Наиболее важные отличия от традиционной мечети относятся к трактовке пространства молельного зала. Здесь авторы проекта существенно изменяют сам способ взаимодействия молящихся и молельного пространства, отказываясь от традиционного наглядного и ощутимого разделения между мужской и женской территорией. Обычно молельный зал женщин размещается за ширмой (щитом) позади основного молельного зала или на балконе второго этажа. В мечети Национальной Ассамблеи такого видимого разделения нет: молельная зона женщин, расположенная вблизи от главного входа, отделена от мужского молельного зала только за счет низкой балюстрады и перепада уровня пола.
Другое радикальное изменение, которое вводят архитекторы, - остекление стены киблы и размещение перед ней зеленого сада. Этот прием является принципиально новым в архитектуре мечетей. Он устанавливает более активный визуальный контакт между верующим и природой. В своем исследовании Мохаммад аль-Асад пишет: «Следующая взаимосвязь может быть найдена между интеграцией молельного зала и сада, с одной стороны, и учением Суфи, с другой». Ученый ссылается на работы крупнейшей исследовательницы ислама и суфизма профессора Гарвардского университета Анны-Марии Шиммель, отмечающей, что суфии издавна начали осмысливать взаимосвязь человека и природы. Кроме того: «Разве Коран не утверждает возможность воскрешения человека на примерах, взятых из природы? Как мертвая земля будет оживлена весной, украшена красивыми зелеными листьями и цветами, так и останки мертвых будут оживлены снова в Судный день». По мнению профессора аль-Асада: «Лестница в коридоре портика внешнего двора может трактоваться также как продолжение темы Суфи. Она не ведет в определенное место, но, наоборот, кажется, ведет в никуда. Не будет надуманным расценивать ее как архитектурную ссылку на идею вечности».
Конечно, в некоторых случаях авторы проекта Мечети Национальной Ассамблеи все же используют традиционные решения. Согласование оси север-юг, объединяющей части комплекса Национальной Ассамблеи, с направлением киблы посредством поворота - аналог решения, использовавшегося строителями в исламском мире на протяжении веков. Самый ранний сохранившийся пример - мечеть Аль-Акмар периода Фатимидов в Каире (1125). Позднее это решение было мастерски развито в различных архитектурных традициях, в особенности в традициях Мамелюков и Сефевидов. Но все в большинстве аспектов в проекте Мечети Национальной Ассамблеи скорее подчеркивается его дистанцированность от прошлого, чем принадлежность к нему. К примеру, архитекторы сохраняют общепринятое для османских мечетей расположение переднего двора и молельного зала, но «режут» внешний двор пополам по диагонали и сохраняют только треугольную его часть, расположенную рядом с молельным залом. Также авторы проекта весьма необычным способом трактуют два портика внешнего двора: базы колонн сохранены, но их стволы отсутствуют, и тяжесть портиков несут расположенные рядом здания. То, что мы видим, может быть определено как процесс фрагментирования прошлого и сохранения только некоторых его следов. В целом же попытка создания «неисторического» духовного пространства для молитвы достигается не через игнорирование исторических образцов, но благодаря всестороннему диалогу с ними.
В 1995 году в шестом цикле Премии Ага Хана в области архитектуры в числе 12 награжденных объектов были отмечены две современные мечети: Мечеть Национальной Ассамблеи Турции и Большая мечеть в Эр-Рияде, спроектированная иорданским архитектором Расемом Бадраном (Rasem Badran). Оба сооружения демонстрируют оригинальный подход к проектированию и очень заметно отличаются друг от друга. Завершая эссе, посвященное исследованию мечети в Анкаре, Мохаммад аль-Асад отмечает: «Несмотря на два очень разных метода, представляемых этими двумя мечетями, они одинаковы в чистоте и даже безупречности реализации своего метода. Каждая своим способом, они разъясняют подход, который может быть использован в проектировании современных мечетей и которого недостает в большинстве примеров современной архитектуры мечетей, зачастую просто сочетающих эклектичный набор исторических элементов с несколькими современными. Результаты наводят на мысль, что создание жизнеспособных современных методов проектирования мечетей - процесс, который находится на ранней стадии развития».