Не имея достаточных средств и возможностей для защиты области, органы власти Нагорного Карабаха неоднократно обращаются за помощью в самые высокие инстанции СССР. Однако последние не предприняли каких-либо мер по предотвращению кровопролития. Без ответа практически осталось и обращение президиума Национального Совета Нагорного Карабаха к Совету Безопасности ООН с просьбой о содействии в обеспечении защиты армянского населения края. Более того, Верховный Совет СССР 28 ноября принял постановление, фактически предусматривающее насильственное удержание Нагорного Карабаха в составе Азербайджанской ССР. Упразднив Комитет особого управления, Верховный Совет СССР образовал взамен Организационный комитет НКАО Азербайджанской ССР, не указав прямо, как отмечено в постановлении Комитета конституционного надзора СССР от 28 ноября 1991г., целей его создания и компетенции. Время показало, что в дальнейшем Оргкомитет при содействии МВД СССР и советской армии разрабатывал и осуществлял операции по депортации армянского населения Нагорного Карабаха и близлежащих районов.
1 декабря 1989 года Верховный Совет Армянской ССР и Национальный Совет НКАО, "основываясь на общечеловеческих принципах самоопределения наций и отзываясь на законное стремление к воссоединению двух насильственно разделенных частей армянского народа", на совместном заседании принимают постановление о воссоединении Армянской ССР и Нагорного Карабаха. Реакция со стороны руководства Азербайджана последовала незамедлительно – началась новая волна провокационных действий с использованием находящихся под влиянием азербайджанских властей комендатуры Особого района и преданных ей внутренних войск СССР.
Продолжением политики этнических чисток и разжигания межнациональной вражды стали имевшие место в январе 1990 года вооруженные погромы в столице Азербайджанской ССР – Баку, в результате которых погибли сотни армян, появилась новая волна беженцев. По своей жестокости массовые преступления в Баку не уступали сумгаитским: людей заживо сжигали, закалывали ножами, забивали обрезками арматуры. Имеются даже свидетельства о случаях каннибализма. Пользуясь тем, что со стороны союзных органов не предпринимаются действенные меры по прекращению геноцида армян, Народный Фронт Азербайджана, образованный в июле 1989 года как оппозиционная партия, с молчаливого согласия официальных властей организует вооруженное нападение на армянские села Шаумянского и Ханларского районов. На границе Армении и Азербайджана начинаются боевые действия.
С учетом сложившейся ситуации Президиум Верховного Совета СССР Указом от 15 января 1990 года вводит чрезвычайное положение в НКАО, приграничных с ней районах Азербайджанской ССР, в Горисском районе Армянской ССР, а также в пограничной зоне вдоль государственной границы СССР на территории Азербайджанской ССР. С приостановлением полномочий областных выборных органов государственной власти и управления ведение всех дел области взяла на себя военная комендатура, фактически установившая на территории Нагорного Карабаха военное положение. При ее поддержке стала активизироваться деятельность республиканских органов Азербайджана. Усилилась политика репрессий, этнических чисток и устрашения. Все больше и больше активистов Карабахского движения стали подвергаться преследованиям. Под различными предлогами на них создавались "дела", на основании которых производились аресты.