В октябре Виктор Ющенко принимает участие в III съезде Народного союза «Наша Украина», на котором подвергает руководство партии жёсткой критике и предлагает сформировать новые руководящие органы партии. 7 декабря политсовет НСНУ партии избрал главой совета Виктора Балогу.
12 января 2007 депутаты «антикризисной коалиции» и оппозиционной фракции БЮТ смогли преодолеть вето президента на закон «О Кабинете министров» и приняли в первом чтении закон «О парламентской оппозиции». 11 января президент вернул в парламент принятый 21 декабря 2006 закон «О Кабинете министров», некоторые положения которого, по мнению Виктора Ющенко, «искажают суть и содержание Конституции Украины». Вступление в силу закона «О Кабинете министров» привело к тому, что влияние президента на действия органов исполнительной власти существенно уменьшилось.[20, с. 16]
2 апреля 2007 года, Ющенко своим указом распустил Верховную раду и назначил новые выборы на 27 мая, что привело к новому обострению затянувшегося политического кризиса. В результате длительной политической борьбы досрочные парламентские выборы были назначены на 30 сентября 2007 года.
23 августа 2008, Ющенко: «Украина нарастит военный бюджет и вступит в НАТО для защиты от России». Украина сделает все от нее зависящее, и не будет следующей жертвой в списке Кремля, подчеркивает Ющенко. Обеспокоенность украинского лидера вызвана вторжением российских войск в Грузию. «Впервые в истории Европы со времен „холодной войны“ армия вторгается на территорию суверенной страны без международных санкций», цитирует Times заявление Ющенко. Защищаться от России Киев намерен не только наращиванием собственного военного бюджета.
29 ноября 2008 единогласным решением Виктор Ющенко был избран председателем партии «Народный союз «Наша Украина» (НСНУ). К концу 2008 года по опросу ФОМ-Украина президентский рейтинг Ющенко составлял 3,3 %.
19 декабря 2008 года премьер-министр Украины Юлия Тимошенко призвала Виктора Ющенко подать в отставку.
1 января 2009, Президент Ющенко и Премьер-министр Тимошенко сделали совместное заявление относительно поставок и транзита российского газа.
13 января 2009 года с требованием импичмента Ющенко выступили Пётр Симоненко и Виктор Янукович.
14 января 2009 года премьер-министр Украины Юлия Тимошенко заявила, что переговоры с Россией по поставкам газа на Украину по цене $235 были сорваны в том числе и по вине Президента Украины Виктора Ющенко. Основной причиной срыва Тимошенко назвала попытку украинских политиков сохранить «Росукрэнерго» как теневого криминального коррупционного посредника. По версии премьера, кроме Президента Украины в сохранении Росукрэнерго заинтересованы депутаты от Партии Регионов Бойко и Лёвочкин, а также «всем известный» Дмитрий Фирташ. Переговоры, по словам премьера, были умышленно сорваны на завершающей стадии. Позже премьер заявит, что появление «Росукрэнерго» на украинском газовом рынке произошло именно под патронатом Ющенко, подчёркивая, однако, что «время его правления «чистыми руками» прошло».[28]
21 января 2009 года Премьер-министр Украины Юлия Тимошенко потребовала отчёта Президента Виктора Ющенко в парламенте по поводу злоупотреблений и коррупционных действий Нацбанка в пользу «Надра-банка» и Дмитрия Фирташа.
22 января 2009 года Тимошенко вновь вернулась к теме связи Ющенко и Фирташа, выразив возмущение тем, что президент планирует наградить Фирташа орденом «За заслуги» III степени. С её точки зрения, вручение этой награды «коррупционеру № 1» Фирташу унижает и дискредитирует государственные награды, равно как и вручение их таким людям, как Бойко и Кивалов, которое Ющенко произвёл ранее. Премьер считает, что такое унижение и цинизм демонстрируют, что президент страну и государственные награды ни во что не ставит. Позже, после этого заявления, стало известно, что Ющенко не вручил орден Фирташу, хотя он и был в предварительном списке награждаемых, который раздали журналистам.
24 января 2009 года премьер Тимошенко, отвечая вопрос об импичменте Ющенко сказала, что в этом сейчас нет никакого смысла, так как до президентских выборов осталось всего 9 месяцев, а сама процедура может занять больше времени. При этом она отметила: «Хотелось бы, конечно, чтобы срок правления действующего президента поскорее закончился. Я думаю, этого хотят все граждане Украины. Но нужно набраться мужества и потерпеть». Также она заявила: «Я считаю, что было бы здорово, если бы страна могла провести выборы как можно скорее. Поскольку совокупность действий президента страны сама по себе представляет угрозу национальной безопасности. Но я точно знаю, что в президентском окружении вынашивается идея каким-то неестественным образом продлить пребывание на этом посту действующего президента. Рассматривались разные варианты».[30]
26 января 2009 года Верховная Рада Украины приняла постановление, в котором говорилось: «Признать, что президент своим бездействием в ситуации, сложившейся в финансово-кредитной сфере, взял на себя личную ответственность за резкое обесценение денежной единицы Украины, многочисленные спекуляции на валютном и ипотечном рынках, невыполнение коммерческими банками своих обязательств перед вкладчиками, существенные злоупотребления в процессе рефинансирования коммерческих банков, полное отсутствие контроля НБУ за коммерческими банками...» Ответственность возложена и в связи с тем, что он «дважды проигнорировал решения Верховной Рады об увольнении Владимира Стельмаха с должности главы Нацбанка».
1 апреля 2009 года Верховная Рада Украины назначила следующие выборы президента на 25 октября того же года (при этом за проголосовал 401 депутат из 450). Предложение провести выборы 27 декабря поддержал всего один депутат. Сам же Ющенко хотел провести очередные выборы 17 января 2010 года. Он не согласился с такой датой и заявил через своего представителя, что будет обжаловать это решение в Конституционном суде. 13 мая 2009 года Конституционный суд Украины признал неконституционным постановление Верховной Рады о назначении очередных выборов Президента Украины на 25 октября.[15, с. 34]
3 апреля 2009 года глава Верховной Рады Украины Владимир Литвин заявил, что в унисон с президентом выступает Партия регионов Украины, которая заблокировала под надуманными предлогами работу парламента. С его точки зрения, это делается с целью разрушения на Украине последних остатков стабильности и предсказуемости, для перехвата власти на очередной клановой основе и устранения конкурентов, создания комфортных условий для собственного властвования, получения всей экономики в свою собственность. Литвину известно о скрытых переговорах о перераспределении власти через конституционные изменения. Переговоры идут из-за опасения ключевых претендентов проиграть президентские выборы, с целью разделения сфер влияния – в экономике, политике, власти – и отстранения народа от выборов главы государства. Сценарий включает в себя проведение досрочных парламентских выборов, для чего ищутся основания для роспуска парламента.
15 апреля 2009 года появился текст интервью Ющенко изданию «Коммерсантъ». В нём украинский президент, несмотря на свой крайне низкий рейтинг, заявил о желании баллотироваться на второй срок. «У меня есть ценности, с которыми я умру. Вне зависимости от того, поймет меня нация или нет, я буду рассказывать о поколениях украинцев, замученных, истерзанных. Знаете, я никогда не был и не буду хохлом, никогда не был малороссом и никогда им не буду. Если мне нужно будет вторую дозу диоксина принять, я это сделаю, не откажусь. У меня пятеро детей, и я хочу, чтобы у меня была возможность сказать им: я передал вам Украину лучшей, чем я её получил», – подчеркнул Ющенко. Также он вновь отметил, что выступает за досрочные парламентские выборы и собирается баллотироваться в депутаты. Также в планы украинского президента входит изменение Конституции, одним из ключевых моментов которого является создание двухпалатного парламента.[28]
В конце второй декады мая 2009 года глава Секретариата Президента Балога подал в отставку, которая была принята Ющенко. Сам Балога назвал причиной своей отставки категорическое несогласие с решением Ющенко во второй раз баллотироваться на пост Президента, который, с его точки зрения, не имеет на это морального права. Также в числе причин отставки было названы кумовство, характерное для ближайшего окружения Ющенко, личная ответственность Президента за постоянные политические конфликты и кризисы во власти, которые происходили весь период его правления.
Во второй половине мая 2009 года Ющенко оказался абсолютным лидером (среди всех политиков) антипатий украинцев по данным социологического опроса, проведённого центром социальных исследований «София»: процент граждан Украины, «совсем не доверяющих» Президенту был оценён в 87,4 %[27].
Секретариат Президента Украины был создан Виктором Ющенко путём реорганизации Администрации Президента Украины 24 января 2005 года, на второй день после президентской инаугурации. В разное время Секретариат возглавляли Александр Зинченко, Олег Рыбачук, Виктор Балога, Вера Ульянченко. Общая численность сотрудников канцелярии Виктора Ющенко, по официальным данным, превышает 600 человек. Расходы из государственного бюджета на содержание его аппарата оцениваются в 1,6 млрд грн. в год, что значительно превосходит расходы на содержание Верховной Рады (1 млрд.) и Кабинета министров (0.5 млрд.). Деятельность Секретариата политическими оппонентами украинского президента называется в числе главных причин крайне низкого президентского рейтинга Виктора Ющенко к концу 2008 года.