Дальнейшее развитие получили деловые контакты по линии Японской ассоциации корпоративных руководителей («Кэйдзай доюкай»). В июле 2003 года Россию посетила делегация Комитета по связям со странами СНГ указанной Ассоциации во главе с его председателем Т. Ямаока. Очередной визит представителей «Кэйдзай доюкай» в Россию прошел в середине сентября 2004 г.
Серьёзное внимание со стороны японского бизнеса продолжало уделяться развитию экономического сотрудничества с дальневосточными регионами Российской Федерации. В мае-июне 2003 г. состоялся визит делегации японской Ассоциации торговли с Россией и странами Центральной и Восточной Европы («РОТОБО») во главе с ее председателем Т.Такагаки в Сахалинскую область, Приморский и Хабаровский края, а в июне с.г. представители Ассоциации посетили Иркутскую и Тюменскую области.
В сентябре 2004 г. осуществлена впервые в истории отношений поездка в Россию делегации ТПП Японии во главе с её председателем Н.Ямагути, в ходе которой подписано соглашение между Торгово-промышленными палатами двух стран.
Переговоры с Японией играют важную роль в процессе присоединения России к ВТО. В последнее время был предпринят целый ряд шагов, как на многостороннем, так и на двустороннем уровне, позволивших заметно продвинуть весь комплекс вопросов, связанных со вступлением России в эту организацию. Вместе с тем, к числу основных неурегулированных проблем с японской стороной относится уровень ввозных пошлин на автомобили, а также определённые различия в подходе сторон в вопросе допуска на российский рынок услуг.
Япония активно содействовала вступлению России в форум АТЭС. В ходе саммита АТЭС в октябре 2003 года в Бангкоке состоялась встреча Президента Российской Федерации В.В. Путина с премьер-министром Японии Дз. Коидзуми, в ходе которой был подтверждён курс на активизацию и укрепление экономических отношений между двумя странами. Очередной саммит АТЭС прошел в ноябре 2004 г. в Сантьяго (Чили). В его ходе также прошла двусторонняя встреча лидеров России и Японии.
В целом в последнее время наблюдается заметная активизация двустороннего экономического взаимодействия, что связано в значительной степени с улучшением общего состояния российско-японских отношений, в первую очередь в политической сфере, успешным развитием экономики России, выходом японской экономической системы из состояния застоя, а на этой основе - ростом взаимного интереса российского и японского бизнеса к сотрудничеству по широкому кругу областей, в первую очередь - в энергетике и связанных с ней сферах.