Правительство РФ решает вопросы с обязательным участием федеральных министров, к ведению которых отнесены эти вопросы. При осуществлении своих полномочий федеральные министры подотчетны Правительству РФ, а по вопросам, определенным законодательством, — Президенту РФ.
В гл. VII ФКЗ «О Правительстве РФ» определены взаимоотношения Правительства РФ и органов государственной власти субъектов РФ.
В пределах ведения РФ и полномочий по предметам совместного ведения РФ и субъектов РФ федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов РФ образуют единую систему исполнительной власти в РФ. Правительство РФ по предметам совместного ведения в обоюдных интересах координирует деятельность органов исполнительной власти субъектов РФ.
Правительство РФ в срок не более одного месяца рассматривает внесенные в установленном порядке в Правительство РФ предложения законодательных или исполнительных органов государственной власти субъектов РФ по предметам ведения РФ и по предметам совместного ведения РФ и субъектов РФ и сообщает указанным органам о результатах рассмотрения внесенных предложений.
Правительство РФ направляет в законодательные и исполнительные органы государственной власти субъектов РФ проекты своих решений по предметам совместного ведения РФ и субъектов РФ. Предложения законодательных и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ по таким проектам подлежат обязательному рассмотрению в Правительстве РФ.
Правительство РФ в пределах своих полномочий осуществляет контроль за деятельностью ФОИВ, а по вопросам, отнесенным к ведению РФ и полномочиям РФ по предметам совместного ведения РФ и субъектов РФ, также за деятельностью органов исполнительной власти субъектов РФ.
Правительство РФ обеспечивает соблюдение ФОИВ прав органов исполнительной власти субъектов РФ, способствует взаимодействию указанных органов.
Правительство РФ в пределах своих полномочий разрешает споры и устраняет разногласия между ФОИВ и органами исполнительной власти субъектов РФ. Для разрешения споров и устранения разногласий создаются согласительные комиссии из представителей заинтересованных сторон.
Правительство РФ вносит предложения Президенту РФ о приостановлении действия актов органов исполнительной власти субъектов РФ, в случае их противоречия Конституции РФ, ФКЗ, ФЗ, международным обязательствам РФ или нарушения прав и свобод человека и гражданина.