Тем временем, наиболее острой внутриполитической проблемой Судана продолжала оставаться проблема Юга. Провал попыток военного подавления южносуданского движения, ухудшение материального положения народных масс резко обострили обстановку в стране в конце 1988 г. - начале 1989 г., привели к поляризации политических сил. Под давлением армейского командования в марте 1989 г. было сформировано новое правительство С. аль-Махди, в котором наряду с Аль-Уммой и ЮДП были представлены СКП и профсоюзы. НИФ от участия в этом правительстве отказался.
Обстановка в стране продолжала оставаться крайне напряженной. Коалиционное правительство, раздираемое внутренними противоречиями, оказалось не в состоянии вывести страну из экономического кризиса, принять меры для улучшения положения народа. Последствия такого состояния не заставили себя ждать.30 июня 1989 г. в Судане произошел военный переворот, было приостановлено действие временной конституции 1985 г., распущены парламент и правительство, запрещены политические партии и профсоюзы.
Очередной военный переворот получил официальное название "революции национального спасения". Место многопартийного кабинета С. аль-Махди занял Совет командования революции национального спасения (СКРНС) во главе с генералом Омаром аль-Баширом. На СКРНС было возложено осуществление высшей законодательной и исполнительной власти. Однако на деле "революция национального спасения" привела к власти упоминавшийся выше НИФ, формально распущенный в 1989 г. НИФ стал фактически заправлять всеми делами в государстве, определяя его внутри - и внешнеполитические приоритеты. НИФ добился, в частности, восстановления действия в Судане шариата. Милиция НИФ составляет 80 тыс. человек, т.е. достигает почти половины численности суданской национальной армии (180 тыс. человек). Служба безопасности НИФ контролирует армию и полицию, внедрена в гражданские структуры. Это вызывает нарастающее недовольство военной верхушки - основной опоры современного режима.
Правительство Судана под давлением НИФ предоставляет убежище исламским группировкам из разных стран. На территории Судана расположены лагеря по подготовке боевиков, готовых действовать во имя Ислама. Лидером НИФ является известный суданский политический деятель Хасан ат-Тураби, который в 80-е годы возглавлял суданских "Братьев-мусульман".
В феврале 1994 г. суданская оппозиция обратилась к ООН с требованием немедленно ввести жесткие международные санкции против военного режима в Хартуме. В специальном заявлении пяти основных оппозиционных партий Судана говорилось, в частности, что официальные суданские власти "поощряют и поддерживают террористические организации в регионе и открыто вмешиваются во внутренние дела соседних арабских государств". Оппозиция также обвинила режим О. аль-Башира в нагнетании напряженности на юге страны и "провоцировании нового витка гражданской войны в южносуданских провинциях", что привело к значительному увеличению числа суданских беженцев, десятки тысяч которых были вынуждены покинуть свои дома и спасаться бегством в других африканских странах.
В августе-сентябре 1991 г. в Александрии (Египет) состоялся чрезвычайный съезд ЮДП. В нем приняли участие делегаты как от эмиграции, так и от подпольных ячеек партии внутри Судана. Съезд констатировал, что политика террора, проводимая нынешним суданским режимом, привела к гибели тысяч людей, голоду и разрухе, появлению огромного числа беженцев. ЮДП призвала все силы суданской оппозиции к сотрудничеству для выработки формулы будущего политического устройства Судана. Основой социального мира без расовой или классовой дискриминации должны стать, по мнению ЮДП, принципы либеральной демократии и прав человека.
Выводы съезда ЮДП подтверждаются свидетельствами международных организаций. В мае 1993 г. по данным, опубликованным во Всемирном руководстве по гражданским правам, из 104 стран, обследованных на предмет соблюдения гражданских прав, хуже чем в Судане положение было лишь в Бирме и Ираке. В этом документе отмечается, что в Судане нет независимых газет, свободы слова, нет современного цивилизованного законодательства, нет наказаний виновных в политических убийствах, пытках, содержании под арестом без суда. Не разрешены какие-либо политические партии и организации, профсоюзы распущены, призывы к забастовке наказываются смертной казнью.
В октябре 1993 г. СКРНС самораспустился и назначил своего лидера Омара аль-Башира президентом страны. Накануне своего самороспуска СКРНС выпустил так называемый конституционный декрет, в котором определил основные принципы политической системы Судана, основу которой в условиях запрета политических партий должны были составить так называемые народные конгрессы, наподобие действующих в соседней Ливии.
Декретом было определено, что срок действия президентского мандата генерала Башира начинается со дня принятия им присяги. Однако, перед кем он должен принимать эту присягу, в декрете не говорилось. Можно лишь полагать, что перед имитирующим парламент Национальным собранием переходного периода, члены которого были назначены режимом в 1991 г. К президенту перешли все полномочия СКРНС и премьер-министра, за исключением права принятия конституционных декретов, объявления войны и чрезвычайного положения. Эти функции были возложены на Национальное собрание переходного периода.
В декрете был подтвержден статус ислама как государственной религии, но в качестве нововведения признавалось право существования и других религий, выбор которых зависит от "свободной воли индивидуумов". Появление в "конституционном декрете" упоминания о свободе вероисповедания своей главной целью имело, как представляется, создание более привлекательного образа суданского режима в условиях его международной изоляции, в которой он оказался, попав в августе 1993 г. в подготовленный в США черный список стран, поддерживающих терроризм.
В марте 1996 г. в Судане состоялись комбинированные президентские и парламентские выборы. Помимо того, что военный режим решил, наконец, придать себе черты легитимности, выборы преследовали и другую цель - показать незыблемость исламских устоев в Судане. Учитывая бойкот выборов оппозицией, действующий запрет на деятельность политических партий и неучастие в выборах 11 южных штатов, из 10 млн. человек, имеющих право голоса, в выборах приняли участие только 5,5 млн.
Из 400 мест в Национальном совете (парламенте) подавляющее большинство досталось сторонникам Хасана ат-Тураби - лидера НИФ, а сам он занял пост председателя Национального совета. При этом на деле в Национальный совет выбиралось чуть более половины депутатов, поскольку 125 депутатов вошли в состав парламента по решению действовавшего с 1992 г. переходного законодательного органа, а 47 были избраны автоматически на безальтернативной основе.
На пост президента баллотировалось 40 кандидатов, но победа действующего президента О. аль-Башира сомнений ни у кого не вызывала, что действительно и произошло. Он набрал 75,7% всех поданных голосов и формально вступил в должность на новый пятилетний срок.
Оппозиция тем временем, осознав, что по одиночке ни одна из ее партий не сможет выжить, объединилась в Национальный демократический союз (НДС), штаб-квартира которого базируется в Эритрее. В 1997 г. НДС объединял все основные организации, оппозиционные хартумскому режиму. Его политический лидер - Мухаммед Осман аль-Миргани - один из старейших политических деятелей Судана, лидер ЮДП. Руководство военными операциями осуществляет Джон Гаранг, командующий НОАС. Дипломатическое представительство НДС выполняет глава партии Аль-Умма Садык аль-Махди, который считает, что оппозиция полностью исключает какой-либо диалог с режимом Башира-Тураби. По его мнению, три фактора - боевые действия отрядов оппозиции, народное восстание внутри страны и переход армии на сторону оппозиции - обеспечат падение нынешнего режима.
На территории Южного Судана функционирует большое число партий и военно-политических группировок, формируемых преимущественно на этнической и племенной основе. На освобожденных от федеральных войсках территориях они действуют открыто, а на занятых северянами - нелегально. Нередко они враждуют между собой. Крупнейшим из них является упоминавшийся выше Судано-африканский национальный союз (САНС). Другой крупной политической партией, действующей на юге страны, является Суданский Африканский конгресс (САК). Он был сформирован в апреле 1985 г. на полиэтнической базе, но преобладающими в его составе являются представители нилотских племен, главным образом племени динка. По имеющимся данным, САК представляет собой скорее кружок лево-центристской ориентации, чем партию, нацеленную на мобилизацию масс. Из всех партий южан САК - единственная, которая обладает сформулированной идеологической платформой, представляющей собой смесь национализма, этнической "африканской" гордости, защиты парламентаризма и социал-демократических экономических взглядов. В целом САК солидаризируется с политической линией Народно-освободительной армии Судана (НОАС), сформированной в 1983 г. полковником Джоном Гарангом из разрозненных партизанских отрядов южан, боровшихся против хартумского правительства.