Все узловые механизмы поведенческого акта представляют собой физиологическое единство, и какой-либо из этих механизмов нельзя рассматривать изолированно, не представляя себе всей архитектуры поведенческого акта, а главное, специфической роли данного механизма в развертывании процессов в функциональной системе.
Таким образом, теория функциональной системы имеет качественное отличие от других направлений системного подхода. Функциональные системы – это динамические, саморегулирующиеся организации, деятельность всех составных элементов которых способствует получению жизненно важных для организма приспособительных результатов. Центральным системообразующим фактором каждой функциональной системы является результат ее деятельности.
Рефлекторный принцип, таким образом, не отвергается сам по себе теорией функциональной системы. Он включается как компонент в целостные системные организации. Эти различия выступают особенно отчетливо, если сравнивать рефлекторную дугу с архитектурой функциональной системы. В отличие от дуги рефлекса центральная архитектура функциональной системы включает такие отсутствующие у рефлекса звенья, как афферентный синтез, принятие решения, предвидение результатов действия и, наконец, что самое главное, результат и его оценку за счет обратной афферентации.