После завоевания Византии Турками к московскому великому князю, как к единственному православному государю, должны были, по мнению книжных людей того времени и самого князя, перейти все церковные полномочия византийского императора. Москва, после падения второго Рима — Константинополя, должна стать третьим Римом. Этот взгляд на значение Москвы и московского князя высказывает, например, инок Филофей в письме к великому князю Василию Иоанновичу: «Внимай тому, благочестивый царь! Два Рима пали, третий — Москва, стоит, а четвертому не бывать. Соборная Церковь наша в твоем державном царстве одна теперь паче солнца сияет благочестием во всей поднебесной; все православные царства собрались в одном твоем царстве; на всей земле один ты — христианский царь». Иоанн Грозный принял титул царя и помазание на царство, как он сам говорил, по примеру греческих царей. Греческие святители прислали ему утверждение в царском достоинстве. Царь, так же как и византийские императоры, смотрел на себя как на наместника Божия и отождествлял свое царское дело с Божьим делом. Нарушение царской воли и царских приказов он считал нарушением Божественного закона. Грозный писал Курбскому: «Тшущеся со усердием люди на истину и на свет поставить, да познают единого истинного Бога, в Троице славимого, и от Бога данного им Государя». Первый русский царь был набожен и ревновал о благе Церкви. Им был созван так называемый Стоглавый собор в 1551 году для устранения разных непорядков церковной жизни. На нем царь выступил как властный поборник веры и уставов церковных. Собор был открыт речью царя, в которой указывалось отцам собора на необходимость издать такое же уложение по делам церковным, какое им было издано по делам светским. Царь обещал епископам быть «сослужебным им поборником веры и церковных уставов». Он сам указал предметы соборных рассуждений, формулированные им в 37 вопросах, на рассмотрение которых им было предложено еще 32 вопроса. Эти вопросы касались всех сторон церковной жизни: и мирян, монастырской дисциплины, церковного управления и проч.
В то время как усиливающаяся государственная власть все более привлекает церковные дела в свое ведение, ослабляется влияние иерархии на дела государственные. В удельно-вечевой период на Руси было много князей, и разрозненная Русь объединялась единством церковной власти в лице единого всероссийского митрополита. С возвышением Москвы власть князя становится сильной, и уже мало нуждается в поддержке церковной власти. Значение митрополита ослабевает. Московские цари теперь уже вмешиваются в церковные дела не в прежней форме покровительства и поддержке власти церковной, а как самостоятельные властелины. Среди духовных иерархов появляется угодничество пред светской властью. Один опальный боярин Берсень - Беклемишев говорил об угодливом и робком митрополите Данииле: «Учительного слова от него не слышно, и не печалуется ни о ком, а прежние святители сидели на своих местах в мантиях и печаловались государю о всех людях». Очевидно обычай духовенства печаловаться (ходатайствовать) перед светской властью за осужденных и опальных стал утрачиваться. Подчиненность и приниженность духовенства особенно ярко сказалась в деле развода великого князя Василия Иоанновича с неплодной супругой Соломонией. Против этого развода были ученый Максим Грек и восточные епископы, писавшие по этому поводу в Россию. Однако митрополит Даниил в угоду великому князю постриг Соломонию в суздальском Покровском монастыре и повенчал великого князя с Еленой Глинской.
Царь Иоанн Грозный относился резко отрицательно к влиянию духовенства на государственные дела. Он писал Курбскому: — «Ты считаешь светлостью благочестивою, когда государство обладается попом невеждою? Но царство, обладаемое попом, разоряется». Свое подозрение по отношению к боярам царь распространил и на духовенство. Особенно его раздражали печалования за опальных. Заступничество за опальных царь принимал как посягательство на его царскую власть. Митрополиту Филиппу II за его несочувствие опричине и за печалование за опальных пришлось поплатиться саном, свободой и, наконец, жизнью. Во время разгрома Новгорода Иоанном Грозным, пострадало много духовенства, церквей и монастырей. Епископ Пимен подвергая поруганию язычников: его провезли по городу на белой кобыле в одежде шута, с бубном и волынкой, потом лишили сана и заточили в Веневский монастырь. Его преемника Леонида, по приказанию Грозного, зашили в медвежьи шкуры и затравили собаками. Максиму Греку, принесшему так много пользы русской Церкви своими учеными трудами, за его смелые суждения о деспотизме московского князя, о подчиненности русской Церкви светской власти и о повреждении церковного благочиния пришлось терпеть тягостное заточение.
Сознание представителями светской власти своего высокого значения, при неясном различении области государственной от церковной, повело к преобладанию государственной власти над церковной в делах чисто церковных. Московские великие князья фактически прекратили зависимость русской Церкви от греческой, но поставили ее в зависимость от себя. Московские цари действовали в том же направлении. Они, не довольствуясь одной лишь фактической самостоятельностью русской Церкви, решили дать ей самостоятельность юридическую, согласно с церковными правилами. По общим правилам, митрополиты, какими были наши первосвятители, подчинены патриархам. Нужно было, следовательно, вместо митрополитов поставить во главе русской Церкви патриархов, а это можно было сделать лишь с согласия всех восточных патриархов. В царствование сына Грозного Федора Ивановича, действительно было учреждено патриаршество в русской Церкви, на что дали свое согласие все восточные патриархи (1589 г.). Замечательно, что в грамоте об учреждении патриаршества повторены приведенные выше слова старца Филофея о Москве, как третьем Риме, а это показывает, что учреждение патриаршества было вызвано политическими соображениями о значении Москвы, как преемницы православного греческого царства.
Но учреждение патриаршества в России не внесло существенных перемен в церковно-государственные отношения: государственная власть не только сохранила преобладание над церковной, но даже усилила его. Отступления от этого общего положения, правда, были, но они вызывались особыми обстоятельствами. Так, в Смутное время, когда не было государя, патриарх Гермоген имел весьма широкое, и сильное влияние в делах государственных, содействуя восстановлению нормального положения государства. При патриархе Филарете (который был отцом государя Михаила Феодоровича) патриаршая власть имела особо важное значение. Отец молодого государя пользовался такою же властью, как и царь, и имел царский титул «великого государя». При патриархе Филарете в России наступило двоевластие. Царские указы издавались от имени царя и великого государя - патриарха, издавались указы по государственным делам даже от имени одного патриарха. Это объясняется личными отношениями царя и патриарха. Патриарх был отцом царя. Естественно, что молодой и неопытный царь подчинялся влиянию старца-отца, бывшего в то же время патриархом. Но когда такое же положение в; государстве желал занять патриарх Никон при сыне Михаила Федоровича царе Алексее, то между царем и патриархом произошло столкновение.. Вначале Никон пользовался особым доверием и любовью Алексея Михайловича. Царь назвал его своим «собинным» (особенным) другом. Никон получил тот же титул, что и патриарх Филарет, — «великого государя». Без воли «государя - патриарха» не решалось ни одно важное государственное дело. Но достаточно было царю охладеть к своему другу-патриарху, достаточно было исчезнуть прежней дружбе, как Никону было поставлено в вину и пользование им титулом государя и его меры, которые предпринимались, во всяком случае, с ведома царя. В этом столкновении царя и патриарха, светской власти и духовной, каждая сторона была отчасти права и отчасти не права. Царь, отстаивая самостоятельность светской власти и независимость ее от духовной, был прав. В то время на Западе все почти государства провозгласили это правило и поступали согласно ему. Прав был и Никон, когда защищал, стоя на почве христианского учения, самостоятельность церковной власти и ее независимость от государственной. Но неумение разграничить дела государственные, светские, от церковных, духовных, приводили к крайностям обе стороны. И в настоящее время разграничить дела церковные и государственные очень трудно. А в то время это было еще трудней. Патриарх, отстаивая свою самостоятельность, желал в то же время, чтобы царская власть подчинена была духовной, а царь желал видеть в патриархе лишь послушное орудие в своих руках для дел церковных.
Тянувшаяся несколько лет распря царя и патриарха разрешена была при помощи восточных патриархов на соборе 1667 года. Восточные патриархи, уже давно получавшие богатые милости от московского царя, при разрешении спора Алексея Михайловича и Никона сильно наклоняли весы в пользу царя. Было постановлено, что во всех государственных делах единым владыкою является царь и патриарх должен подчиняться всем государевым решениям; что же касается самостоятельности патриарха в церковных делах, то этот вопрос был обойден.