25-26 июля 1993 года принял участие в работе II конгресса Фронта национального спасения в Москве. С 20:00 21 сентября 1993 года — после выступления Бориса Ельцина с сообщением о роспуске парламента — находился в Доме Советов, выступал на митингах. 3 октября выступил в эфире ВГТРК, призвав население Москвы воздержаться от участия в митингах и столкновениях с МВД.
12 декабря 1993 года был избран депутатом Государственной думыпервого созыва по федеральному списку КПРФ.
В апреле-мае 1994 года был одним из инициаторов создания движения «Согласие во имя России». 21-22 января1995 года на III съезде КПРФ стал председателем ЦК КПРФ. 17 декабря 1995 года избран депутатом Государственной думы второго созыва по общефедеральному списку КПРФ.
4 марта 1996 года зарегистрирован кандидатом в президенты РФ. 16 июня 1996 состоялись выборы президента РФ. Кандидатуру Геннадия Зюганова поддержали 31,96 процентов голосов избирателей, принявших участие в голосовании. 3 июля 1996 года в ходе голосования во втором туре выборов президента РФ за кандидатуру Зюганова проголосовало 40,41 % избирателей. В августе 1996 г. избран председателем координационного совета Народно-патриотического союза России, в который вошли партии и движения, поддержавшие Г. А. Зюганова на президентских выборах.
19 декабря 1999 года избран депутатом Государственной думы третьего созыва по федеральному списку КПРФ.
В 2000 году на выборах президента России получил 29,21 % голосов. В январе 2001 года на пленуме Совета СКП-КПСС избран председателем совета Союза компартий[2].
В 2003 году избран депутатом Государственной думы четвёртого созыва, в 2007 — депутатом ГД пятого созыва.
Зюганов пропустил президентские выборы 2004 года, где партию представлял Николай Харитонов, и принял участие в выборах 2008 года, заняв второе после Дмитрия Медведева место (по официальным данным, более 13 млн голосов, или 17,7 % от принявших участие в выборах).
Автор серии монографий. Защитил докторскую диссертацию по философии на тему «Основные тенденции и механизм социально-политических изменений в современной России». В 1996—2004 возглавлял Народно-патриотический союз России. С 2001 возглавляет Союз коммунистических партий — Коммунистическую партию Советского Союза.
За первые несколько лет нового тысячелетия Россия успела значительно продвинуться по пути формирования партийной системы. Многопартийность в нашей стране существует с начала 90-х гг., однако партийная система до сих пор находится в стадии становления.
Партии постоянно развиваются, ведут между собой политическую борьбу, идет их развитие, объединение и выработка совместных позиций. Для усиления влияния на государственные структуры и для выдвижения своих представителей в властные структуры.
Становление многопартийности в стране идет трудно и противоречиво. Она пока далека еще от тех цивилизованных рамок, о которых мечтают знатоки и ревнители западной демократии. Чаще всего бывает так, что партии возникают, регистрируются, порой даже исчезают, но никто не знает, кто за ними стоит, кто их поддерживает. И в этом - главная беда многих группировок, претендующих на право называться партиями.
Но ясно одно - возрождение России требует не просто взаимодействия партий, но и взаимодействия просто политических сил. Они должны сотрудничать друг с другом на разумных условиях.
1. Решетнев, С.А. К вопросу о классификации политических партий России [текст]/С.А. Решетнев// Коммерсант власть. - 2004. - № 3. - С. 2-4
2. Голосов, Г.В. Сравнительная политология [текст]/Г.В. Голосов. -Новосибирск: Изд-во НГУ, 1995 - с. 151 - 216.
3. http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%9F%D0%A0%D0%A4
4. Дугин А. Левый проект // Российская газета.- 2003.- 26 марта.5. Сумбатян Ю. Г. Политические режимы в современном мире: сравнительный анализ. Учебно-методическое пособие. - М., 1999.