводжується наданням учасникам всеукраїнського референдуму безкоштовно або на пільгових умовах будь-яких товарів, цінних паперів, лотерейних білетів, грошей, послуг тощо.
Важливим етапом цієї стадії референтного процесу є складання списків громадян, що мають право голосу на референдумі. Ці списки складаються виконавчими органами сільських, селищних, районних, міських рад по кожній дільниці з всеукраїнського референдуму. Не пізніше ніж за 15 днів до дня голосування дільнична комісія з референдуму уточнює список виборців, який підписує голова і секретар комісії, і оприлюднює для ознайомлення виборців дільниці.
Найважливішим етапом проведення всеукраїнського референдуму є голосування, що в процесуальному відношенні закріплює трансформацію людської волі в закон або інший нормативний акт імперативного характеру.
Голосування на всеукраїнському референдумі здійснюється бюлетенями для голосування, форму і текст яких затверджує Центральна виборча комісія відповідно до питання, винесеного на всенародне голосування. Бюлетені є документами суворої звітності і підлягають обліку.
Голосування громадян України на всеукраїнському референдумі проводиться з 7 до 20 години на дільницях, про місце розташування і час роботи яких громадяни сповіщаються не пізніше ніж за 10 днів до початку голосування. Відповідальність за організацію голосування, забезпечення таємності волевиявлення громадян, обладнання приміщень і підтримання в них потрібного порядку покладають на дільничні комісії з всеукраїнського референдуму.
Голосування на референдумі здійснюється громадянами України особисто і безпосередньо в момент заповнення бюлетеня шляхом викреслювання в ньому одного із двох слів: «так» або «ні». Контроль за волевиявленням громадян на референдумі виключається.
Наступним етапом всеукраїнського референдуму є встановлення його результатів. Тепер перед Центральною виборчою комісією постають два важливих питання: встановити, чи відбувся референдум і яким є його рішення.
Якщо встановлені Законом вимоги щодо порядку голосування на референдумі виконані, то індивідуальна воля виборців стає державною і має, в свою чергу, визначені юридичні наслідки.
Всеукраїнський референдум вважається таким, що відбувся, якщо в ньому взяли участь не менше половина громадян, внесених у списки для голосування.