Неопределённая позиция Казахстана усугубляется рядом других региональных противоречий. Среди них проблема водно-энергетического баланса, в котором главные источники воды и энергоресурсов (Таджикистан и Киргизия) одновременно являются беднейшими странами региона, а главные потребители воды и ресурсов (Узбекистан и Казахстан) - его лидерами. Специалисты по водным ресурсам предсказывают рост конкуренции между водопотребителями за удовлетворение растущего спроса. Для водообразующих стран формирующих около 73% водного стока, значимость водного ресурса определяется в первую очередь необходимостью обеспечения собственной энергетической безопасности, при этом водные ресурсы на территории этих стран практически не используются. Кыргызстан формирует 63,7 км3 вод, из них 85% поставляется в соседние государства. На территории Таджикистана образуется 64 км3 стока, однако используется всего лишь 10-11%. Страны потребители (Узбекистан, Казахстан, Туркменистан), находящиеся в зонах транзита и рассеивания водных ресурсов, производят основной отбор водных ресурсов для орошаемого земледелия [5].Суть в различии интересов государств верхнего и нижнего течения заключается в том, что Таджикистан и Киргизстан заинтересованы в использовании стока рек в энергетическом режиме, что требует соблюдения определенной системы пропуска воды – накопления воды в летнее время и сброса ее в зимний период. Государства нижнего течения рек, попадают в зависимость от режимов использования каскада водохранилищ. В то же время Кыргызстан и Таджикистан зависимы от поставок газа странами низовья. В итоге остро стоят вопросы согласования пропусков воды, рационального использования водных ресурсов, выработки механизмов взаимовыгодных условий компенсации, а также совместных действий при возникновении чрезвычайных ситуаций.
Однако, сегодня, в условиях демографического кризиса (перенаселения) в Узбекистане, финансового кризиса в Казахстане, экономического, политического и энергетического кризисов в Таджикистане и Киргизии наиболее острыми становятся противоречия не общеэкономического характера, а традиционного - миграционного, террористического, социального и регионального характера. Окончательно сформировались две экстерриториальные зоны конфликтов: афгано-таджикская граница и Ферганская долина, прямой коридор к которым имеет исламистский, террористический и наркотический трафик из Афганистана. После распада СССР так и не была закончена делимитация границ в целом в постсоветском Туркестане, а советские границы не отражают особенностей исторического расселения этнических групп на территории региона. Несовершенность нынешнего территориального устройства республик Средней Азии и его противоречивость с существовавшими здесь традициями государственности, лежит в основе многих проблем политической стабильности в регионе. Перед лицом внешней и внутренней слабости Таджикистана и Киргизии всё более "бесцеремонно" вынужден вести себя Узбекистан, выстраивая собственную пограничную систему. Узбекские власти, в связи с периодическими проникновениями на территорию республики боевиков ИДУ, обвиняли официальное руководство Таджикистана в неспособности контролировать ситуацию в пограничных районах своей страны. Поэтому в целях государственной безопасности некоторые отрезки узбекско-таджикской пограничной полосы минировались [6, 157].
Не менее жесткую пограничную политику проводил Туркменистан, установивший с 1999 года визовый режим с соседними республиками. Безусловно, это негативно сказалось, прежде всего, на хозяйственных связях густонаселенной полосы узбекско-туркменской границы.
В течение десяти лет болевой точкой для Казахстана являлась граница с Узбекистаном. В 1990-е гг. в двусторонних встречах между Узбекистаном и Казахстаном проблема делимитации взаимной границы, как правило, уступала место пафосным речам о «единстве братских народов». Однако события 1999-2000 гг., связанные с односторонними действиями узбекских пограничников по демаркации спорных территорий (в районе села Багыс Сарыагашского района Южноказахстанской области) резко актуализировали этот вопрос. Астана обвинила Ташкент в «экспансии», назвав случившееся в официальной ноте МИДа «вторжением на территорию суверенного государства». В некоторых казахских СМИ сообщалось о начале узбекского «нашествия» [7]. В приграничную зону оба государства начали стягивать военную технику. Лишь после этих событий необходимость решения данной проблемы стала очевидной. В результате нескольких встреч с 2000 по 2002 гг. двусторонней узбекско-казахской комиссии по делимитации границ вопрос о спорных участках разрешился. Однако, учитывая невысокий уровень доверия между этими некогда «братскими» республиками и проблематичности в других сферах двусторонних отношений, компромисс в пограничном вопросе может быть недолговременным. Потенциальные территориальные споры между республиками могут возникнуть из-за казахстанских городов Туркестан и Сайрам, узбекское население которых составляет 70-80%. Растущая доля узбекского населения на юге Казахстана, юго-западе Киргизии, севере Таджикистана, давно превратилась из проблемы этнического меньшинства в проблему преобладающего регионального этноса, не представленного в региональных и центральных органах власти (при этом сотни тысяч афганцев уже натурализовались в Таджикистане и представлены в местных органах власти). Ситуация усугубляется проблемой этнически окрашенного аграрного рабства, само захватами городских земель, особой остротой земельного вопроса в сельской местности, создающего крайний дефицит земли в зонах со смешанным населением, массовой безработицей, постоянной угрозой голода и этнических конфликтов, растущим наркотрафиком (официально зафиксированный поток наркотиков из Афганистана в Таджикистан и далее вырос за последние годы в четыре раза). Во многих случаях радикальные исламистские движения в странах региона характеризуются моно этничностью состава их участников [8]. Бегство избыточного населения из Ферганской долины в целом, Таджикистана, Узбекистана и Киргизии в Россию и отчасти в Казахстан лишь отчасти снижает накал внутренних социальных проблем. Любые систематические меры по легализации и сокращению трудовой миграции в России и Казахстане будут иметь своим следствием социальное банкротство государств в Таджикистане и Киргизии и дальнейшую суверенизацию их регионов. В полуофициальной идеологии безопасности Казахстана прямо указывается, что после смены режима в Узбекистане, Казахстан станет главным объектом миграционной экспансии узбекского населения, которое не сможет ассимилировать, что чревато социально-этническим взрывом на юге Казахстана и вокруг Алма-Аты. В условиях традиционно напряжённых отношений Казахстана с Узбекистаном это неминуемо приведёт к спонтанным конфликтам вдоль границ.
В Киргизии в последнее время усугубляется территориальный раскол страны на две части: Юг, в котором этнически, политически и экономически доминирует Узбекистан, и Север, который ближе к Казахстану. Киргизский переворот 2010 года сделал такой вариант развития событий ещё более вероятным. Если сравнить две смены власти в 2005 и 2010 годах, то можно легко проследить, что требования, обвинения протестующих, предреволюционная ситуация и др. абсолютно одинаковы. Разница только в том, какой регион представляла власть, а какой - оппозицию. Ввиду этого, напрашивается вывод о том, что и в дальнейшем клановая борьба двух регионов будет дестабилизировать ситуацию.
Наблюдалась также «транспортная война» между Казахстаном с одной стороны, и Узбекистаном и Киргизией с другой, из-за разногласий по поводу оплаты транзита перевозок товаров в Россию через территорию Казахстана. Во многом эти противоречия вызваны наличием схожих природных ресурсов и общей проблемой их сбыта, что и является одной из основных причин дезинтеграционных тенденций в центрально-азиатском регионе.
Стратегия Таджикистана как младшего партнёра "персидского блока" (Иран - Таджикистан - Афганистан) усиливает напряжённость с Узбекистаном.
Всем этим внутри региональным противоречиям неизбежно сопутствует сложность властных отношений внутри стран: неизбежная проблема преемственности власти в Казахстане и Узбекистане и модернизации власти в Туркмении в ближайшие годы, крайняя слабость власти в Киргизии и Таджикистане.
геополитический религиозный клановый этнический
Средняя Азия – регион, в котором тесно переплетаются интересы Российской Федерации, США, Ирана, Турции и в, некоторой степени, Китая. Заинтересованность последнего пока что выражается достаточно слабо и носит чисто прагматический характер, т.е. не носит какой либо идеологической окраски. Китай, проявив присущий ему реалистичный подход, предпочитает осторожную политику на этом направлении. Внешне стратегические интересы КНР в Средней Азии проявляются несущественно (что вовсе не означает их отсутствия). В геополитическом плане Китай осознает нежелательность преждевременность демонстрации своих амбиций в регионе. К тому же, усиление "внимания" КНР к региону могло бы повредить крепнущему российско-китайскому сотрудничеству, которое по ряду вопросов международной жизни некоторым сферам взаимодействия приобретает характер стратегического. Тем не менее, существует крепкая экономическая связь. Импорт из Китая имеет важное значение для Кыргизии, Таджикистана, Казахстана и постоянно растёт. Пекин заинтересован в развитии торговли с регионом, но, вероятно, и теперешний уровень вполне его вполне удовлетворяет. Потребности Китая в энергетических ресурсах Средней Азии удовлетворяет газопровод «Средняя Азия – Китай» . Более болезненной проблемой для Китая является возможность распространения сепаратистах настроений на его территорию. В Синьцзян-Уйгурском автономном районе (ист. Восточный Туркестан) более половины населения исповедуют ислам, и почти половина по национальности уйгуры. Это становится причиной децентристских выступлений в районе и его тяготению к пантюркистскому пространству. Такие тенденции подталкивают Китай к кооперированию действий с Казахстаном и другими западными соседями. В целом можно сказать ,что Китай в ближайшей перспективе будет постепенно наращивать своё присутствие в регионе, однако стараясь не вступать в конфронтации с другими крупными геополитическими, прежде всего Россией.