Непосредственно в департаменты поступала переписка с другими учреждениями и лицами, равного положения и подчиненными, представления от подчиненных учреждений, предписания министра и дела из его канцелярии с резолюцией министра.
Все поступающие в министерство дела делились на три категории: текущие дела (дела, поступавшие на общих основаниях в соответствии с установленным порядком) — донесения, ведомости, представления, переписка и др.; чрезвычайные дела - для их решения требовалось принятие новых постановлений, или дела по обнаруженным злоупотреблениям; дела, «не терпящие времени», или срочные. Дела чрезвычайные и срочные рассматривались в первую очередь.
О поступивших делах министру докладывал директор его канцелярии, директору департамента - правитель дел канцелярии департамента. Эта стадия являлась, по сути, предварительным рассмотрением дела и не влекла за собой никаких решений, но определяла дальнейший ход бумаги в министерстве. Общий порядок движения дел в министерствах строго регламентировался, и редкое дело могло избежать участи пройти весь путь его подготовки и рассмотрения - от отдельного стола в составе того или иного отделения, через директора департамента, а нередко и общего присутствия департамента или объединенного присутствия нескольких департаментов (в случае крайней сложности дела) до министра, а иногда и совета министра, смотря по сложности дела. Это касалось и дел, поступавших на имя министра и решавшихся его властью. Кроме того, первоначально в министерском делопроизводстве преобладал «коллежский» порядок составления документов, при котором рассмотрение каждого вопроса требовало повторения «слово в слово» всех предыдущих документов. Дела при этом достигали огромных размеров. С течением времени (примерно к середине XIX в.) сложился новый порядок изложения дела в форме краткой записки - изложения только самого существа вопроса. Все это превращало документооборот учреждений в сложный иерархически организованный процесс, длительный по времени, учитывая, что основными инструментами канцелярии были перо и бумага, а единственной системой регистрации — журнальная. Автор известного «Руководства к наглядному изучению административного течения бумаг в России» (1856 г.) М.Н. Катков называет 54 делопроизводственных операции при рассмотрении дела в Губернском правлении, 34 - в департаменте министерства, 36 - в Комитете министров.
Документы, создававшиеся в процессе «производства дела» можно разделить на две группы: документы, составлявшие внутреннее делопроизводство учреждения (записки, справки, выписки, журналы заседаний, регистрационные журналы, настольные реестры и др.), и документы, поступавшие в учреждение из других учреждений и отправлявшиеся в другие учреждения, в том числе — «исполнительные бумаги».
Поскольку еще в последней четверти XVIII в. сложилась «иерархия властей и мест», определившая систему «сношений» учреждений различных типов, то министерскому делопроизводству ничего не оставалось, как «вписаться» в эту систему, что и произошло. От вышестоящих учреждений министерства получали: от императора - указы, повеления; от Государственного совета — высочайше утвержденные мнения; от Сената - сенатские указы; от Комитета министров — выписки из журналов заседаний. Министры в вышестоящие инстанции направляли высочайшие доклады (императору), мнения, предложения, представления. С равными учреждениями министерства обменивались посредством отношений, сообщений, официальных писем. Подведомственным местам и лицам направляли предписания министров, от них получали рапорты, донесения, представления. Таким образом, система министерского делопроизводства дополнила сложившуюся еще в конце XVIII в. систему документирования местных учреждений.
Самостоятельную стадию «производства дела» составляла «отправка дел», включавшая регистрацию отправляемых документов в журналах и непосредственно отправку (запечатывание в пакет, написание адреса и др.). До середины XIX в., когда в
России появились почтовые конверты и марки, законом предусматривалось, что все исходящие бумаги должны отправляться в виде пакетов - документ складывался в виде конверта и запечатывался сургучной печатью.
Для регистрации документов, направляемых в вышестоящие учреждения и подчиненным местам и лицам, существовали отдельные журналы. Особенность последних состояла в том, что они предусматривали запись сведений (об исполнении отправленной бумаги), которые обязано было сообщать каждое присутственное место особыми рапортами. По существу эти сведения использовались для контроля исполнения документов, поскольку дело не считалось завершенным, пока не было получено рапорта об исполнении или о невозможности исполнить решение по каким-либо причинам.
Ревизия дел — проверка ведения дел — по «Общему учреждению министерств» составляла самостоятельный участок делопроизводства. Ревизия дел являлась функцией начальников отделений, директоров департаментов; в губерниях — начальников присутственных мест и самого губернатора. Начальники отделений проверяли исполнение документов по столам и сообщали сведения директору департамента, которому предписывалось каждый месяц проводить проверку исполненных и неисполненных документов по регистрационным журналам и настольным реестрам и представлять об этом ведомости министру. На основе этих ведомостей в конце каждого года в канцелярии составлялась общая ведомость по всем департаментам и канцелярии министерства. Ревизия дел предусматривала проверку порядка хранения документов и дел, правильности составления заголовков дел, сроков рассмотрения дел, причин задержки в рассмотрении дел («не задерживается ли окончание дела требованием таких справок, в которых нет существенной надобности» — ПСЗ II. Т. 11, отд. 2. № 9757).
Последняя стадия «производства дел» по «Общему учреждению министерств» — отчеты. Законом устанавливалось три вида отчетов: отчеты в суммах, отчеты в делах и отчеты в «видах и предположениях». Отчеты в суммах являлись финансовыми отчетами, отчеты в делах — отчетами о деятельности, последние отчеты представляли собой планы работы на следующий год. Отчеты готовились отделениями, каждым по своему направлению, затем обобщались в департаментах. На основе отчетов департаментов директор канцелярии составлял сводные отчеты по министерству.
Серьезные изменения в системе управления, соответствующая перестройка системы документирования деятельности новых учреждений привели к изменениям формы документа. В делопроизводстве министерств появляются бланки учреждений с угловым расположением реквизитов. Бланки печатались типографским способом или писались от руки. В состав реквизитов бланка включается наименование учреждения, наименования структурных подразделений, отражающие место подразделения - автора в структуре учреждения (департамент, отделение, стол). Дата документа также включается в состав реквизитов бланка, как и регистрационный индекс документа. Занимает свое обособленное место заголовок к тексту документа, располагаясь непосредственно под реквизитами бланка (практически также, как и в современных документах). Появляется и ссылка на поступивший документ (прототип современного реквизита «Ссылка на дату и номер входящего документа»), которая не имеет пока унифицированного вида и может выглядеть по-разному: «Ответ на №...» или: «От такого-то» и т.п.
Приобретает устойчивый вид и реквизит «Адресат», появившийся еще в XVIII в. в коллежском делопроизводстве, — это указание должности лица в дательном падеже или наименование присутственного места. Получает определенную форму удостоверение документа: подписи и скрепы на документе включают наименование должности лица, подписавшего или скрепившего документ и его личную подпись.
На протяжении всего XIX и начала XX вв. осуществляется законодательная регламентация делопроизводства высших, центральных и местных учреждений. Благодаря принятой в то время системе кодификации законодательства в Сводах законов Российской империи, достаточно легко получить подробные сведения о законодательной регламентации делопроизводства учреждений любого уровня. Своды законов начинают издаваться с 1832 г. Затем, пополняясь новыми узаконениями, переиздаются в 1842, 1857 и последующие годы. Первые два тома Сводов содержат узаконения, касающиеся верховной власти, деятельности высших, центральных и местных (губернских, уездных) учреждений, включая их делопроизводство.
Особенностью организации делопроизводства в этот период являлась не только ее четкая законодательная регламентация, но и появление достаточно обширной делопроизводственной литературы, в том числе и работ теоретического характера. Большое значение в этот период имели письмовники — сборники образцов документов. Первые такие сборники появляются уже во второй половине XVIII в., а с конца XVIII — начала XIX вв. начинают издаваться регулярно. Известно более ста таких сборников, изданных до 1917 г.
Цель издания сборников образцов документов — дать полное руководство о порядке производства дел в присутственных местах с описанием «обряда делопроизводства» и приложением форм документов. Предназначались такие сборники самому широкому кругу чиновников и частных лиц, которым приходится обращаться в государственные учреждения.
На фоне обширной делопроизводственной литературы этого периода совершенно самостоятельное значение имеют работы Н.В.Варадинова - «Делопроизводство, или теоретическое и практическое руководство к гражданскому и уголовному, коллегиальному и одноличному письмоводству, к составлению всех правительственных и частных деловых бумаг и к ведению самих дел» (СПб., 1857) и ее переиздания с несколько измененным названием 1873 и 1887 гг. Сам он так определял значение своей работы: