Все делопроизводство коллегии велось под наблюдением секретаря. Важные бумаги составлял он сам, остальные готовились под его надзором. Канцелярская работа распределялась между служащими, и обязанность каждого была строго определена регламентом. Так, нотариус вел протоколы («повседневные записки») по всем делам, решавшимся в коллегии. Каждый день на особом листе он записывал все дела, какие докладывались присутствию и составлял по ним резолюцию. По окончании месяца эти листы переписывались набело и переплетались. Нотариус же вел реестр нерешенных дел, а секретарь против каждого отмечал, у кого оно находится в производстве. Этот реестр постоянно находился на столе присутствия перед местом президиума, чтобы члены коллегии могли видеть, сколько у них нерешенных дел.
Актуариус вел общий журнал всем входящих бумаг, хранил у себя бумаги, отвечал за их сохранность и заведовал заготовлением канцелярских принадлежностей.
В ведении регистратора находились регистрационные книги - журнал, в который за весь год кратко записывалось содержание всех дел, решенных в коллегии (последние располагались по алфавиту, с указанием, куда и когда каждое дело послано), и 4 регистрационные книги («регистратуры») - А, В, С и D. Книги А и В служили для регистрации исходящих документов, С и D - для регистрации входяших. Регистрация документов в коллежской системе делопроизводства сопровождала их не только в течение всего процесса производства дела, но и после - в архиве. Если в приказах на поступивших документах дьяк проставлял дату поступления, то в коллегиях наряду с датой появляется и регистрационный номер, соответствующий номеру записи в регистрационной книге. Книга А использовалась для записи краткого содержания всех документов — реляций и докладов, отправленных из коллегии на имя царя или в Сенат; книга В - для записи краткого содержания документов, направленных другим учреждениям и лицам; книга С содержала расположенные в хронологической последовательности краткие выписки из указов и рапортов, полученных в течение года от царя и Сената, с указанием номера присланной бумаги и номера, присвоенного ей в коллегии, а также реестр к ним. Все это по завершении года переплеталось и приобретало форму книги. Книга D соответственно, содержала краткие выписки из всех полученных от коллегий, губерний и других учреждений и лиц документов, которые группировались по территориальному и хронологическому принципам и по завершении года вместе с реестром переплетались.
При каждой коллегии состоял прокурор, наблюдавший за порядком и законностью решения дел. В случае крайней волокиты он должен был доносить об этом генерал-прокурору Сената. В его обязанности входило наблюдение за исполнением указов. Для этого он имел особую книгу, на одной стороне которой он отмечал, когда и какой указ состоялся, а на другой - что по указу исполнено и когда.
Генеральный регламент устанавливал процедуру рассмотрения и решения вопроса, которая включала: вступление дела, подготовку дела к слушанию (рассмотрению и решению), слушание дела и принятие решения, оформление решения и доведение его до исполнителя, контроль за исполнением решения, архивное хранение дел.
Все пакеты, адресованные в адрес коллегии, сдавались дежурному чиновнику, который расписывался в получении и не распечатывая передавал в присутствие. Указы, присылаемые из Сената, распечатывались в присутствии самим президентом коллегии, а остальные бумаги - старшим членом присутствия. Далее все поступившие бумаги помечались секретарем с обозначением времени их поступления и сдавались актуариусу для записи в регистрационных книгах. При этом на самом входящем документе проставлялся регистрационный номер, а в регистратуре помечалось, в какой стол передана бумага на исполнение.
Канцелярским служащим каждый документ передавался под расписку, вносившуюся в квитанционную книгу. При возвращении дела такие расписки уничтожались, и в книге отмечалось время возвращения дела. Кроме письменных прошений дела могли начинаться и по устному заявлению просителя, который расспрашивался в присутствии президентом и затем, если его требование подлежало удовлетворению, по удалении просителя из присутствия, устраивалось обсуждение и объявлялось просителю решение.
Предварительной подготовкой дела для рассмотрения в присутствии коллегии занимались помощники секретаря и канцеляристы под руководством секретаря. Подготовка дела к докладу включала сбор всех необходимых справок по данному делу (для этого в другие учреждения могли направляться канцелярские запросы) и выписку всех существующих узаконений по данному делу. Результатом этой работы являлся доклад и краткая записка по делу (или экстракт) с кратким изложением существа вопроса, всех обстоятельств дела и существующих законов, в соответствии с которыми должно решаться дело. Рассмотрение и решение дела велось в присутствии всеми членами коллегии, докладывалось дело секретарем. Решение принималось большинством голосов, причем при равенстве голосов голос председателя имел перевес. Ход обсуждения вопроса и принятое решение записывалось нотариусом в протокол («повседневную записку» или журнал). Если член коллегии имел особое мнение, он имел право требовать записать его в протокол, и его требование исполнялось. Протоколы подписывались всеми членами коллегии в тот же день. Таким образом, Генеральный регламент предусматривал систематическую запись всего хода обсуждения дел.
После заседания и подписания протокола канцелярия готовила «исполнительные бумаги», содержавшие решение вопроса и отсылавшиеся на места для исполнения. Генеральный регламент обращает особое внимание на то, что при отсылке исполнительных бумаг коллегия должна была оставлять у себя копии. Все коллегии между собой сносились промемориями, в подведомственные места направляли указы, получая от них рапорты.
Все решенные дела сдавались в актохранилища, которые впервые по Генеральному регламенту получили европейское наименование - архивов и должны были стать особыми от канцелярии подразделениями для хранения оконченных дел. Для заведования архивами была учреждена особая должность - архивариус. По регламенту учреждалось два архива - один общий для всех коллегий при Коллегии иностранных дел, другой — финансовый — под наблюдением Ревизион-коллегии, причем был определен и срок сдачи дел в архив - через три года по завершении их производства в канцелярии. Дела должны были сдаваться в архив по описи и под расписку. По всем делам в архиве велась опись по алфавиту («алфавит дел»).
Специальная глава Генерального регламента устанавливала порядок пользования печатями. Приложение печати производилось в присутствии двух свидетелей. Стремлением сохранять в тайне государственные дела продиктовано введение присяги для канцелярских чинов. Им запрещалось хранение служебных документов дома. Особо строго каралась подделка документов, их хищение, разглашение тайны голосования, неправильное составление документов, искажение их смысла. Наказания предусматривались весьма строгие: смертная казнь, ссылка на галеры с вырезыванием ноздрей, конфискация имущества, денежные штрафы, лишение чина и др.
В коллежском делопроизводстве возникло большое число новых документов, а документы приказного делопроизводства получили новые названия, что явилось результатом массированного проникновения в русский язык заимствованных слов, отразившего западнический характер всех петровских преобразований. Исследователи отмечают:
«Хотя прежние дьяки, окольничьи, воеводы влачат еще кое-как свое существование в Москве и других старых городах, но рядом с ними теперь в новой столице являются и новые люди, которым присваиваются и новые чины, взятые с иностранного. Так появляются теперь администратор, актуариус, асессор, аудитор, бухгалтер, герольдмейстер, губернатор, инспектор ... маклер, министр ... и др.»
Прежние учреждения - думы и приказы заменены коллегиями, канцеляриями, конторами, ратушами. Появились и новые названия документов: векселя, облигации, реляции, мемории, рапорты, журналы, протоколы, корреспонденция, инструкция и др.
Приговоры, указные грамоты, наказы заменены указами, регламентами, инструкциями, резолюциями; челобитные - прошениями, переписка - памяти и отписки — заменены отношениями, рапортами, доношениями, реляциями, ведениями, известиями.
Существенные изменения в петровское время претерпевает и форма документов. Для многих из них разрабатываются «генеральные формуляры» - образцы, по которым следовало составлять документы. В указе 1723 г. «О форме суда» содержание челобитной следовало излагать по пунктам, т.е. была сделана попытка формализовать текст документа, сделать его максимально удобным для чтения. Несколько ранее — указом от 22 февраля 1714 г. — губернаторам предлагалась форма ведомости для присылки сведений о произведенных сборах налогов и казенных расходах, состоявшая из 22 пунктов.
В коллежском делопроизводстве выделяется из текста и становится самостоятельным элементом формуляра дата документа: во многих документах она пишется под текстом с левой стороны листа: «Октября 17 дня 1723 года».
Самостоятельным элементом формуляра становится и наименование документа; в некоторых случаях к нему примыкает обозначение краткого содержания документа: «Рапорт о получении указа», хотя требование указывать краткое содержание документа (заголовок к тексту) окончательно формируется только в делопроизводстве министерств в XIX в. Кроме реквизитов, выделившихся из текста, появляется ряд реквизитов, отражающих различные стадии процесса документирования или стадии обработки документов: подписи, отметки о согласовании, регистрационные индексы, отметка о контроле, отметка о направлении в дело и др. В целом, делопроизводство коллегий характеризовалось значительным увеличением письменной работы и формальностей, на что жаловались современники. Даже значительно увеличенные по сравнению с приказами штаты канцелярских чиновников не справлялись с обилием дел, что приводило к медлительности делопроизводства и волоките.