Можно придерживаться хронологии, но этот метод следует рекомендовать лишь как временный (до заключительной стадии расследования). Он пригоден также для дел небольшого объема(2—7томов). На практике чаще всего систематизируют материалы следствия, группируя их в папки по объектам, эпизодам или обвиняемым. При этом следователь учитывает, как он организовывал свою работу, в какой последовательности исследовал преступную деятельность тех или иных лиц. При расследовании по эпизодам так и следует систематизировать материалы. Если расследование вела группа следователей и они распределяли работу по объектам, то и материалы группируются по объектам. В случаях, когда обязанности распределены таким образом, что каждому следователю поручена отдельная группа обвиняемых, то целесообразнее систематизировать материалы дела по лицам. Вообще же, какой бы способ ни использовался, важно выделять отдельные документы и по лицам. Поэтому некоторые материалы, относящиеся к определенным обвиняемым, например, постановления о предъявлении обвинения, протоколы допроса обвиняемых, протоколы обысков, описей имущества, на которое наложен арест, следует помещать отдельно.
Иногда следователи для облегчения работы суда составляют специальные справки, прилагая их к обвинительному заключению. При этом делаются отметки, где и какие материалы, свидетельствующие о виновности определенного лица, находятся. Добавим, что в сложных делах эпизоды преступной деятельности целесообразно группировать по разделам. Лучше систематизировать по способу совершения преступлений, но можно—по месту их совершения, по группам соучастников или даже по доказательствам (их однородности, распространенности).
Об избранном методе группировки и систематизации материалов дела руководитель бригады должен предупредить всех следователей еще в начале расследования. Он обязан включить мероприятия по систематизации материалов следственного производства в план работы и постоянно интересоваться, как они выполняются.