Это предвыборное замешательство осложнялось тем, что ополчение, освободившее Москву, сломившее казацкие таборы и заставившее их подчиниться установленной в ополчении власти, ослабело в своей силе и значении. Это стало заметно в первые три недели по очищении Москвы. Следуя обычному московскому распорядку распускать войско по достижению той цели, для которой оно было собрано, вожди ополчения не задерживали служилых людей и позволяли им возвращаться в их уезды «по домом».К концу ноября, по замечанию летописца, «людие с Москвы все разъехалися», и тогда создалось очень опасное положение: казаки получили численный перевес над оставшимися служилыми людьми. Правительство ничего не могло с ними поделать: распустить их было некуда, потому что они были люди бездомовные, разослать же их на службу в города нельзя было по их ненадежности. К концу 1612 г. казаки в Москве превосходили почти вдвое оставшихся служилых людей и стрельцов.
Почувствовав свое превосходство, казаки, усмиренные было Пожарским, подняли головы и стали чувствовать себя господами положения, стали «во всем бояром и дворяном сильны, делают, что хотят».
Московскому правительству пришлось для удовлетворения казаков обложить сборами все население Москвы. По словам современника, воеводы «что у кого казны сыщут, и то все отдают казакам в жалование, а что взяли (при сдаче) в Москве у польских и русских людей и то все поимали казаки же». Чувствуя себя господствующей силой, казаки «примеривали на царство» тех, кто им был по сердцу, говорили, что, кого хотят, того и посадят на московский престол; среди излюбленных своих кандидатов они называли сына Тушинского вора и Марии Мнишек, увезенного Заруцким, и сына бывшего тушинского патриарха Филарета Романова. На земском Соборе 1613 г. донской атаман первый произнес имя Михаила Романова, как желательного царя. Все члены собора единогласно похоронили притязания на престол королевича Владислава, за которого было высшее боярство, слышать ничего не хотели о «Маринкином сыне», о «воренке». Но имя другого казачьего кандидата, Михаила Романова, заставило собор задуматься. Это имя, выдвинутое казаками по тушинским воспоминаниям, было хорошо и прочно известно в Москве; Романовы были старинный и очень любимый в Москве боярский род, находившийся к тому же в свойстве с угасшей династией. На этом имени можно было помириться.
После долгих и упорных препирательств, Собор и остановился на том, чтобы быть царем младшему из Романовых, сыну митрополита Филарета, Михаилу. Постановив это, Собор послал за разъехавшимися по деревням боярами, требуя, чтобы они для большого государственного дела и для общего земского совета ехали к Москве «на спех». В то же время и во все города Российского царствия послали известить тайно имя того, кого Собор наметил в цари, и спросил народ, кого хотят государем-царем.
21-го февраля, когда посланные съехались из городов с хорошими вестями, и собрались также бояре, в большом Московском дворце, в присутствии внутри его и вне простого «всенародства», выборные изо всех городов и уездов России провозгласили царем и великим государем всея Руси Михаила Федоровича Романова.
Избравший царя Собор 1613 г. оставался при нем до 1615 года, когда были созваны новые выборные, действовавшие до 1619 г. В середине 1619 г. Собор сам решил, что пора созвать новых выборных; этот новый Собор существовал до 1622 г. После этого года становится невозможным установить непрерывность деятельности земских соборов, и они происходят время от времени по созыву правительства.
Итак, Земский Собор, избравший царя, остался при нем, как деятельная и существенно необходимая часть правительства. Новая власть не делает ничего иначе, как «по совету всея земли», и признает гласно, что теперь вообще ничего нельзя решать «без совету всего государства». Вопросы о войне и мире, вопросы финансового устройства и податные, назначение новых налогов и сборов, вопросы устройства пришедших в разорение чинов государства, вопросы благоустройства управления, законодательство, - все это проходило через веское обсуждение совета всея земли.
Первое время правительство нового царя и Земский Собор, нуждаясь друг в друге, действуют рука об руку. Они должны так действовать, потому что у них есть общие враги. Земские Соборы 1612 и 1613 гг., которые провели очищение земли от врагов и установили новое правительство, действовали от лица тех частей населения Московского государства, которые создали ополчения. Это были жители городов, мелкие и средние служилые люди, уездное крестьянство, все те слои населения, которые прежде всего хотели порядка и независимости родины. «Они сплотились для борьбы не только с поляками, с которыми связало себя боярство, сидевшее в Москве, - говорит проф. С. Ф. Платонов, - но и с казаками, т. е. со всеми теми, кто хотел переворота общественного». В противоположность аристакратам-боярам и демократам-казакам, московские люди, создавшие ополчение, были люди средние, равнодушные к аристократизму бояр и враждебные казакам с их отрицанием привычного средним людям порядка. Победив своих врагов под Москвой и в Москве, освободив столицу, сделавшись распорядителями судеб государства, средние люди закрепили свою победу тем, что избрали царя по душе себе. Они отстранили кандидатуру на московский стол иноземных принцев, хотя начальники ополчения были и не прочь иметь царя «от иноверных», совершенно отказались иметь дело с самозванщиной, выдвигаемой казаками, и не избрали в цари никого из знатнейших князей Рюрикова племени. Царь, избранный средними людьми, происходил из рода, который бояре-княжата XVI в. именовали иногда «рабским», но это был «великий» московский род старинных московских бояр.
Избрав царя себе по душе, Собор стал охранять его, как своего избранника и ставленника, защищая в нем свое единство и свой восстановленный земский порядок. С своей стороны, и новый царь не видел возможности править страной без содействия Собора и унять без него «всемирный мятеж»; царь Михаил отказывался даже принять власть и идти в Москву, пока Собор не успокоит всю страну и не восстановит порядка. «Выходило так, - говорит профессор С. Ф. Платонов, - что носитель власти и народное собрание не только не спорили за первенство своего значения, но крепко держались друг за друга в одинаковой заботе о собственной целости и безопасности».
Сознание общей пользы и взаимной зависимости приводило власть и ее земский совет к полнейшему единодушию, обращало государя и Собор в одну политическую силу, боровшуюся с враждебными ей течениями как внутри государства, так и вне его. Так, Собор 1613 г. ведет переговоры с Сигизмундом, требуя выдачи задержанных поляками русских послов: отца государева, митрополита Филарета, князя Голицына и др., следит, чтобы были приведены к присяге новому царю все жители государства, и приказывает тех, кто отказывается, «бросить в тюрьму до государева указу, да о том и к нам отписати». Все дела по умиротворению страны проходят через Собор, который прибегает не только к уговорам, но и к оружию: к казакам, которые объединились около Заруцкого и Марии Мнишек с ее сыном, посылается от Собора посольство и грамоты, чтобы они «не делали никакого дурна, от воровства отстали и крови христианской не проливали, городов и уездов не воевали», грозя в противном случае возмездием в день праведного и страшного суда Господня, а также и тем, что «государь великий велит над вами своим ратем промышляти».
На устройство рати нужны были деньги, и Земский Собор старался найти их; всюду были разосланы грамоты с просьбой денежной помощи казне; когда выяснилось, что деньги поступают слабо, то по государеву указу и всей земли приговору велено было со всех городов Московского государства, со всяких людей, с животов сбирати служилым людям на жалование деньги – пятая доля, т. е. пятую часть всего имущества, и кроме того «запросные деньги, кто что даст. Эта забота о пополнении пустовавшей казны становится главной для всех последующих соборов царствования царя Михаила.
Выяснилось на Соборе и тяжелые следствия этой неустанной деятельности по замирению и устройству. На Соборе 1621 г. выборные из служилых людей заявили, что они разорились, что поместья их запустели; выборные от тяглых людей указывали, что подати и повинности тяжелы и падают на отдельные слои населения крайне неравномерно; что люди меньшие терпят много насильства и обид от сильных людей и вельмож. Земский Собор стал тогда совещаться «как бы то зло исправить и землю устроить». Решено было послать по всем городам «добрых писцов и дозорщиков», которые описали бы города и уезды и таким образом дали бы точный и верный отчет о состоянии государства; не ограничиваясь сухими записями, постановили также созвать в Москву новых выборных от духовенства, служилых людей, посадских, чтобы они рассказали про «обиды, насильства и разорения, чем Московскому государству пополниться и ратных людей пожаловать и устроить бы государство, чтобы все пришло в достоинство».
Таким образом и по составу своему, и по кругу деятельности Собор XVII в. сделал большой шаг вперед в развитии соборного начала по сравнению с соборами XVI в. В состав Собора вошли выборные от населения. Но так же, как и последние, соборы XVII в. созываются государем, по его почину, и им же распускаются; так же, как и соборы XVI века, соборы XVII в. не имели никаких прав и полномочий, строго определенных в законе; верховная власть по-прежнему была сосредоточена в руках правительства, и Земский Собор ограничивал ее не по закону, а по своему нравственному влиянию. Земский Собор обыкновенно не делал постановлений, а только, «подумавши накрепко», объявлял свою мысль государю, и «как то дело вершить, - говорили обыкновенно члены Собора, - в том его государева воля». Самые вопросы, которые следовало обсуждать на Соборе, не были определены, и Собор обсуждал и Маловажные правительственные распоряжения и такие дела, как решение войны или мира, - все в зависимости от того, что спросит его правительство.